* 대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결
원심판결 이유에 의하면, 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 제1차 재평가에서 공제된 이월결손금이라도 그것이 법인세법상 공제 가능한 것이라면 제2차 재평가에서 다시 공제할 수 있다고 해석하여야 한다는 원고의 주장에 대하여,
자산재평가법은 제12조에서 재평가세의 과세표준이 되는 금액은 재평가차액에서 재평가일까지의 법인세법의 규정에 의한 이월결손금을 공제한 금액에 의한다고 규정하고 있을 뿐
제1차 재평가차액에서 공제된 이월결손금을 제2차 재평가차액에서 다시 공제할 수 있는지 여부에 관하여 명시적인 규정을 두고 있지 아니하나,
자산재평가법의 목적이 법인 또는 개인의 자산을 현실에 적합하도록 재평가하여 적정한 감가상각을 가능하게 하고 기업자본의 정확을 기함으로써 경영의 합리화를 도모하게 하는 데 있는 것이므로,
법인세법의 규정에 의한 이월결손금이 재평가세의 과세표준계산에서 한 번 공제되어 기업자본에 반영된 이상 이를 그 이후의 재평가차액에서 다시 공제할 수 없다 고 보는 것이 위 입법 목적 등에 비추어 타당하다고 판단하였다.
관계 법령의 규정을 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법인세법의 규정에 의한 이월결손금의 해석에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
자산재평가법은 제12조에서 "재평가세의 과세표준이 되는 금액은 제8조의 규정에 의한 재평가차액에서 재평가일까지의 법인세법(…)의 규정에 의한 이월결손금을 공제한 금액에 의한다."라고만 규정하고 있을 뿐 이월결손금의 공제순서에 관하여는 정한 바가 없고,
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1항 제1호와 같이 과세표준을 계산함에 있어서 공제되는 이월결손금의 범위를 '5년 이내에 발생한 결손금'으로 제한한 바도 없어서
법인세의 과세표준계산시 공제되는 이월결손금과 재평가세의 과세표준계산시 공제되는 이월결손금은 그 공제의 범위를 달리하는 것이므로,
구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제9조 제2항의 규정을 유추하여 재평가차액에서 공제할 이월결손금도 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제하여야 한다고 해석할 것은 아니라고 할 것이다.
나아가 재평가차액에서 공제할 이월결손금의 공제순서에 관하여 보건대, 자산재평가법 제12조, 구 법인세법 제8조 제1항 제1호의 규정에 의하면 법인세의 과세표준계산상 공제된 이월결손금은 재평가세의 과세표준을 계산함에 있어서 다시 공제할 수 없는 데 비해,
자산재평가법 제36조 제2항은 "제12조의 규정에 의하여 재평가차액에서 공제한 이월결손금은 법인세법(…)의 규정에 의한 소득계산상 손금(…)에 산입한다."고 규정하여 자산재평가세의 과세표준계산시 공제된 이월결손금이라도 법인세법의 과세표준을 계산함에 있어서는 중복공제를 허용하고 있어서,
이월결손금이 5개 이상의 사업연도에 걸쳐서 발생하여 누적되어 있는 법인의 경우에는 재평가세의 과세표준계산시 재평가일에 가까운 사업연도의 결손금부터 역순으로 공제하는 것이 일반적으로 납세자에게 유리하므로,
납세자가 이월결손금의 공제순서에 관하여 재평가일에 가까운 사업연도의 결손금부터 역순으로 공제하는 방법을 선택하였다면 과세관청이 위와 같은 납세자의 의사를 무시한 채 다른 순서에 의하여 이월결손금이 공제된 것으로 보아 재평가세를 산출할 수는 없다고 할 것이다.