7세기 중엽의 한반도. 동맥과 배신, 전쟁과 항쟁으로 쇠하고 흥하기를 반복하던 신라.백제 그리고 고구려
삼국의 패권은 결국 신라가 거머쥐게 되었지만 고구려의 기운은 사라지지 않고 한반도 안에 남아 꿈틀대고 있다.
뛰어난 무예실력과 영민함을 소유했지만 첩실의 자식이라는 이유로 이를 숨겨야만 했던 연개소문의 서자 연우.
미천한 신분임에도 신모가 되어 고구려의 신탁을 받은 신녀 영랑.
고구려의 멸망을 눈앞에 둔 이들은 국운이 쇠한 땅을 등지고 신물을 옮기려 왜로 향한다. 하지만 신탁이 그들을 이끄는 곳은 그 누구도 알지 못하던 새로운 땅이었다.
상권은 고구려 연개소문이 당태종 이세민을 물리친 이야기. 신라의 김춘추와 김유신의 이야기. 백제 의자왕이 어떻게 망하게 되는지. 당시의 당태종과 당고종 시절의 이야기. 일본 여황의 이야기들이 흥미진진하게 펼쳐진다.
하권은 고구려 연개소문이 죽자 장남 연남생이 그 뒤를 잇지만 그의 아우 연남건과 연남산이 반기를 들어 연남생은 당으로 망명하여 고구려 정벌의 앞잡이가 되고 연개소문의 아우 연정토는 평양 남쪽의 땅을 신라에 귀속시키면서 신라로 망명한다. 고구려는 멸망하고 고구려의 신물은 새로운 신모 영랑과 연개소문의 서자 연우에 의하여 새로운 땅으로 옮기는데 이곳이 독도다.