《자산어보》에는 고등어(皐登魚)로 기록되어 있으며, 《재물보》에는 고도어(古道魚)로 기록되었다.
어린 개체는 고도리라 부른다.
고등어는 옛칼의 모양을 닮았다 하여, 고도어古刀魚(동국여지승람)로 그리고 푸른 무늬가 있다하여, 벽문어(자산어보)로 불렸다
"가을 배와 고등어는 며느리에게 주지 않는다"
안동의 특산물, 간고등어
그러나 어원은 '高等魚'가 아니다. 정약전의 자산어보에는 '고등어(皐登魚)'라고 나오며, '고도어(古道魚/古刀魚)'라고도 쓰인 다른 문헌과 순우리말(또는 새끼를 가리키는 말)이 '고도리'라는 점을 통해 원래 '고도ᅌᅥ'('魚'의 원래 발음에 대해서는 옛이응 문서 참조)였다가 변했을 가능성이 있다.
고등어의 새끼는 고도리라고 하는데, 사실 옛말로는 고도리가 바로 고등어를 가리키는 순우리말이었다. 이것을 기록할 때, 高道魚, 高刀魚, 古刀魚등으로 빌려 적었는데, 이두와 달리 한자를 음독만 하게 되면서 발음이 약간 변화하여 현재의 고등어가 되었다. 한자로는 高等魚로 쓸 것 같지만, 이런 어원 및 변천과정때문에 고등이란 음절에 별도의 한자표기는 없다.
재래시장 등에서는 고등어를 셀때 "손"이라는 단어를 사용할때가 있다. 60년대 이전까지는 자주 쓰였지만 차차 안쓰이기 시작해서 현재는 많이 안쓰이지만 그래도 나이 지긋한 어르신들이 생선을 파는 곳에서는 가끔 들을 수 있다. "손"이라는 단어는 생선의 포장방식에서 유래했는데 생선은 바닥에 쌓아놓으면 살이 물러서 아래쪽 생선은 금방 짓무르게 되고 순식간에 개미등의 벌레들이 몰려들어서 비쥬얼 상 판매할 수가 없기 때문에 생선은 반드시 벽이나 전문 걸이에 걸어놓고 팔아야했다.
그래서 짚으로 만든 노끈으로 미끄럽고 냄새나는 생선을 걸어둘 수 있게끔 포장한 것을 손이라고 한다. 노끈의 묶는법 때문에 한마리로는 묶이지가 않는다. 그래서 한손은 2마리를 의미한다. 짚으로 만든 새끼보다 싼 비닐끈으로 바뀌게 될때까지만 해도 이런 단위는 견고했지만 포장이 비닐봉지로 바뀐 지금은 거의 사용하지 않는다.
굴비나 조기등도 같은 포장으로 파는데 역시 한손은 두마리를 의미한다. 굴비는 20마리씩 묶어 "두름"이라는 단어로 판매하기도 하지만 고등어는 그렇게 주렁주렁 매달기에는 크기도 크고 살이 푸석푸석해서 두름단위로 판매하지는 않는다. 2마리씩 20마리씩 판매하는 것을 보면 알겠지만 이 생선의 묶는 법은 두마리가 쌍을 이루어 어디 걸어놓아도 양쪽이 무게중심을 잡아서 걸려있게끔 하는 방법이라서 정 한마리로 이렇게 묶으려면 생선을 반으로 쪼개야 한다. 그런데 생선을 반으로 쪼개버리면 안그래도 쉽게 상하는 생선이 순식간에 썩어 버리기 때문에 상인이 손님에게 손단위 그대로 보관하다 들고 집으로 가라고 포장째 판매한 것이다. 손님 입장에서도 고등어 내장으로도 육수를 우려낼 수도 있고 강아지나 고양이 밥을 줄 수도 있는데다 냄새나는 생선을 손으로 만질 이유도 없어서 그대로 가져갔다, 예전에는 이렇게 판매했지만 요즘에는 쓴맛이 배어나오는 고등어 내장까지 이용할 정도로 빈곤하지도 않고 비닐봉지로 판매방식이 변한 뒤로는 판매처에서 반으로 쪼개서 내장을 제거한 다음 조각조각 썰어서 주기 때문에 손 단위를 쓰더라도 정말 "손"처럼 포장해서 파는 경우는 거의 없다.