중기부.국세청 AI스타트업 세정지원

[데이빗김]

국세청 보도자료 해설 · AI 중소·스타트업 세정지원

중기부·국세청, AI 중소·스타트업 2,559개사 세정지원 연계 

— 정기 세무조사 제외·유예의 범위와 실무 유의점

2026.10.11. 관계부처 합동 보도참고자료 해설 · 언론보도 정리 · 현행 세법·판례에 따른 검토사항

작성자 민우세무법인 김재철 · 2026. 10. 11. 작성

< 유투브 설명 영상 >

https://www.youtube.com/watch?v=c3dO74Uhzlk

한눈에 보기
· 무엇이 — 중소벤처기업부의 2026년 AI 관련 20개 지원사업에 선정된 2,559개 중소·스타트업에 국세청이 세정지원을 연계합니다.
· 언제 — 세정지원 기간은 2026.10.1.~2028.2.28.입니다(보도자료 참고2).
· 세무조사 — 창업 5년 이내 AI 스타트업은 정기 세무조사 선정에서 제외, 그 밖의 AI 중소기업은 납세자가 신청하면 착수 예정일부터 2년(지방 소재 기업 3년) 유예합니다.
· 그 밖에 — 신고내용 확인 제외(명백한 탈루 혐의가 없는 경우), R&D 세액공제 사전심사·공제감면 컨설팅 우선 처리, 납부기한 연장·납세담보 면제·환급금 조기 지급, 전용 상담창구.
· 유의 — 제외·유예는 '정기' 조사에 한정되고 유예는 면제가 아닙니다. 대상 기업은 대부분 정부출연금을 받는 기업이므로 출연금으로 지출한 연구개발비는 세액공제 대상에서 빠진다는 점을 가장 먼저 점검해야 합니다.

1. 보도자료의 주요 내용

관계부처 합동 보도참고자료 표제부(중소벤처기업부·국세청, 2026.10.11.) · 출처: 중소벤처기업부·국세청 보도참고자료(공공누리 제1유형)

중소벤처기업부와 국세청은 2026년 10월 11일(일) 관계부처 합동 보도참고자료를 통해, 유망 AI 중소·스타트업 2,559개사를 대상으로 두 기관의 지원을 연계한다고 밝혔습니다. 보도자료에 적힌 보도 시점은 10월 11일 12:00, 배포는 같은 날 10:00입니다.

이번 조치는 두 기관이 2025년 12월에 체결한 「AI 중소·스타트업 성장지원을 위한 업무협약」의 후속조치입니다. 중기부가 AI 분야에서 성장 가능성이 높은 기업을 발굴해 기술개발(R&D)·사업화·금융·창업·글로벌 진출을 지원하고, 그 기업 명단을 국세청과 공유하면, 국세청이 이를 토대로 세정지원 대상을 확정하는 구조입니다.

보도자료는 연계의 이유를 다음과 같이 설명합니다. AI 스타트업은 초기부터 인재 확보와 데이터·컴퓨팅 인프라에 큰 투자가 필요하지만 안정적인 매출과 수익을 내기까지 시간이 걸리므로, 정부 지원사업으로 성장 가능성을 인정받은 기업이 기술개발과 시장 진출에 집중하도록 산업 지원과 세정지원을 묶겠다는 것입니다.

담당 부서(보도자료 2면) — 중기부 중소기업AI확산추진단, 국세청 법인세과 · 출처: 중소벤처기업부·국세청 보도참고자료(공공누리 제1유형)

2. 지원 대상 — 중기부 20개 사업

참고1. 중기부-국세청 AI 중소기업 집중지원 대상 사업명(보도자료 3면) · 출처: 중소벤처기업부·국세청 보도참고자료(공공누리 제1유형)

대상 사업은 R&D(중소기업기술혁신개발, 투·융자연계기술개발, TIPS 등), 사업화(AI 응용제품 신속 상용화), 금융(기술보증기금 AI·AX 우대보증), 제조 현장 적용(대중소상생형·자율형공장 AI트랙), 창업(초기창업·창업도약패키지 딥테크 특화형, 초격차 스타트업 프로젝트), 글로벌(글로벌기업 협업, 투자연계형 글로벌 액셀러레이팅)에 걸쳐 있습니다.

  표에 적힌 2026년 지원예산을 단순 합산하면 약 1조 5,919억 원입니다(기술보증은 예산 미기재). 다만 이는 사업 전체 예산이며, 2,559개사에 배정된 금액을 뜻하지 않습니다.

  보도자료는 "중기부-국세청 상호 협의에 따라 지원대상 사업은 확대 가능"하다고 적고 있습니다.

  AI 기술을 직접 개발하는 기업뿐 아니라 스마트공장·우대보증처럼 AI를 도입·활용하는 기업(AX)도 포함됩니다. 이 차이는 뒤에서 볼 R&D 세액공제 판단에서 중요합니다.

  내 회사가 2,559개사에 포함되는지는 보도자료만으로 알 수 없습니다. 명단은 공개되지 않았으므로 관할 세무서 법인세과 전용상담창구에 확인하는 것이 확실합니다.

3. 국세청 세정지원 4대 유형

참고2. 국세청 AI 중소기업 세정지원 방안(보도자료 4면) · 출처: 중소벤처기업부·국세청 보도참고자료(공공누리 제1유형)

유형	지원 내용	실무상 의미
세무검증 최소화	AI 스타트업(창업 5년 이내) 정기 세무조사 선정 제외 / 그 외 AI 중소기업은 신청 시 착수 예정일부터 2년(지방 3년) 유예 / 명백한 탈루 혐의 없으면 신고내용 확인 제외	정기 선정에 한정. 유예는 신청해야 적용
R&D 등 지원	연구·인력개발비 세액공제 사전심사, 법인세 공제·감면 컨설팅 신청 우선 처리	신고 전 불확실성 해소 수단
유동성 지원	납부기한 연장, 납세담보 면제, 압류·매각 유예, 경정청구 우선 처리, 법인세·부가가치세 환급금 조기 지급	모두 신청 또는 요건 충족이 전제
세무쟁점 상담	홈택스 전용상담 서비스, 전국 세무서 법인세과 전용상담창구	세제혜택 안내· 애로사항 수집

참고3. 인포그래픽(보도자료 5면) · 출처: 중소벤처기업부·국세청 보도참고자료(공공누리 제1유형)

※ 인포그래픽에는 세무조사 선정 제외·유예가 "최대 2년"으로 적혀 있으나, 보도자료 본문과 참고2는 지방 소재 기업의 유예기간을 3년으로 밝히고 있습니다. 본문 기준으로 이해하시면 됩니다.

4. 여기까지 온 경과

시기	내용	출처
2025.10.24.	국세청, 한국인공지능·소프트웨어산업협회 간담회에서 'AI 중소기업 세정지원 방안' 공개. 10.27. 시행, 대상 약 4,800여 개. 스타트업(창업일부터 5년 이내) 정기조사 선정 제외, 그 외 최대 2년 유예	택스워치 2025.10.24., 조세금융신문 2025.10.24., CBS노컷뉴스 2025.10.24.
2025.12.18.	중기부·국세청 업무협약 체결(서울지방국세청). 중기부가 AI 전용 지원사업에 세정지원 사항을 명시하고 대상 기업 명단을 국세청에 제공. 간담회에서 스톡옵션·RSU 세제, GPU 지원 등 건의	조세금융신문 2025.12.18., 파이낸스스코프 2025.12.18.
2026.2.4.	연구개발특구 내 약 1만 3,500개 중소기업의 연구·인력개발비 세액공제 사후검증 1년 유예, 납부기한 최대 9개월 연장·납세담보 최대 1억 원 면제, 사전심사 우선 처리	한국세정신문 2026.2.4.
2026.7.15.	국세청 업무보고 — 지방 소재 기업 정기 세무조사 유예기간 최대 3년으로 확대	한국세정신문 2026.7.15.
2026.8.12.	전국 세무관서장 회의 — 소상공인 조사 유예 연말까지 연장, 지방 이전 기업 R&D 사전심사·공제감면 컨설팅 우선 처리 등	한국세정신문 2026.8.12.
2026.10.11.	중기부 20개 사업 선정 2,559개사에 세정지원 연계(지원기간 '26.10.1.~'28.2.28.)	관계부처 합동 보도참고자료

2025년 10월 방안은 중기부와 관련 협회의 협조로 약 4,800여 개를 선정했고, 이번에는 중기부 20개 사업 선정기업 2,559개사를 기준으로 삼았습니다. 두 대상군의 관계(기존 대상을 대체하는지, 병행하는지)와 기존 대상 기업의 지원 지속 여부는 보도자료에 설명이 없습니다. 2025년 방안으로 이미 지원을 받던 기업은 관할 세무서에 지위를 확인해 두는 것이 좋습니다.

5. 언론은 어떻게 보도했나

10월 11일 정오 엠바고 해제와 함께 다수 매체가 보도했습니다. 확인한 기사들은 모두 보도자료 내용을 전달하는 형식이며, 별도 취재로 추가된 사실은 발견되지 않았습니다. 아래는 각 기사를 직접 열람해 요지를 다시 서술한 것입니다.

매체·기자	기사 제목	강조점(재서술)
이투데이 노승길 기자	정기 세무조사 미루고 환급금 당긴다…AI 기업 2559곳 '숨통'	유예와 환급 조기지급을 묶어 유동성 측면을 부각. 세정지원 기간(2026.10.1.~2028.2.28.)을 명시
헤럴드경제 부애리 기자	AI 스타트업 세무조사 면제·유예…중기부·국세청, 지원 확대	'면제·유예'로 표현. 초기 자금 부담과 매출 발생까지의 시차를 배경으로 설명
일간NTN 이승겸 기자	국세청, 중기부와 2559개 AI 중소·스타트업 집중 지원	조세 전문지. 4대 지원 유형과 양 기관장 발언을 충실히 전달
아시아경제 최호경 기자	중기부, 유망 AI 중소·스타트업 2559곳 세무조사 부담 완화…국세청과 협업	중기부 발표 중심. 정책지원과 세정지원을 함께 받는 기반이라는 점을 강조
매일일보 오시내 기자	"AI 스타트업 세무조사 제외"…중기부·국세청, 2559개사 집중 지원	부제에서 '일반 AI 중소기업도 최대 3년 유예'로 요약
머니투데이 오세중 기자	중기부·국세청, 2500여개 인공지능 중소·스타트업 집중 지원	R&D·사업화 → 성장·투자 → 글로벌 진출 단계별 연계를 기대효과로 소개
경기일보 김민 기자	AI 중소·스타트업 2천559곳에 세정지원…세무조사 부담도 완화	지방 소재 기업 유예기간 최대 3년을 함께 안내

※ 일부 기사 제목의 '세무조사 면제'라는 표현은 보도자료의 표현(정기 세무조사 '선정 제외')과 다릅니다. 법적으로는 뒤에서 보는 것처럼 차이가 큽니다.

6. 현행 세법·판례에 따른 검토사항

이하에서는 보도자료에 적히지 않은 부분, 곧 지원의 법적 한계와 대상 기업이 스스로 챙겨야 할 사항을 정리합니다.

① 제외·유예되는 것은 '정기' 세무조사뿐입니다

국세기본법 제81조의6은 세무조사 대상 선정을 두 갈래로 나눕니다. 제2항은 정기선정(신고 성실도 분석, 장기 미조사, 무작위 표본)이고, 제3항은 그 밖의 선정 사유(납세협력의무 불이행, 무자료·위장·가공거래 혐의, 구체적 탈세제보, 탈루·오류 혐의를 인정할 명백한 자료, 세무공무원에 대한 금품 제공)입니다.

이번 지원은 제2항의 정기선정에 관한 것입니다. 제3항 사유가 있으면 지원 대상 기업이라도 조사를 받을 수 있습니다. 보도자료가 신고내용 확인 제외에 "명백한 탈루 혐의가 없는 경우"라는 단서를 붙인 것도 같은 취지입니다. 또한 보도자료에는 제외·유예의 근거 조문이 제시되어 있지 않으며, 법률상 감면이 아니라 국세청의 조사 운영 기준으로 시행되는 것으로 보입니다.

② 유예는 면제가 아니고, 신청해야 합니다

  유예는 "납세자 신청에 따라 세무조사 착수 예정일로부터" 2년(지방 3년)입니다. 조사 대상으로 선정되어 통지를 받은 뒤 신청하는 구조이므로, 가만히 있으면 적용되지 않습니다.

  신청 절차의 세부(서식·기한)는 보도자료에 없습니다. 참고로 2025년 12월 청년 창업기업 세정지원에서는 사전통지 때 유예신청서를 함께 보내고 조사 착수 5일 전까지 신청하도록 했습니다(택스워치 2025.12.18.). AI 기업에 같은 절차가 적용되는지는 통지서와 관할 세무서 안내로 확인해야 합니다.

  유예기간이 끝나면 조사가 진행됩니다. 감사원은 2026년 4월, 국세청이 모범납세자의 조사 '유예'를 사실상 '제외'로 운영한 것을 부적절하다고 보아 주의를 통보했습니다(한국세정신문 2026.4.27.). 앞으로 유예는 문언대로 엄격히 운영될 가능성이 큽니다.

  유예기간에도 국세 부과제척기간(국세기본법 제26조의2)은 그대로 진행하고, 장부·증빙 보존의무(같은 법 제85조의3)도 계속됩니다. 유예 종료 후 조사에 대비해 유예 기간의 회계·세무 자료를 평소처럼 관리해야 합니다.

③ '창업 5년 이내'와 '지방 소재'의 판정 기준은 확인이 필요합니다

  2025년 10월 방안에서 AI 스타트업은 "사업 영위 기간이 창업일부터 5년 이내인 AI 중소기업"으로 설명되었습니다(조세금융신문 2025.10.24.). 개인사업의 법인전환, 사업 양수, 합병·분할로 설립된 법인의 창업일을 어떻게 보는지는 공개된 기준이 없습니다.

  조세특례제한법 제6조 제10항은 세액감면 목적상 '창업으로 보지 않는 경우'를 정하고 있으나, 이 규정이 세정지원 대상 판정에 그대로 쓰이는지는 알 수 없습니다.

  지원기간(2028.2.28.까지) 중 창업 5년이 지나면 '선정 제외'에서 '신청에 의한 유예'로 바뀌는지, 지원사업 선정이 취소·환수되면 지원이 유지되는지도 보도자료에 설명이 없습니다.

  '지방 소재 기업'의 범위(본점 기준인지 사업장 기준인지, 수도권 외 전부인지)도 보도자료와 한국세정신문 2026.7.15. 기사에서 확인되지 않습니다.

④ 신고내용 확인 제외와 수정신고 의무는 별개입니다

신고내용 확인은 법인세 신고 후 불성실 신고 혐의 법인에 대해 서면으로 신고의 적정 여부를 검증하는 절차입니다(보도자료 참고2 각주). 대상에서 제외되더라도 신고 오류가 사라지는 것은 아니므로, 오류를 발견하면 수정신고(국세기본법 제45조)를 해야 가산세 감면(같은 법 제48조)을 받을 수 있습니다.

한편 명칭이 '현지확인'이나 '서면확인'이더라도, 납세자를 직접 접촉해 상당 기간 질문하거나 장부·서류를 검사하는 정도에 이르면 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다는 것이 대법원의 입장입니다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결). 검증 요청의 범위가 넓다면 그 성격을 따져볼 필요가 있습니다.

⑤ 조사 대상 선정에도 적법절차가 적용됩니다

대법원은 세무조사 대상 선정사유가 없는데도 조사를 하여 얻은 과세자료로 과세처분을 하였다면 특별한 사정이 없는 한 그 처분은 위법하다고 판시했습니다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결). 지원 대상 기업이 정기선정 제외 기간에 조사 통지를 받았다면, 통지서에 적힌 조사 사유가 국세기본법 제81조의6 제3항의 어느 사유에 해당하는지부터 확인해야 합니다.

⑥ 정부출연금으로 쓴 연구개발비는 세액공제 대상이 아닙니다

이번 지원 대상 기업에 가장 직접적인 쟁점입니다. 20개 사업의 상당수는 R&D 출연금·사업화 보조금 사업입니다. 그런데 국가·지방자치단체·공공기관 등으로부터 받은 연구개발출연금이나 보조금으로 지출한 부분은 연구·인력개발비 세액공제(조세특례제한법 제10조, 같은 법 시행령 제9조 제1항) 대상에서 제외되고, 기업의 자기부담분만 공제됩니다(택스워치 2026.6.26.).

  과제별로 정부지원금과 민간부담금(현금·현물)을 구분해 기록하고, 연구원 인건비가 출연금에서 나갔는지 자기자금에서 나갔는지 추적할 수 있어야 합니다.

  출연금 수령 시점의 익금 처리도 점검 대상입니다. 조세특례제한법 제10조의2(연구개발 관련 출연금 등의 과세특례)와 법인세법 제36조(국고보조금 등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입)의 요건과 적용기한을 사업연도별로 확인하시기 바랍니다.

  국고보조금으로 취득한 자산은 통합투자세액공제(조세특례제한법 제24조)에서도 제한됩니다(같은 법 제127조 제1항).

⑦ 'AI 기업'이라는 사실만으로 국가전략기술 공제율이 적용되지는 않습니다

2025년 세제개편으로 국가전략기술에 AI 분야가 신설되었고, 세부기술은 생성형 인공지능, 에이전트 인공지능, 학습 및 추론 고도화, 저전력·고효율 인공지능 컴퓨팅, 인간 중심 인공지능의 5개로 보도되었습니다(한국세정신문 2025.7.31.). 국가전략기술급 AI 서비스용 데이터센터는 통합투자세액공제 대상 사업화시설에 추가되었습니다.

  AI 학습용 데이터 구매비는 2026년 1월 1일 이후 발생분부터 연구개발 세액공제 대상에 포함되며, 공제율은 중소기업 최대 50%로 보도되었습니다(바이라인네트워크 2026.2.24., 뉴시스 2026.1.16.).

  높은 공제율은 해당 비용이 시행령 별표의 세부기술에 해당하는 연구개발일 때 적용됩니다. AI를 도입·활용하는 것과 국가전략기술을 연구개발하는 것은 다릅니다. 세부기술에 해당하지 않으면 일반 연구개발비 공제율(중소기업 당기분 25%)이 적용됩니다.

  국가전략기술·신성장 연구개발비는 일반 연구개발비와 구분경리해야 하고, 공동으로 쓰인 비용의 안분 근거를 갖춰야 합니다.

⑧ '과학기술활동'인지가 공제의 출발점입니다

대법원은 2024년 12월 두 건의 판결에서 연구개발 세액공제의 기준을 정리했습니다.

  대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두55203 판결 — 과학기술활동은 과학적·기술적 불확실성을 체계적으로 해소하는 활동이어야 하고, 위탁개발이라면 실제 수행하는 수탁자 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 합니다. 기존 업무 효율화와 고객 서비스 개선을 위해 당시의 정보기술을 활용해 개발한 전산시스템은 과학기술활동이 아니라고 보았습니다.

  대법원 2024. 12. 12. 선고 2021두48359 판결 — 위탁개발한 거래 시스템을 과학기술활동으로 본 원심 판단은 유지하면서도, 2013년 이후 사업연도는 수탁업체의 전담부서 등에서 직접 수행한 부분만 공제 대상이라는 이유로 일부를 파기환송했습니다.

스마트공장·AX 사업으로 AI 솔루션을 도입하거나 외주로 사내 시스템을 구축한 비용은 위 기준에 비추어 공제가 부인될 위험이 있습니다. 반대로 자체 모델 개발처럼 기술적 불확실성이 있는 과제는 그 불확실성과 해소 과정을 연구노트·실험기록으로 남겨야 합니다.

⑨ 사전심사 우선 처리는 실익이 큽니다

연구·인력개발비 세액공제 사전심사는 신고 전에 해당 비용이 공제 대상인지 국세청에 심사를 요청하는 제도입니다. 심사 결과대로 신고하면 신고내용 확인과 감면 사후관리 대상에서 제외되고, 이후 심사 결과와 다르게 과세되더라도 과소신고가산세가 면제됩니다. 다만 부정확한 서류를 제출하거나 사실관계를 변경·누락한 경우는 예외입니다(택스워치 2026.6.26.).

  신청기한은 해당 사업연도 법인세 과세표준 신고 전까지이고(12월 결산법인은 다음 해 3월 31일), 누락분은 경정청구·기한 후 신고 전까지 신청할 수 있습니다.

  같은 기사에 따르면 국세청은 2026년 세무조사 중점검증항목에 '연구·인력개발비 부당 세액공제'를 포함했습니다. 세정지원 대상이라는 사정과 공제의 적정성은 별개로 판단됩니다.

  전담부서·연구소 요건도 함께 점검합니다. 연구전담요원이 생산·영업·관리 업무를 겸하면 그 인건비 전액이 부인될 수 있고, 발행주식 10% 초과 보유 주주임원의 인건비는 공제되지 않습니다. 독립된 연구공간 없이 연구원이 일반 업무에 섞여 근무한 사안에서 공제를 배제한 하급심도 있습니다(서울행정법원 2010. 7. 23. 선고 2009구합23273 판결).

⑩ 유동성 지원은 요건과 신청이 전제입니다

지원	근거(현행)	유의점
납부기한 연장	국세징수법 제13조	사업의 현저한 손실 등 사유 소명과 신청 필요. 국세청은 미래성장 세정지원 기업에 최대 9개월 연장을 안내(한국세정신문 2026.2.4.)
납세담보 면제	국세징수법 제15조 및 국세청 집행기준	최대 1억 원 한도로 안내됨(같은 기사). 한도 초과분은 담보 필요
압류·매각 유예	국세징수법 제105조	이미 체납이 발생한 경우의 구제. 유예기간 중 분납계획 이행 필요
경정청구 우선 처리	국세기본법 제45조의2	법정신고기한 후 5년 이내 청구. 과거에 놓친 공제·감면 점검 기회
환급금 조기 지급	부가가치세법 제59조, 국세기본법 제51조	부가세 조기환급(사업설비 투자 등)은 예정·확정 또는 월별 조기환급 신고가 전제

  GPU 서버 등 사업설비를 취득했다면 부가가치세 조기환급을 월별로 신고해 매입세액을 빨리 돌려받을 수 있습니다.

  결손이 난 중소기업은 직전 사업연도에 납부한 법인세가 있으면 결손금 소급공제(법인세법 제72조)로 환급을 받을 수 있고, 그렇지 않으면 이월결손금(같은 법 제13조)으로 관리합니다.

  납부기한 연장은 원칙적으로 기한 전에 신청해야 하므로, 자금 사정이 어려워질 것이 예상되면 신고기한 직전이 아니라 미리 관할 세무서와 상의하는 것이 안전합니다.

⑪ 공제·감면은 중복 배제와 최저한세까지 함께 봐야 합니다

  창업중소기업 세액감면(조세특례제한법 제6조)과 통합투자세액공제(제24조) 등은 중복지원 배제(제127조) 대상인 조합이 있습니다. 어느 쪽이 유리한지 사업연도별로 비교해야 합니다.

  최저한세(제132조)로 당해 연도에 공제받지 못한 세액은 이월공제(제144조)됩니다. 중소기업의 연구·인력개발비 세액공제는 최저한세 적용에서 제외됩니다.

  통합투자세액공제에는 농어촌특별세가 부과되지만 연구·인력개발비 세액공제에는 부과되지 않습니다.

  고용을 늘리는 기업은 통합고용세액공제(제29조의8)와 사후관리 요건을, 중소기업 요건(같은 법 시행령 제2조) 초과가 예상되는 기업은 졸업 유예기간을 함께 확인합니다.

⑫ 인재 보상 세제 — 스톡옵션은 특례가 있고, RSU는 아직 없습니다

벤처기업 주식매수선택권에는 행사이익 비과세, 납부특례, 과세특례(조세특례제한법 제16조의2부터 제16조의4)가 있습니다. 반면 성과조건부주식(RSU)에는 별도 과세특례가 없어, 2025년 12월 협약식 간담회에서 업계가 개선을 건의했습니다(조세금융신문 2025.12.18.). 2026년 7월에는 국가전략기술 기업의 RSU 근로소득세를 5년에 걸쳐 나누어 내도록 하는 조세특례제한법 개정안이 여야 의원 공동으로 발의되었습니다(헤럴드경제 2026.7.1.). 아직 법안 단계입니다.

⑬ 2026년 세제개편안은 국회 심의 중인 '안'입니다

  연구개발 세액공제와 통합투자세액공제에 지역별 계수(수도권 1.0, 비수도권 광역시 등 1.1, 기타 비수도권 1.3, 우대지역 1.5)를 곱하는 방안, 창업중소기업 세액감면 재설계, 벤처투자 세제의 투자대상 업력 요건 완화(7년 → 10년)가 포함되어 있습니다(법률신문 2026.8., MTN 머니투데이방송 2026.8.7.).

  국회 통과와 2027년 2월로 예고된 시행령 개정 전까지는 확정된 내용이 아닙니다. 지방 이전이나 투자 시기를 이 내용에 맞추어 결정하는 것은 이릅니다.

7. 확인한 판례

사건	요지	확인 경로
대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결	선정사유 없이 한 세무조사로 얻은 자료에 기초한 과세처분은 위법	대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결서의 참조판례 인용 및 한국세정신문 판례평석(2020.1.14.)
대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결	현지확인도 실질이 질문·검사에 이르면 재조사가 금지되는 세무조사	대법원 판결서(scourt.go.kr)
대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두55203 판결	과학기술활동은 과학적·기술적 불확실성의 체계적 해소. 업무 효율화 전산시스템 위탁개발비는 공제 대상 아님	대법원 판결서(scourt.go.kr)
대법원 2024. 12. 12. 선고 2021두48359 판결	위탁개발 시스템의 과학기술활동 해당성 인정, 2013년 이후분은 수탁자 전담부서 직접 수행분만 공제	대법원 판결서(scourt.go.kr)
서울행정법원 2010. 7. 23. 선고 2009구합23273 판결	독립 연구공간·전담성 결여 시 공제 배제(하급심)	택스캔버스 판례 DB

※ 국세청 예규(질의회신)는 문서번호를 직접 확인한 것이 없어 싣지 않았습니다. 개별 사안은 국세법령정보시스템(taxlaw.nts.go.kr)에서 최신 해석을 확인하시기 바랍니다.

8. 대상 기업 체크리스트

  우리 회사가 2,559개사 명단에 포함되는지 관할 세무서 법인세과 전용상담창구에 확인했는가

  창업일 기준으로 '선정 제외' 대상인지 '신청에 의한 유예' 대상인지 구분했는가

  조사 사전통지를 받으면 유예 신청기한을 놓치지 않도록 담당자를 정해 두었는가

  과제별 정부출연금과 자기부담금을 구분경리하고, 세액공제는 자기부담분만 반영했는가

  국가전략기술·신성장·일반 연구개발비를 구분했고, 세부기술 해당 근거를 문서로 갖추었는가

  연구전담요원의 겸직 여부, 연구공간, 연구노트를 점검했는가

  법인세 신고 전에 R&D 세액공제 사전심사를 신청할 과제를 추렸는가

  설비투자분 부가가치세 조기환급, 결손금 소급공제 가능 여부를 검토했는가

  과거 5년 내 놓친 공제·감면(창업감면, 통합고용, R&D)에 대한 경정청구 여지를 검토했는가

  유예기간에도 장부·증빙을 정상적으로 보존·관리하고 있는가

9. 맺으며

이번 조치는 새 세법을 만든 것이 아니라, 이미 있는 세정 수단을 중기부 지원사업 선정기업에 우선 적용하겠다는 행정 지원입니다. 정기 세무조사 부담이 줄고 사전심사·환급이 빨라지는 것은 분명한 이점입니다. 다만 세금 자체가 줄어드는 것은 아니며, 정부출연금과 세액공제의 관계처럼 대상 기업일수록 틀리기 쉬운 지점이 있습니다. 지원 기간을 세무 관리 체계를 정비하는 시간으로 쓰시기를 권합니다.

출처 및 저작권 표기

  보도자료 — 관계부처 합동(중소벤처기업부·국세청) 보도참고자료 「중기부·국세청, 2,559개 AI 중소·스타트업 집중 지원」(2026.10.11.). 본문에 실은 표제부·담당부서 표·참고1~3의 도표와 인포그래픽은 이 보도자료에서 가져온 것으로, 공공누리 제1유형(출처표시) 조건에 따라 이용했습니다.

  언론 기사 — 기사 원문을 옮기지 않고 사실관계를 다시 서술했으며, 매체명·기자·일자·링크를 아래에 밝힙니다.

매체	기자	일자	기사 제목(링크)
이투데이	노승길 기자	2026.10.11.	정기 세무조사 미루고 환급금 당긴다…AI 기업 2559곳 '숨통'
헤럴드경제	부애리 기자	2026.10.11.	AI 스타트업 세무조사 면제·유예…중기부·국세청, 지원 확대
일간NTN	이승겸 기자	2026.10.11.	국세청, 중기부와 2559개 AI 중소·스타트업 집중 지원
아시아경제	최호경 기자	2026.10.11.	중기부, 유망 AI 중소·스타트업 2559곳 세무조사 부담 완화…국세청과 협업
매일일보	오시내 기자	2026.10.11.	"AI 스타트업 세무조사 제외"…중기부·국세청, 2559개사 집중 지원
머니투데이	오세중 기자	2026.10.11.	중기부·국세청, 2500여개 인공지능 중소·스타트업 집중 지원
경기일보	김민 기자	2026.10.11.	AI 중소·스타트업 2천559곳에 세정지원…세무조사 부담도 완화
택스워치	강상엽 기자	2025.10.24.	창업 5년 안된 AI 중소기업, 세무조사 안 받는다
조세금융신문	고승주 기자	2025.10.24.	국세청, AI 중소기업 세무조사 부담 던다…R&D컨설팅 등 종합 세정지원
CBS노컷뉴스	최서윤 기자	2025.10.24.	임광현 국세청장 "4800여 AI 중소기업 정기세무조사 제외·유예"
조세금융신문	고승주 기자	2025.12.18.	중기부-국세청, 'AI 중소·스타트업 성장' 위해 맞손
파이낸스스코프	남지완 기자	2025.12.18.	중기부·국세청, 'AI 중소·스타트업 성장'을 위한 MOU… 4가지 지원 초점
택스워치	강상엽 기자	2025.12.18.	세무조사 유예, 컨설팅까지…'청년 창업가' 돕는다
한국세정신문	윤형하 기자	2026.2.4.	국세청, 연구개발특구 1만3천500여 중소기업 사후검증 1년간 유예한다
한국세정신문	김유리 기자	2026.4.27.	감사원 "국세청, 모범납세자 세무조사 '유예'를 '제외'로 부적절 운영"
택스워치	임명규 기자	2026.6.26.	기업인을 위한 연구·인력개발비 세액공제 총정리
한국세정신문	오상민 기자	2026.7.15.	국세청, 지방 소재 기업 정기 세무조사 유예 '최대 3년까지'
한국세정신문	오상민 기자	2026.8.12.	'연말까지 국세청 세무조사 유예' 추가되는 기업은?
한국세정신문	오상민 기자	2025.7.31.	[세제개편]AI분야 국가전략기술 신설…AI전문가 국내복귀, 소득세 감면 연장
바이라인네트워크	김우용 기자	2026.2.24.	AI 학습용 데이터 구매 비용, 최대 50% 세액 공제
뉴시스	임소현 기자	2026.1.16.	초혁신경제 세제 '실행판' 가동…반도체·AI·수소 R&D 공제 확 넓힌다
헤럴드경제	정석준 기자	2026.7.1.	최형두·이준석·황정아, 정부 세법개정안 빠진 'RSU 세제지원' 입법 추진
MTN 머니투데이방송	남궁영진 기자	2026.8.7.	벤처기업계 "정부 세제개편안 환영…투자 촉진·성장 기반 확충 긍정적"
법률신문	—	2026.8.	2026년 세제개편안 발표

※ 이 글은 2026년 10월 11일 현재 공개된 자료를 바탕으로 한 일반적인 안내이며, 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 조문 번호는 게시 시점의 현행 법령과 대조해 확인하시기 바랍니다. 구체적인 적용은 사실관계에 따라 달라지므로 전문가와 상담하시기 바랍니다.

작성: 민우세무법인 김재철 세무사

[데이빗김]

제가 만든 유투브 설명영상 링크 ( https://www.youtube.com/watch?v=c3dO74Uhzlk ) 입니다. 도움이 되시기 바랍니다!
출처: https://dasomjys.tistory.com/81 [조세절세맨(조절)_David_Kim:티스토리]