한 아이가 죽을 때마다 미지의 것들이 사라진다.
어느 날 벼랑 아래에서 한 소녀가 발견된다. 이 소녀는 스스로 벼랑 아래로 떨어진 걸까? 왜, 어쩌다, 어떻게 그런 일이 벌어진 걸까?
<사라지기 전에 단 하나의 이야기를>은 DY 지역신문의 수습기자 산호가 미소라는 아이의 죽음에 대해 밝히는 내용이다. 이 소설은 살아있는 사람들의 이야기와 죽은 자들의 이야기로 나뉘어 구성한다. 살아있는 현우와 산호는 미소의 죽음에 대한 진실을 밝히고 죽은 미소는 백년나무의 노인을 만나 노인의 이야기를 듣는다.
보육원에서 자란 미소는 도둑질과 마약 투약 등의 문제를 일으키고 보육원을 뛰쳐나온다. 미소는 왕형호의 고깃집에서 아르바이트를 한다. 왕형호는 미소의 임금을 제대로 주지 않고 자신을 마약 운반책으로 이용하자 가게를 그만둔다. 미소는 임금을 주지 않는 왕형호의 머리를 소주 병으로 내리치고 고깃집에서 도망쳐 대방호에 찾아간다. 대방호 앞에 서 있던 미소는 누군가의 공격을 받고 사망한다.
경찰은 누구도 찾아가지 않는 미소의 시신을 장례식장으로 넘기고 장례식장에선 무연고 시신으로 돈이 되지 않는 시신을 대충 없애기 위해 백년산에 유기한다. 미소의 시신을 옮기던 중 발생한 사고로 미소의 시신은 백년나무 구덩이로 들어가게 되고 미소 관은 시신 없이 무덤에 묻힌다.
사건의 발단은 대방호 근처의 상수원 보호구역에서 불법으로 나무를 빼돌려 돈을 벌던 노이사. 이런 노이사의 행적을 눈치 챈 지역신문 대표 현우. 노이사는 대방호 앞에 서 있던 미소를 보고 현우로 착각해 미소를 살해하여 미소의 시신을 호수로 던지고 그녀의 죽음을 자살로 위장한다.