검찰 안팎에선 실제 지난달 말부터 채 총장의 사퇴설이 청와대 주변 인사들을 통해 돌고 있다는 소문이 무성했다. 검찰 관계자는 "청와대 보고 라인에서 대통령에게 국정원 사건의 선거법 위반 혐의 적용이 안 된다는 내용의 단일 보고를 올렸다고 한다. 그런데 검찰이 선거법 위반 혐의로 기소를 하니까 항명으로 받아들인 것 같다. 이 때문에 청와대에서 신뢰를 잃는 등 피해를 본 청와대 인사가 이번 작업을 진행한 것으로 알고 있다"고 말했다.
다른 검찰 관계자는 "청와대가 채동욱 총장을 자기들 사람으로 생각하지 않는 건 다 아는 사실이다. 최근 대통령직 인수위원회 참여 인사들이 저녁 모임을 가졌는데 핵심 인사였던 한 교수가 '추석 전에 채 총장을 날릴 거다'라는 언급을 했다고 들었다. 청와대 한 인사가 최근 같은 지역 출신의 검사들에게 전화해 '채 총장 조만간 사퇴하니 줄 서지 말라'고 경고했다고 한다"고 말했다.