요한복음은 사복음서 가운데 가장 뛰어난 책으로 인정받아왔습니다. 현대 신학이 도입되기 전까지는, 공관복음은 역사적 사실을 기록한 책이고, 요한복음은 사실에 대한 해석과 의미를 기록한 영적인 책이라고 생각한 사람들이 많았습니다. 오늘날에는 다른 평가도 많지만 요한복음은 여전히 가장 영적인 복음서로 나머지 세 복음서보다 우월한 ‘복음서의 완성본’이라고 생각하는 사람들이 많습니다.
요한복음은 나머지 세 복음서와 뚜렷이 구별되는 특징이 있습니다. 공관복음서의 주제는 하나님의 나라입니다. 그러나 요한복음에는 '하나님의 나라' 또는 '하늘나라' 라는 말이 거의 나오지 않습니다. 요한복음의 주제는 하나님의 나라가 아니라 영생이기 때문입니다. 20장 31절에 저자가 스스로 요한복음을 기록한 목적을 밝히고 있는데 '예수가 그리스도요 하나님의 아들이심을 믿게 하고, 또 그렇게 믿어서 그의 이름으로 생명을 얻게 하려는 것이다.' 라고 말하고 있습니다.
공관복음서에 의하면 예수님은 갈릴리에서 주로 활동하시다가 유월절 축제를 일주일 앞두고 예루살렘에 입성하신 것으로 되어 있습니다. 그러나 요한복음에는 예수님이 처음부터 예루살렘을 중심으로 활동하신 것으로 기록되어 있고, 유월절도 세 번에 걸쳐 지내신 것으로 기록되어 있습니다. 오늘날 우리가 예수님의 공생애 기간을 3년이라고 말하는 것은 요한복음의 기록을 근거로 한 것입니다.
공관복음은 마가의 자료를 마태와 누가가 공유했기에 서로 중복되는 내용이 많습니다. 그러나 요한복음에는 중복되는 내용이 상대적으로 적습니다. 요한복음이 공관복음서의 존재를 알고 있었거나, 최소한 공관복음서들이 참조했던 전승 자료들을 요한도 참조했다는 흔적은 나오지만, 요한복음의 저자가 이용한 주요 자료들은 공관복음의 저자들이 이용한 자료들과는 매우 다르다고 학자들은 말합니다.
요한복음은 복음서 중에 가장 늦게 쓰여졌습니다. 마가복음이 70년대, 마태복음과 누가복음은 80년대에 쓰여졌고, 요한복음은 90년대에 쓰여졌다는 것이 학자들의 대체적인 견해입니다. 저자는 세배대의 아들 요한이라고 오래 동안 생각해왔지만 오늘날에도 그렇게 생각하는 학자는 거의 없습니다. 초기의 전승에 의하면 사도 요한은 그의 형제 야고보와 함께 일찍 순교했기에 서기 90년대까지 살아남았을 가능성은 거의 없습니다. 다른 복음서와 마찬가지로 요한복음의 저자도 누구인지 정확히 알려진 자료가 없습니다.