1462년 7월 21일 (음력 6월 25일)에 태어나 1530년 9월 13일 (음력 8월 22일)에 69세로 사망하였다. 1473년 아버지가 병조 참지로 있을 당시 숙의로 뽑혀 입궁했고[1], 1479년중전 윤씨(연산군의 어머니)의 폐위로 새로이 왕비로 책봉되었다.[2] 그가 친정아버지 윤호와 육촌 윤필상 등과 함께 윤씨를 폐출하는 데 일조했다는 주장도 있지만, 폐비 윤씨 폐출 당시 17세였던 정현왕후가 이 일에 얼마나 간여했는지는 미지수이다. 진성대군(晉城大君 : 뒤의 중종)과 여러 공주들을 낳았는데, 공주들은 일찍 죽었다. 1480년 11월 8일에 성종의 세 번째 왕비로 책봉되었다.[3]
이후 폐비 윤씨의 소생 연산군은 그를 생모로 알고 자라다가, 1493년성종의 묘비명과 행장을 쓸때 폐비 윤씨의 사사 사건을 알게 되면서 갑자사화를 통해 사림파를 학살하는 원인을 제공했다. 1497년(연산군 3) 자순(慈順), 1504년 화혜(和惠)의 존호를 받았다. 1506년중종반정 때 반정의 주도 세력이 진성대군(중종)을 왕위에 세울 것을 주청하니 이를 승낙하였다.