관할세무서장이 납세의무자의 결손금액증액경정청구의 전부나 일부를 거부한 경우

[레지나]

2009. 7. 9. 선고 2007두1781 판결 〔법인세경정거부처분취소〕

[1] 관할세무서장이 납세의무자의 결손금액증액경정청구의 전부나 일부를 거부한 경우, 납세의무자가 그 거부처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기할 수 있는지 여부(적극)

[2] 내국법인이 당초 조세특례제한법상 준비금을 손금으로 계상하지 아니한 채 과세표준을 계산하여 그 과세표준신고서를 제출한 경우, 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간 내에 경정청구를 통하여 신고조정의 방법에 따라 당해 준비금을 손금에 산입할 수 있는지 여부(적극)

[3] 법인이 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 조세특례제한법상 준비금 상당액 전액을 적립할 수 없는 경우, 다음 사업연도 이후에 발생할 처분가능이익을 추가로 적립하는 것을 조건으로 법인세법 제61조 제1항에 따라 그 준비금을 손금에 산입할 수 있는지 여부(적극)

[1] 구 국세기본법(2005. 7. 13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제2호, 제3항의 규정에 의하면, 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하였으나 그 과세표준신고서에 기재된 결손금액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액에 미달하는 때에는 관할세무서장에게 결손금액의 증액을 내용으로 하는 경정청구를 할 수 있고, 이 경우 경정청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 결손금액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 할 의무가 있다. 그러므로 만약 세무서장이 납세자의 결손금액증액경정청구에 대하여 그 전부나 일부를 거부한 경우에는 납세자로서는 그 거부처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기할 수 있다.

[2] 법인세법 제61조 제1항이 자사주처분손실준비금을 비롯한 조세특례제한법상 준비금을 세무조정계산서에 계상하는 방법으로 손금에 산입하는 것을 허용한 취지는 이와 같은 준비금은 실제로 발생한 비용이 아니어서 기업회계상 이를 법인의 장부에 비용으로 계상할 수 없다는 점을 고려하여 특별히 신고조정의 방법에 의하여 그 준비금의 설정에 따른 손금산입이 허용되는 것임을 밝힌 데에 있다. 그러므로 내국법인이 당초 조세특례제한법상 준비금을 손금으로 계상하지 아니한 채 과세표준을 계산하여 그 과세표준신고서를 제출하였다고 하더라도 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간 내에는 경정청구를 통하여 신고조정의 방법에 따라 당해 준비금을 손금에 산입할 수 있다.

[3] 비록 법인세법 제61조 제1항이 손금으로 계상한 준비금 상당액을 ‘당해’ 사업연도의 이익처분에 있어서 적립금으로 적립하도록 규정하고 있더라도, 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 적립하여야 할 금액에 미달하게 적립한 때에는 그 미달액 상당액이 배당 등을 통하여 사외로 유출될 여지가 없는 점, 조세특례제한법상 준비금의 손금산입제도는 납세자에게 조세를 영구히 면제하여 주는 것이 아니라 추후에 그 목적용도에 사용한 경우 준비금과 상계하거나 상계 후 잔액을 익금에 산입하여 일시적으로 과세를 이연하는 제도인 점 등에 비추어 보면, 어느 법인이 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 손금으로 계상한 준비금 상당액 전액을 적립금으로 적립할 수 없는 때에는 당해 사업연도의 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 이 경우 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가로 적립할 것을 조건으로 손금산입을 허용하되, 만일 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하였음에도 이를 적립하지 않는 때에는 그 한도 내에서 손금산입을 부인하는 것으로 해석함이 상당하고, 이는 조세특례제한법상 준비금의 하나인 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제104조의3에서 정한 자사주처분손실준비금에 대하여도 마찬가지이다.