구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 후단에 따라 전체 양도소득금액에서 차감되는 양도소득금액의 범위 및 산정식

[레지나]

2013두2273 종합부동산세등부과처분취소 (사) 파기환송(일부)

구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 후단에 따라 전체 양도소득금액에서 차감되는 양도소득금액의 범위 및 산정식

구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 본문(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)은 ‘거주자가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고’(이하 ’전단‘이라 한다), ’당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다‘(이하 ’후단‘이라 한다)고 규정하면서, 제1호에서 ’주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택을 포함한다)‘을, 제2호에서 ‘자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)’을 각각 들고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 제99조의3 제4항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항에 의하면 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 ‘양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)’의 산식(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)에 따라 계산한 금액으로 하도록 되어 있다.

이 사건 특례조항은 ‘취득일부터 5년 이내’에 신축주택을 양도하였는지를 기준으로 전단과 후단으로 나누어 과세특례의 내용을 다르게 규정하면서 그 전단에서는 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 특별히 명시하고 있지 않다. 또한 이 사건 특례조항은 재건축․재개발을 통하여 취득한 신축주택의 양도와 같이 ‘신축주택 취득일 전의 양도소득’이 양도소득세의 과세대상에 포함되는 경우를 감면대상으로 정하면서도 그 전단에서는 후단과 달리 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 채 양도소득세를 전액 감면한다고 규정하고 있을 뿐이다. 이러한 이 사건 특례조항의 문언과 체계, 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 특례조항은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 이해된다. 따라서 이 사건 특례조항 전단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다.

한편, 이 사건 특례조항 후단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후의 양도’의 경우에는 이 사건 특례조항 후단에서 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 구체적인 계산방법을 정하지 아니한 채 대통령령으로 정하도록 위임하고 있으므로(구 조세특례제한법 제99조의3 제4항), 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항의 규정에 따라야 할 것이다. 그런데 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항은 전체 양도소득금액 중 신축주택의 취득일 이후에 발생한 양도소득금액, 즉 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 구분하여 산정하는 방법을 별도로 정하지 아니한 채 단지 ‘양도소득금액’에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분’에서 차지하는 비율을 곱하여 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하도록 규정하고 있을 뿐이다. 그리고 소득세법상으로도 양도소득금액은 원칙적으로 양도자산을 보유하는 전 기간을 통하여 전체로서 산정되고, 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로 그 방법을 정하고 있다. 이 사건 산식을 비롯한 관련 규정의 문언 및 체계, 앞서 본 이 사건 특례조항의 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 산식 중 ‘양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액’을 의미하고, ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’는 모두 신축주택의 ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’를 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 특례조항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 – 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 따라 계산하여야 한다.

☞ 기존 주택을 헐고 신축한 주택을 그 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도함으로써, 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 후단의 공제대상에 해당하는 경우 전체 양도소득금액에서 차감되는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 – 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 – 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 따라 계산하여야 한다고 판단한 사안