【이유】
1. 처분개요
가. 청구인은 1985.11.27. 취득한 ○○○가 1999.6.3. 주택건설촉진법에 의하여 재건축사업계획승인을 받고 2000.3.16. 재건축공사에 착공하여 2003.5.10. 사용승인을 받음에 따라 ○○○(전용면적 84.95㎡로서, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 분양받았고, 2005.6.30. 이를 7억 5천만원에 양도한 후, 2005.7.14. 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의한 신축주택으로서 양도소득세 감면대상으로 예정신고하였으며, 이에 처분청은 쟁점주택의 양도가 양도소득세 과세특례대상에 해당하지 않은 것으로 보아 청구인이 신청한 양도소득세 감면을 배제하고 2005.10.6. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 17,895,700원을 경정고지하였다.
나. 청구인이 이에 불복하여 2005.11.17. 심판청구를 제기하였고, 2006.2.14. 국세심판원은 쟁점주택의 양도가 조세특례제한법의 규정에 의한 양도소득세 감면대상에 해당된다 하여 위 양도소득세 부과처분을 취소한다고 결정(국심 2005서4111, 2005.11.17.)하였으며, 2006.3.3. 이에 따라 처분청은 위 양도소득세 부과처분을 취소하는 한편, 조세특례제한법상 신축주택에 대한 양도소득세 감면규정과 소득세법상 고가주택에 대한 양도차익계산의 규정을 동시적용할 수 없다(서면 4팀-1579, 2005.9.1.) 하여 그 중 세부담이 적은 소득세법상의 고가주택에 대한 양도차익 계산규정에 따라 2006.4.8. 청구인에게 2005년 귀속분 양도소득세 16,869,470원을 경정고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2006.6.19. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
쟁점주택의 경우 양도일 현재 1세대 1주택의 비과세요건을 갖춘 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하므로 소득세법 제95조 제3항 및 같은법 시행령 제160조의 규정에 따라 양도차익을 산정하여야 하나, 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로 같은법 부칙 제29조 제2항에 따라 종전의 규정에 의거 고급주택에는 해당하지 아니하므로 신축주택에 대한 과세특례를 적용하여야 하는 바, 처분청이 소득세법과 조세특례제한법상의 감면규정을 동시적용할 수 없다고 하여 과세한 이 건 처분을 취소하고 기납부한 양도소득세 중 감면분에 대한 농어촌특별세 상당액을 차감한 나머지 금액을 환급하여야 한다.
나. 처분청 의견
소득세법 제89조 제3호의 1세대 1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특레제한법 제99조의 3의 규정에 의하여 양도소득세를 계산하는 때에는 국세청 예규(서면1팀-1579, 2005.9.1.)에 의하여 동 감면규정을 중복으로 적용할 수 없고, 그 중 세부담이 적은 방법을 선택적용하는 것이므로 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
쟁점주택이 1세대 1주택의 비과세 요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의한 양도소득세 감면대상 신축주택에 해당되는 경우, 양도가액 중 6억원에 상당하는 양도소득세에 대하여 소득세법상 비과세규정을 우선 적용하고, 양도가액 중 6억원을 초과하는 부분에 상당하는 양도소득세에 대하여는 조세특례제한법상 감면규정을 적용하여 양도소득세 전액을 비과세 및 감면할 수 있는지 여부
나. 관련법령
(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우
2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
(2) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
(3) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
(4) 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
(5) 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것) 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
(6) 소득세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조【고급주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.
2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로서 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원 이상일 것
(7) 소득세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정된 것) 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.
제160조【고가주택에 대한 양도차익의 계산】① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × (양도가액 - 6억원) / 양도가액)
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액
법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 × (양도가액 - 6억원) / 양도가액)
(8) 농어촌특별세법 제2조【정의】① 이 법에서 “감면”이라 함은 조세특례제한법ㆍ관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제
제3조【납세의무자】다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세 취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자
제5조【과세표준과 세율】① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점주택이 소득세법상 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상인 신축주택에 해당된다는 사실에 대하여는 다툼이 없으나, 처분청은 이 경우 소득세법 제89조 제3호와 조세특례제한법 제99조의 3의 규정을 중복적용할 수 없고 그 중 납세자에게 세부담이 유리한 감면방법을 선택하여 적용하여야 하는 것이므로 조세특례제한법에 따라 감면되는 양도소득세 전액을 과세표준으로 하여 산출한 농어촌특별세에 비하여 소득세법에 의한 1세대 1주택의 비과세 대상인 고가주택에 대한 양도소득세가 보다 더 세부담이 적다는 이유로 이 건 양도소득세를 재차 경정고지한 데 대하여, 청구인은 쟁점주택의 양도에 대하여 소득세법 및 조세특례제한법을 모두 적용하여 양도소득세 전액을 비과세 및 감면하여야 하고, 농어촌특별세는 쟁점주택의 양도가액 중 6억원을 초과하는 부분에 해당되는 양도소득세만을 과세표준으로 하여 부과함이 타당하므로 청구인이 기납부한 양도소득세 중 농어촌특별세 상당액을 차감하고 나머지 금액을 환급하여야 한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.
(가) 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의하여 적용되는 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항은 신축주택취득기간인 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지 주택조합으로부터 조합원이 신축주택을 취득하는 경우 그 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 같은법 시행령 제99조의 3 제2항은 신축주택을 감면함에 있어 양도소득금액을 같은 영 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산하도록 규정하고 있으며, 같은 영 제40조 제1항의 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액이라 함은 소득세법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액이라고 규정하고 있고, 소득세법 제95조 제1항에서 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비 및 장기보유특별공제를 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다.
(나) 2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 소득세법 제89조 제3호 및 같은법 시행령 제156조 제1항은 1세대 1주택의 비과세 요건을 갖춘 주택의 경우 고가주택(양도가액이 6억원을 초과하는 주택)을 제외하고양도소득세를 과세하지 않는 것으로 규정하고 있고, 같은법 시행령 제160조는 1세대 1주택의 비과세 요건을 갖춘 고가주택에 대하여 양도가액이 6억원을 초과하는 부분에 대한 양도소득금액 계산방법을 별도 규정하고 있어 1세대 1주택의 비과세 요건을 갖춘 고가주택의 경우라도 양도가액 중 6억원을 초과하지 아니하는 부분에 대하여는 비과세하는 것으로 소득세법령에 규정되어 있음을 알 수 있다.
(다) 농어촌특별세법 제3조 제1항 제1호는 “제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자”를 농어촌특별세 납세의무자로 규정하고 있고, 같은법 제2조 제1항 본문에서는 “감면이라 함은 조세특례제한법ㆍ관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 않거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다”고 하고서, 같은 항 제1호에서는 “비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제”라고 규정하고 있다.
(라) 위의 관련 법령을 종합적으로 살피건대, 소득세법상 1세대 1주택에 대한 비과세 규정과 조세특례제한법상 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례규정은 지원목적이 다른 별개의 제도로서 소득세법과 조세특례제한법에서 양 규정간의 중복적용을 배제하는 명문의 규정이 없고, 설령 양 규정이 중복적용된다고 하더라도 이중으로 공제되거나 비과세되어 중복지원되는 문제는 발생하지 않는 것으로 보여지는 바, 1세대 1주택의 비과세 규정에 있어 그 본법은 소득세법(1974.12.24. 법률 제2705호로 전면개정시 1세대 1주택 비과세규정 신설)이라 할 수 있고, 요건을 갖춘 신축주택에 대하여 양도소득세를 감면하는 조세특례제한법상의 과세특례 규정(1998.9.16. 법률 제5561호로 구 조세감면규제법 개정시 신설)도 결국 양도소득세에 대한 비과세 혜택규정으로 종전부터 시행되던 소득세법상의 1세대 1주택의 비과세규정에 추가하여 감면혜택을 확장시킨 것으로 볼 수 있으므로 1세대 1주택인 고가주택이면서 신축주택의 경우 소득세법령에 의한 비과세 여부를 우선 적용하고 이에 추가적으로 조세특례제한법상의 감면여부 규정을 적용하는 것이 타당한 것으로 보인다.
(2) 그렇다면, 쟁점주택의 경우 양도소득세는 전액이 비과세 또는 감면대상에 해당되므로 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 소득세법 및 조세특례제한법의 규정을 동시에 중복적용할 수 없다 하여 양도소득세를 재차 과세한 이 건 처분은 취소함이 타당하다고 판단된다[조세특례제한법에 의하여 감면되는 양도소득세(양도가액 중 6억원을 초과하는 부분에 상당하는 세액)를 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 부과하는 것은 별론으로 한다].
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.