일본이 다시 서양에 문을 열면서 에도 시대는 끝나고 현대화가 급속하게 진행됐다. 그러면서 일본의 전통이 많이 사라져 갔다. 산가쿠도 같은 운명을 겪었다. 근대화 과정에서 일본인들은 이 수학 문제를 잊어 버렸다. 신사나 절에 걸려 있던 산가쿠는 단순한 장식품 취급만 받았다. 때로는 이를 떼어 내어 불쏘시개나 건물의 보수 목재로 사용하기도 했다.
많았던 산가쿠의 대부분은 이런 식으로 파괴되고, 현재 남아있는 것은 900개 정도다. 다행히도 산가쿠가 사라지기 전에 일부나마 내용을 수집하고 책으로 만들어 수학적으로 연구하기 시작한 사람이 있었다. 후지타카겐으로, 1790년에 제1권, 1806년에는 제2권을 만들어 출판했다.