종이세금계산서도 수정사유가 발생한 경우 수정세금계산서를 발행해야 하나, 대부분의 경우 이미 발행된 세금계산서를 양자간 약속에 의해 폐기처분 하고 정확한 세금계산서를 다시 발행하면 되었다. 하지만 전자세금계산서의 경우에는 이미 교부•전송된 세금계산서에 수정사유가 발생한 경우 양자 간 폐기처분 할 수 없으므로 반드시 세법에 맞는 수정세금계산서 발행이 필요하다.
수정세금계산서 교부사유 및 방법
① 당초 공급한 재화가 환입된 경우 (1장 발행)
: 재화가 환입된 날을 작성일자로 기재하고, 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 부의 표시 (-)를 하여 교부한다.
② 계약의 해제인 경우 (1장 발행)
: 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 계약 해제일을 부기한 후 부의 표시 (-)를 하여 교부했었으나, 2012년 7월 1일 계약해제사유 발생 분부터는 계약 해제일에 수정세금계산서를 교부하도록 하여 경청청구 및 수정신고를 할 필요가 없다.
③ 내국신용장 등이 발급된 경우 (2장 발행)
: 당초 수출될 물품의 내국인 간의 거래시기에는 내국신용장이나 수출물품구매확인서 등이 없어서 세율 10% 과세로 세금계산서를 발행하였지만, 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장 등이 개설되었다면 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하되, 당초에 교부한 과세분 세금계산서 내용대로 세금계산서를 부의 표시 (-)를 하여 교부하고, 추가하여 따로 영세율 세금계산서를 발행한다.
④ 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 (1장 발행)
: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하고, 추가되는 금액은 정 (+)의 세금계산서를 교부하고, 차감되는 금액은 부 (-)의 표시로 작성하여 교부한다.
⑤ 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우 (2장 발행)
- 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 수정세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서 내용대로 하되 부 (-)의 세금계산서를 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 정 (+)의 세금계산서 작성한다.
⑥ 전자세금계산서를 착오로 이중발급한 경우 (1장 발행)
- 당초 전자세금계산서 작성연월일을 작성연월일로 하여 부 (-)로 1장을 발급한다.