리눅스에서 MySQL 설치 방법은 대략 아래와 같구요,
1) MySQL 관련 계정(mysql) 생성
shell> groupadd mysql
shell> useradd -g mysql mysql
2) 다운로드 받은 파일의 압축 해제
shell> tar xvzf mysql-5.1.34.tar.gz
shell> cd mysql-5.1.34
3) MySQL 설치
shell> ./configure --prefix=/usr/local/mysql --with-charset=euckr
shell> make
shell> make install
4) 설정 파일 복사 및 설치 디렉터리 소유자 변경
shell> cp support-files/my-medium.cnf /etc/my.cnf
shell> cd /usr/local/mysql
shell> chown -R mysql .
shell> chgrp -R mysql .
5) DB 생성 및 일부 디렉터리 소유자 변경
shell> bin/mysql_install_db --user=mysql
shell> chown -R root .
shell> chown -R mysql var
6) MySQL 서버 실행
shell> bin/mysqld_safe --user=mysql &
자세한 내용이 궁금하시다면, http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/installing-source.html 문서를 참고하시구요,
그리고, PHP와 같이 사용하지 못할 이유는 없는데, PHP 관련 설치 방법은 PHP 관련 서적 등을 참고해주세요.