그러나 하나님은 자신의 뜻을 거역하는 요나를 그냥 두지 않으셨습니다. 하나님께서는 자기의 주권을 거역하는 사람들을 그대로 두지 않습니다. 하나님은 요나가 타고 가던 배에 큰 파도와 풍랑이 일게 하셨습니다. 이로 인해 요나가 탄 배는 바람과 파도에 의해 심히 흔들리게 되었고, 거의 깨어지기 직전에 놓였습니다. 선원들은 죽음이 눈앞에 이르게 되자, 공포에 휩싸여 각자 자기들이 믿는 신의 이름을 불렀습니다. 그리고 그들은 배를 가볍게 해보려고 배의 짐들을 바다에 던졌습니다. 우리는 여기서 모든 사람들에게 종교성이 있다는 것을 알 수 있습니다. 사람들은 평상시에는 신을 거부하다가도 불가항력적인 일을 만나면 신을 찾게되어 있습니다.
그때에 요나는 배의 밑에 있는 선실에서 깊은 잠을 자고 있었습니다. 그때에 그 배에 탄 한 사람(선장이나 선임자)이 배 밑에서 자고 있는 요나를 발견했습니다. 그는 즉시 요나를 깨워서 그가 믿는 신에게 위험에서 구해 달라고 기도하라고 요구했습니다. 그러나 바람과 파도는 그칠 줄을 몰랐습니다. 마침내 사람들은 그들의 관습대로 제비를 뽑아서 이 풍랑의 원인이 누구에게 있는지를 알아보기로 결정했습니다. 모든 사람들은 한 사람씩 제비를 뽑았으며, 그 결과 요나가 뽑히게 되었습니다. 그때서야 요나는 이 풍랑이 바로 자기 때문에 일어나고 있다는 것을 알게 되었습니다.
사람들은 요나에게 왜 이런 일이 일어났고, 그의 직업이 무엇이며, 그가 어디에서 온 사람인지 물어 보았습니다. 요나는 자신은 히브리 사람이며, 자신은 바다와 육지를 지으신 하늘의 하나님을 경외하는 사람이라고 대답하였습니다. 그리고 자신이 지금 여호와의 명령을 거역하고 도망하고 있는 중이라고 말했습니다. 이 말을 들은 사람들은 매우 두려워했습니다. 그리고 그에게 "네가 어찌하여 이런 일을 행하였느냐?"고 책망했습니다. 그리고 그들은 요나에게 자기들이 어떻게 해야하느냐? 고 물었습니다. 요나는 그 풍랑이 나기 때문에 생겨난 것이기 때문에 자신을 바다에 던지라고 했습니다. 그러나 그들은 인간적인 방법을 다 동원해서 그를 구원해보려고 했습니다. 그들은 노를 저어서 배를 육지로 돌려보려고 했습니다. 그러나 그들이 노력하면 노력할수록 바람과 파도는 더욱 거세어져 갔습니다. 그러자 그들은 마침내 요나를 바다에 던지기로 결정했습니다. 그리고 그들이 요나를 바다에 던지는 순간 바다를 즉시 잔잔해졌습니다. 이를 본 선원들은 심히 두려워하여 즉시 여호와께 제물을 드리고 하나님께 서원을 드렸습니다(1:16). 하나님은 미리 큰 물고기를 준비해 놓으셨다가 요나를 삼키게 하셨습니다. 하나님께서는 요나가 그 고기 뱃속에서 3일 밤낮을 보내도록 만드셨습니다.
우리는 이 사건을 통해서 하나님의 주권이 교회 뿐 아니라 모든 영역에 미치고 있다는 것을 발견하게 됩니다. 하나님은 자기 명령을 거역한 찾아 배 밑까지 찾아가셨습니다. 그리고 하나님은 바다에 사는 큰 물고기를 동원하셨습니다. 많은 성도들이 교회 안에서는 하나님께서 계신 것처럼 행동하지만, 교회를 벗어나 가정이나, 직장으로 돌아가면 하나님께서 안 계신 것처럼 생각하며 살 때가 많습니다. 그러나 이러한 생각과 행동은 하나님의 주권이 모든영역에 미친다는 것을 알지못한 사람들이 할 수 있는 생각과 행동입니다.