"불의 7일" 있은 후 천년이 흘렀다. 언제 어디서부터 생겨난 것인지는 모르지만 부해가 조금씩 세상을 갉아 먹고 있다. 부해의 포자는 인체에 위험한 독을 가지고 있어서 부해가 퍼져있는 숲은 더이상 삶의 터전이 아니다. 바람계곡의 사람들은 바람을 읽어 부해의 포자가 계곡안으로 들어오는 것을 막으며 평화로운 나날을 보내고 있다. 그러나 그들의 지도자 질도 늙어가고 있다. 질의 딸인 나우시카는 어려서부터 동물과의 놀라운 친화력을 가지고 있 어 모든 동물과 이야기 할 수 있으며 바람을 읽는 데도 뛰어나다. 하지만 나우시카 가 여자라는 것 때문에 질 은 앞으로의 일에 대한 걱정이 크다. 세상을 보기 위해 계곡을 떠났던 나우시카 의 스승인 유파 가 돌아온다. 이와 더불어 바람계곡 의 서쪽에서 무섭게 세력을 키워가던 도르메키아 가 서서히 위협적으로 모습을 드러낸다.
뿐만 아니라 페지테 에서 "불의 7일" 이후 잠들었던 거신병 을 다시 부활시키고 있다는 소문이 나돈다. 거대한 사람 모습을 하고 입에서 엄청난 불길을 뿜어내어 천년 전 모든 문명을 파괴한 장본인으로 거신병 이 부활한다면 인류는 종말을 맞이할 수도 있다. 도르메키아 는 페지테 를 공격한다.
멸망한 페지테 에서 도르메키아 로 가는 운송선이 바람계곡 에 추락한다. 추락한 운송선에는 거신병 이 숨겨져 있다. 거신병 을 되찾기 위해 도르메키아 가 바람 계곡으로 쳐들어 온다. 하지만 막강한 무력을 자랑하는 도르메키아 군에게 질 은 죽임을 당하고 나우시카 는 포로로 도르메키아 로 보내진다. 도중에 페지테 의 소년 아스벨 에 의해 구출되나 도르메키아 의 건쉽의 공격을 받고 부해의 숲 으로 추락한다. 나우시카 와 아스벨 은 부해의 숲 의 바닥에서 숲이 자정 작용을 하고 있다는 것을 알게된다. 바람계곡 은 도르메키아 에 의해 거신병 의 부활작업이 진행되고 포자가 확산되어 위험에 처하게 된다. 아스벨 과 부해의 숲 을 빠져나온 나우시카 는 페지테 로 가고 오무(王蟲)에 의해 바람계곡 이 위험에 처해지는 것을 알고 이를 저지하러 간다. 바람계곡 에서 계곡 사람들과 대치하던 쿠샤나 는 거신병 을 작동시키고 새끼 오무를 구한 나우시카 는 새끼를 무리에 돌려 주지만 폭주한 오무에 의해 죽게되고 오무의 분노는 가라앉는다. 그러자 오무들은 다시 나우시카 를 되살리며 옛 전설을 확인시킨다.