아파트 분양과 관련된 경비 등의 공통매입세액은 과세・면세되는 건물 및 면세되는 부속토지의 공급 등 전체매출에 대응되는 비용임

[주황규]

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hantax.co.kr/xe/qna/17431

세무사 한장석 - 아파트 건설현장에서의 공통매입세액안분 관련 질문

그러나 예정사용면적을 사용하는 경우에는 주의하셔야 합니다.

해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우로써 토지를 제외한 건물 등에 대하여 예정사용면적을 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 시행령 제81조 제1항(공급가액 비율)의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 예정사용면적기준을 적용하고, 

과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 확정사용면적기준에 의하여 공통매입세액을 정산한다(부령 81 ⑤).

이 경우 같은 과세기간에 예정신고시 공통매입세액에 대하여 예정사용면적으로 안분계산한 후 확정신고시 과세ㆍ면세 공급가액이 모두 있게 됨에 따라 예정사용면적과 공급가액에 대한 비율이 모두 있는 경우에도 예정사용면적으로 안분계산한다(재부가-342, 2011.5.30).

종전에는 예정사용면적비율로 매입세액을 안분계산 하던 중 과세 및 면세사업의 공급가액이 발생되는 경우는 공급가액비율로 안분계산하도록 해석하였으나(재부가-28, 2008.1.21), 2011.1.1 이후 예정사용면적기준으로 안분계산한 경우에는 확정사용면적기준으로 정산함을 명확히 하였습니다

▶ 해당과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순(다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다)에 의하여 계산하고, 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 경우에 영 제82조의 규정에 의하여 공통매입세액을 정산함(영81④, 영82)

[#표]공급가액이 없는 경우 안분계산 순서[/표]

1. 총 매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총 예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율
(공유면적은 예정사용면적에 포함하지 아니함, 상담3팀-627, 2006. 3.31)

※ 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우로서 토지를 제외한 건물 등에 대하여 위 3호를 우선 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율산식(영 81조 1항의 산식)에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 위 3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 영 82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산함 (영81⑤, 舊법령61⑥ 신설 2010.12.30.개정)

⇒ 3호에 따라 예정사용면적의 비율로 공통매입세액을 안분계산한 경우 사용 면적이 확정될 때 정산도 확정면적으로 안분계산함 (2011.1.1. 이후 최초로 과세표준을 신고하는 분부터 적용)

www.nts.go.kr/call/vat/2014_01/htm/13g300.htm

부가가치세 신고안내

부가가치세법시행령 제81조 [ 공통매입세액 안분 계산 ]

⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호(예정사용면적)를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 [공통매입세액의 정산] 제2호(확정면적)에 따라 공통매입세액을 정산한다.(2013.06.28. 개정)

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부가, 조심2010서2827 , 2011.09.29 , 완료귀속연도 2005전심번호  ▶ 조심2010서2827[심판]

관련주제어▶ 공통매입세액의 정산▶ 납부세액 또는 환급세액의 ..▶ 매입세액의 안분계산

주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 부동산공급업을 영위하는 법인으로서, OOOO OOO OOO OO리 429 소재 아파트 237세대(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 공급할 목적으로 OO건설(주)(이하 “시공사”라 한다) 및 OOOO건축사사무소 등 거래업체(이하 “시공사외의 업체”라 한다)와 공사도급계약을 체결한 후, 2004년 제2기 부가가치세 예정신고분부터 2007년 제1기 확정신고분까지 쟁점아파트와 관련된 공통매입세액에 대하여 쟁점아파트의 예정사용면적을 기준으로 안분하였고,

2007년 제2기 확정신고시 쟁점아파트의 실제 사용면적을 기준으로 공통매입세액을 정산・신고하였다.

나. OO지방국세청은 2009년 9월 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 과・면세사업에 공통으로 사용되는 매입세액을 안분계산함에 있어

아파트 분양금액이 발생하지 아니한 2005년 제1기까지는 사용면적기준으로 하되,

2005년 제2기부터는 공급가액이 발생하므로 당해 과세기간의 공급가액 비율로 안분 계산하여야 함에도 청구법인은 사용면적비율로 안분계산함으로써 매입세액을 과다공제 신고한 것으로 지적하였으며,

이에 처분청은 청구법인이 시공사외의 업체로부터 수취한 매입세액 171,798천원(이하 “공통매입세액”이라 한다)을 토지가액을 포함한 공급가액 비율로 재계산하여 2010.1.11. 청구법인에게 2005년 제2기〜2007년 제2기 부가가치세 43,181,700원(2005년 제2기 15,807,090원, 2006년 제1기 8,906,400원, 2006년 제2기 5,572,590원, 2007년 제1기 10,926,130원, 2007년 제2기 1,969,560원)을 경정・고지하였다.

(단위 : 천원)

과세기간	안분대상 공통매입세액	안분비율(%)	경정 불공제 매입세액	당초 신고 불공제세액	과세금액 (차액)
2005년 제2기	53,451	38.8	20,723	10,405	10,318
2006년 제1기	37,203	35.7	13,269	7,242	6,027
2006년 제2기	29,082	32.8	9,529	5,611	3,917
2007년 제1기	41,525	38.7	16,069	8,083	7,986
2007년 제2기	10,537	33.9	3,570	2,049	1,521
합계	171,798		63,160	33,390	29,769

* 안분비율 :	(국민주택이하 아파트 건물 및 토지 분양가액+국민주택초과 아파트 건물 분양가액)
	(전체 아파트 건물 및 토지분양가액)

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.12. 이의신청을 거쳐 2010.8.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  가. 청구인 주장

   (1) 「부가가치세법 시행령」 제61조 제4항은 공급가액이 없으나 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 매입세액을 안분 계산하도록 규정하고 있으며,

공통매입세액 중 OO토건(주)와 OO건설(주)에 지급한 106,382천원, 중부측량에 지급한 150천원, OOOO건축사무소에 지급한 44,192천원, 한전 OOO지점에 지급한 전기요금 3,093천원, 합계 153,817천원 상당의 매입세액(이하 “쟁점1매입세액”이라 한다)은 쟁점아파트 건축과 관련하여 발생한 것이므로 예정사용면적 기준으로 안분계산하였으며, 공급가액이 발생하더라도 계속적으로 예정사용면적기준을 적용하여 정산하여야 한다.

   2010.12.30. 신설된 「부가가치세법 시행령」 제61조 제6항은 개정 전에도 개정된 제6항처럼 해석되어야 함에도 구체적인 규정이 없어 논란이 되어왔던 부분으로 새로이 개정한 것이라기보다는 논란이 된 모호한 부분을 명확히 한 것에 불과하므로 예정사용면적기준으로 안분계산한 경우에는 공급가액이 발생하더라도 예정사용면적기준으로 안분계산하고 사용면적이 확정되는 시점에 정산토록 하여야 할 것이다.

   또한, 공급가액 비율로 안분계산하는 것이 타당하다고 할지라도, 쟁점1매입세액은 쟁점아파트 신축과 관련된 매입세액으로 건물 공급가액으로 안분 계산하여야 하는 것으로, 주택 신축을 위하여 발생하는 모든 원가는 주택신축판매업을 영위하는 법인의 목적상 주택의 분양을 위하여 발생하게 되나,

주택 신축시 발생하는 모든 원가를 분양과 관련되어 있다고 하여 토지와 건축물 가액을 기준으로 부가가치세를 안분하는 것은 아니며, 주택 신축을 위하여 발생하는 원가 중에서 건축물의 신축에 상당한 인과관계가 있고 필수적으로 발생하는 원가일 경우에는 건축물의 공급가액을 기준으로 부가가치세를 안분하여야 하고, 아파트 모델하우스 설치와 관련된 매입세액은 전체를 공제하는 것과 같이 쟁점아파트 건설과 관련된 도로의 기부채납은 분양사업 전체와 상관없이 아파트 건설을 추진하기 위하여 필연적으로 발생하는 원가에 해당한다.

   아파트 건축을 위한 토지는 건축허가 없이 매입이 가능하나, 건축물은 건축허가가 있는 경우에 건축이 가능하고, 건축허가 조건에 도로공사를 시행하도록 규정하고 있으며, 도로공사에 투입되는 공사원가는 건물의 신축과 관련하여 필수적으로 발생하는 원가이므로 건물신축 공사비에 해당된다.

   청구법인의 시공사와 계약서에 의하면, 도급공사 금액에 도로개설공사가 포함되어 있지 아니하여 기부채납 도로는 청구법인이 별도로 공사를 진행하여 OO건설과 OO토건과 공사계약을 체결하였으며, 도로는 포장공사 외에 배수로공사, 토목공사 등이 포함되어 있어 법인세법 시행규칙 별표의 고정자산 내용연수표에 규정하고 있는 토지와 구분되는 별개의 구축물을 취득하는 과정에 해당하므로 토지조성과 관련된 매입세액에 해당하지 아니한다.

   OOOO건축사사무소로부터 수령한 매입세액 6,700천원을 제외한 매입세액 37,492천원은 쟁점아파트 감리와 관련된 매입세액이며, 중부측량으로부터 교부받은 매입세액은 추가 증빙이 없어 제시하지 못하나 청구법인 대표이사 및 직원의 진술에 의하면 청원군에 기부채납하는 도로공사를 위한 토목설계비와 관련된 매입세액이다.

   청구법인은 2005.3.23. 주택건설사업 승인을 청원군으로부터 취득하였고, 공사현장 사무실은 주택건설사업의 주체인 청구법인 명의로 개설하였으며 해당 전기료를 청구법인이 부담하였으며, 시공사와의 공사도급계약서에는 각종 부담금 및 분담금(상하수도, 전기, 도시가스)은 공사도급금액의 범위에서 제외되는 공사 및 업무로 규정하고 있으며, 전기요금 청구서에 수취인이 청구법인으로 되어 있으므로 현장사무실의 전기료 부담주체 및 실제 부담자는 청구법인이다.

   (2) 청구법인은 OOOO대학교의 부속초등학교인 OO초등학교에 학교운영에 필요한 기자재인 컴퓨터테이블, 디지털피아노, 가전 등 3,053천원 상당을 기부채납하였으나, 이는 기부금이 아닌 건설원가이므로 관련 매입세액(이하 “쟁점2매입세액”이라 한다)을 공제하여야 한다.

   「건축법」 제16조 제5항에 의하면, 사업계획승인권자는 사업계획을 승인할 때 사업주체가 제출하는 사업계획에 해당 주택건설사업과 직접적으로 관련이 없는 공공청사 등의 용지의 기부채납이나 간선시설 등의 설치에 관한 계획을 포함하도록 요구하여서는 아니된다고 규정하고 있어 OO군청이 공식적으로 기부채납을 사업승인 조건에 기재할 수 없었으나, 주택건설사업의 승인을 얻기 위하여 관할관청과 유관기관과의 협조과정에서 아파트 입주 후의 예상되는 학생들의 초등학교 배정과 관련하여 관할관청과 유관기간의 요청에 의하여 기부하게 된 것이고, 이러한 조건을 수용하지 않는다면 주택건설사업 승인이 지연되고 청구법인은 사업상 많은 손해를 입게 되므로 부득이 기부채납 조건을 수용할 수 밖에 없었으며, 비록 기부채납이 주택건설 사업 승인조건으로 공식적으로 주택건설 사업 승인서에 명시되어 있지는 않지만 업무와 관련하여 지출되었으며 지출에 대한 반대급부 및 효익이 있는 지출에 해당하므로 기부금에 해당하지 아니한다.

  나. 처분청 의견

   (1) 2010.12.30. 신설된 부가가치세법 시행령 제61조 제6항은 이 영 시행 후 최초로 과세표준을 신고하는 분부터 적용하는 것으로서, 2005년 제2기˜2007년 제1기 과세기간분인 이 건의 처분에 대하여 동 조항을 적용하여야 한다는 주장은 소급적용에 해당하므로 타당하지 아니하며,

심판결정례(2009전165, 2009.5.25.)는 신축 또는 취득한 건물을 과ㆍ면세사업에 공통으로 사용하는 경우에 있어서 안분하는 계산방법을 규정하고 있으나,

이 건의 경우처럼 신축건물 자체를 공급하는 업종에 있어서 안분계산하는 방법을 규정하는 것으로 볼 수 없고, 기획재정부 예규(재부가-28, 2008.1.21.)에서 예정사용면적 비율로 안분계산한 후 과ㆍ면세사업의 공급가액이 발생하는 경우에는 공급가액 비율로 안분계산하는 것으로 회신하였다.

   기부채납한 도로공사 건은 쟁점아파트 신축 분양을 위하여 필수적인 허가조건으로서 이는 청구법인이 쟁점아파트인 토지 및 건물 전체의 분양사업과 관련하여 소요된 공통매입세액에 해당한다고 봄이 타당하며, OO토건으로부터 수취한 세금계산서 품목란에는 2단지 토목공사로 기재되어 있어 하나의 도로공사 용역에 대한 세금계산서를 2개업체로부터 각각 수취하였는지 혹은 별건 공사인지 구분되지 아니하고, 청구법인이 시공사와 도급계약을 체결하여 쟁점아파트 전체 공사용역을 제공받고 있음에 비추어 추가 토목공사가 필요한지와 토지관련 매입세액인지 확인되지 아니한다.

   OOOO건축사 사무소로부터 수취한 매입세금계산서 중 2단지 전기・통신・소방 감리비에 대한 매입세액 6,700천원을 제외한 잔여 매입세액 37,492천원은 토지 조성을 위한 설계용역 등이 포함되었는지 그 여부가 확인되지 아니하며, 중부측량으로부터 매입한 매입세액 역시 토지와 관련 매입세액인지 확인되지 아니하고, 청구인이 전기료를 지급하고 한국전력공사 OOO지점으로부터 수취한 세금계산서의 매입세액도 건물 신축관련에만 국한된 전기료인지, 입주자가 부담하여야 할 비용인지 구분이 불분명하여 그 실질 귀속이 토지조성과 무관한지 여부가 불분명하므로 청구주장은 받아들이기 어렵다.

   (2) 청구법인이 2006.11.28. OOOO대학교에 발송한 공문을 보면, OOOO대학교 부속초등학교인 OO초등학교에 아파트 입주 이후 예상되는 초등학교 수용 등과 관련하여 학교운영에 필요한 기자재를 자발적으로 기부하겠다는 내용으로 해석될 뿐, 아파트 건설을 위하여 금품의 기부가 반드시 필요하였던 사정이 있었던 것으로 보여지지 않으며, 제출된 증빙서류를 보더라도 초등학교에 기부한 기자재가 아파트 건설에 반드시 필요한 것이라고 볼 수 있는 근거가 없고, 당초 재화의 매입당시 사업과 관련 없는 기부금 관련으로 회계처리 및 부가가치세 매입세액 불공제하여 신고 납부한 것으로서 신고 당시 착오나 사실판단의 오류로 인한 경우로 볼 수 없으므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁 점

  (1) 공통매입세액 중 쟁점1매입세액을 건물 신축에 관련된 매입세액으로 보아 예정사용면적 또는 토지를 제외한 공급가액 기준으로 안분계산할 수 있는지 여부

  (2) OOOO대학교 부속초등학교에 기부한 기자재대금이 아파트 건물 신축과 관련한 것으로 보아 관련 쟁점2매입세액을 토지를 제외한 건물 공급가액 기준으로 안분 계산할 수 있는지 여부

 나. 관련법령

   (1) 부가가치세법 시행령

   제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다.

다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관                             면세공급가액

련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

                                                총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

다만，건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

  1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

  2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

  3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

⑥ 제4항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지를 제외한 건물 등에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의2 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다. (2010.12.30. 신설)

   제61조의2 【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 ＝ {총 공통매입세액 ×

                                                               과세사업과 면세사업의 공급가액이

                                                               확정되는 과세기간의 면세공급가액

                                                          [1－ ─────────────────] － 기공제세액}

                                                               과세사업과 면세사업의 공급가액이

                                                                확정되는 과세기간의 총공급가액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 ＝

                                    {총공통매입세액 ×

                                                             과세사업과 면세사업의 사용면적이

                                                             확정되는 과세기간의 면세사용면적

                                                        [1－ ─────────────────] － 기공제세액}

                                                             과세사업과 면세사업의 사용면적이

                                                            확정되는 과세기간의 총사용면적

   (2) 부가가치세법 시행규칙

   제19조의2 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】

①영 제62조의2제1항에서 총공급가액 이라 함은 당해재화에 관련된 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하고, 면세공급가액 이라 함은 당해재화에 관련된 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말하며, 총사용면적 이라 함은 당해 재화에 관련된 과세기간의 과세사업에 사용되는 면적과 면세사업에 사용되는 면적을 합한 면적을 말하고, 면세사용면적 이라 함은 당해재화에 관련된 과세기간의 면세사업에 사용되는 면적을 말한다.

 다. 사실관계 및 판단

   (1) 청구법인의 부가가치세 신고서의 매출금액과 공통매입세액은 아래 <표>와 같으며, 공통매입세액을 면세사업(국민주택규모 이하)의 예정사용면적비율을 적용하여 면세사업 관련 매입세액을 산출한 것으로 나타난다.

(단위 : 천원)

과세기간	매출금액			안분대상 공통매입세액	신고 불공제세액 (사용면적비율안분)
	과세분 (국민주택 초과)	면세분 (국민주택 이하 및 토지)	합계
2005년 제2기	7,375,217	4,669,861	12,045,078	53,451	10,405
2006년 제1기	6,468,699	3,586,333	10,055,032	37,203	7,242
2006년 제2기	4,309,933	2,100,297	6,410,230	29,082	5,611
2007년 제1기	5,103,769	3,221,758	8,325,527	41,525	8,083
2007년 제2기	7,963,843	4,079,703	12,043,546	10,537	2,049
합계	31,221,461	17,657,952	48,879,413	171,798	33,390

   (2) 처분청은 공통매입세액을 토지가액을 포함한 공급가액 비율로 재계산하여 2010.1.11. 청구법인에게 2005년 제2기〜2007년 제2기 부가가치세 43,181,700원을 경정・고지하였고, 그 내역은 아래 <표>와 같이 나타난다.

(단위 : 천원, %)

과세기간	공통 매입세액	공급가액 기준 면세(불공제)비율	불공제한 매입세액	당초 신고시 불공제세액	추가 불공제세액
2005년 제2기	53,451	38.8	20,723	10,405	10,318
2006년 제1기	37,203	35.7	13,269	7,242	6,027
2006년 제2기	29,082	32.8	9,529	5,611	3,917
2007년 제1기	41,525	38.7	16,069	8,083	7,986
2007년 제2기	10,537	33.9	3,570	2,049	1,521
합계	171,798		63,160	33,390	29,769

   (3) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

    (가) 청구법인은 OO건설(주) 및 OO토건(주)와 계약한 공사계약서, 감리용역계약서, 전기요금수납통지서, 세금계산서 등 증빙서류를 제시하면서, 쟁점1매입세액이 쟁점아파트 건물의 신축에 상당한 인과관계가 있고 필수적으로 발생하는 원가이므로 토지가액을 제외한 건물의 공급가액 기준 또는 공급가액이 발생하더라도 계속적으로 예정사용면적기준을 적용하여 정산하여야 한다고 주장한다.

    (나) 청구법인이 교부받은 세금계산서 등에 나타나는 쟁점1매입세액의 세부내역은 아래 <표>와 같다.

(단위 : 천원)

상호	업종	2005.2기	2006.1기	2006.2기	2007.1기	2007.2기	합계
중부측량	서비스/ 일반측량	-	150	-	-	-	150
OO토건(주)	건설/ 토공사업	-	23,039	18,000	22,500	1,471	65,010
OO건설(주)	건설업/토공, 상하수도	41,372	-	-	-	-	41,372
OOOO건축사	서비스/건축설계및감리	9,883	9,883	4,942	14,825	4,659	44,192
OOOOO지점	전기가스/ 전기공급	-	1,235	-	904	954	3,093
합계		51,255	34,307	22,942	38,229	7,084	153,817

    (다) 2005.3.23. OO군의 주택건설 사업계획 승인 공문에 의하면, 사업승인시 군계획시설(도로) 사업자지정 및 실시계획인가를 일괄처리한 것으로 나타나며, 군계획시설(도로) 실시계획인가 및 사업시행자 지정협의 내용에, 협의 위치는 OOOO OOO OOO OO리 228-7 일원이며, 사업자는 청구법인이고, 협의(인가)조건 중 준공과 함께 군계획시설 실시계획인가 사업구간에 대하여는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제99조 규정에 의거 관리청인 OO군에 무상귀속해야 하며, 무상귀속시에는 지목변경 및 분할 등 소유권이전에 필요한 조치를 이행하여야 한다고 되어 있다.

    (라) OO건설(주) 및 OO토건(주)의 군계획시설 설치공사 계약서에 의하면, 청구법인은 2005.8.2. OO건설(주)와 공사금액 916,000천원에 군계획시설 도로공사계약을 체결하였고, 2005.12.28. 446,341천원 정산하는 것으로 합의하였으며, 2006.3.20. 공사도급계약서에 의하면, 청구법인이 OO토건(주)와 공사금액 615,000천원에 계약하였고, 2006.6. 도급금액 594,870천원으로 변경한 것으로 나타난다.

    (마) OOOO공사의 쟁점아파트 신축현장 전기요금수납통지서에 의하면, 청구법인이 산업용, 가로등용, 주택용으로 납부한 것으로 나타난다.

    (바) 주택건설공사 감리용역 표준계약서에 의하면, 청구법인은 2005.6. OOOO건축사사무소와 쟁점아파트 2단지인 OOOO OOO OOO OO리 332-1 외 56필지 아파트 및 부대복리시설 등 신축공사 전기, 통신, 소방 감리용역 대금 67,200천원에 계약하였으며, 또한 청구법인과 (주)OO건설은 OOOO건축사사무소와 OOOO OOO OOO OO리 332-1 외 56필지와 같은 리 245-1 외 47필지 아파트 및 부대복리시설 등 신축공사 감리용역을 745,412천원에 계약한 것으로 나타난다.

    (사) 살피건대, 아파트 분양과 관련된 경비 등의 공통매입세액은 과세・면세되는 건물 및 면세되는 부속토지의 공급 등 전체매출에 대응되는 비용이므로 이와 관련된 공통매입세액은 토지매출을 포함한 해당 과세기간의 공급가액비율로 안분계산하여야 하여야 할 것으로 보이고,

 「부가가치세법 시행령」 제61조 제4항 단서에서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 우선하여 적용하도록 규정하고 있고, 「부가가치세법 시행령」 제61조의2에서 매입세액을 안분계산한 경우는 확정면적에 의하여 안분계산하는 것으로 규정하고 있으므로 확정면적에 의해 안분계산하여야 할 것이다(조심 2009전165, 2009.5.25. 참조).

   이 건의 경우 「부가가치세법 시행령」 제61조 제4항 단서에서 규정한 건물 신축과 관련이 있는지를 살펴보면, 쟁점1매입세액 중 주택건설 사업계획 승인 조건으로 청구법인이 한 군계획시설 도로공사 및 설계비의 경우 도로 준공과 함께 청원군에 기부채납하는 것으로서 쟁점아파트 신축과 직접 관련이 있다기보다는 쟁점아파트 신축을 통한 분양을 위하여 추진한 공사로 보여지고, OOOOOO의 쟁점아파트 신축현장의 전기요금의 경우 산업용, 가로등용, 주택용으로 구분되어 있어 쟁점아파트 건물 신축과 직접 관련이 있다고 보기 어려우며, OOOO건축사사무소의 쟁점아파트 신축공사 감리용역비의 경우에도 건물에만 국한된 것으로 보기 어렵다 할 것이다.

   따라서 처분청이 쟁점1매입세액을 쟁점아파트 건물 신축과 직접 관련이 없고 사업 전체의 진행을 위하여 소요된 경비로 보아 쟁점아파트 전체 공급가액 비율에 따라 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

   (4) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

    (가) 청구법인은 OOOO OO군이 공식적으로 OO초등학교에 기자재를 기부채납하는 것을 사업승인 조건에 기재할 수 없어 청구법인의 주택건설 사업 승인 조건에는 OO초등학교에 대한 기자재의 기부채납에 관한 내용이 없으나, 청구법인이 관할관청과 유관기관의 요청에 의하여 기부하게 된 것이고, 이를 수용하지 않을 경우 주택건설 사업의 승인이 지연되는 등 사업상 손해를 입게 되어 어쩔 수 없이 기부하게 된 것이므로 업무와 관련이 있는 지출에 해당한 것이라고 주장한다.

    (나) 청구법인이 초등학교에 기부한 기자재 쟁점2매입세액 내역은 아래 <표>와 같고, OOOO대학교의 기부금 영수증에는 청구법인이 OO초등학교에 33,586천원 상당의 기자재를 기부한 법정기부금으로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(단위 : 원)

일자	기자재 내역	거래처	매입세액 (불공제신고)	불공제매입세액 (건물가액안분)	공제요구 매입세액
2007.7.3.	실물화상기	OO과학(주)	540,000	84,240	455,760
2007.7.3.	컴퓨터테이블 외	OO상사	636,364	99,270	537,091
2007.7.3.	우성자외선소득기	OO종합상사	36,000	5,616	30,384
2007.7.6.	디지털피아노	OO월드	167,727	26,165	141,562
2007.9.7.	가전제품 외	(주)OOOO OO	1,673,182	261,016	1,412,166
합계			3,053,273	476,307	2,576,963

    (다) 청구법인이 OOOO대학교에 보낸 공문(2006.11.28.)에 의하면, 청구법인은 쟁점아파트를 건립중인 회사로서 2007년 8월말 입주를 목표로 하고 있으며, 쟁점아파트 입주 후 예상되는 초등학생 수용 등과 관련하여 귀 교의 부속초등학교인 OO초등학교에 배정되어야 할 것으로 사려되어 일정금액 범위 안에서 학교운영에 필요한 기자재 등을 구입하여 기부한 것으로 되어 있다.

    (라) 살피건대, 청구법인은 비록 기부채납하는 것을 사업승인 조건에 기재할 수 없어 기자재의 기부채납에 관한 내용이 없는 상태에서 관할관청과 유관기관의 요청에 의하여 기부한 것이라고 주장하나, 사업자가 자기의 사업을 위하여 행정청으로부터 그 사업의 허가조건에 따라 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하는 경우에는 그 재화의 취득과 관련된 매입세액은 자기의 사업과 관련된 매입세액으로 보아야 할 것인바, 청구법인이 쟁점아파트의 신축・분양사업을 위하여 관할관청으로부터 건축허가를 받는 과정에서 건축허가 조건으로 기부채납에 관한 내용이나 요청이 확인되지 아니한 점, OOOO대학교의 기부금 영수증에 청구법인이 법정기부금으로 기부한 것으로 기재되어 있는 점, 청구법인이 OOOO대학교에 보낸 공문(2006.11.28.)에는 쟁점아파트 입주 후 예상되는 초등학생 수용 등과 관련하여 기자재를 기부한 것으로 되어 있는 점 등으로 볼 때, 기자재 구입관련 쟁점2매입세액이 청구법인의 쟁점아파트 신축・분양 업무와 직접 관련이 있다고 보여지지 아니하므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

 4. 결 론

    이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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www.ulex.co.kr/tax/%EB%B6%80%EA%B0%80_%EC%8B%AC%EC%82%AC%EB%B6%80%EA%B0%8020170025-268011

[부가] [과세사업(상가분양)과 면세사업(국민주택규모이하 아파트분양)을 겸영하는 경우 공통매입세액으로서 안분대상인지 여부]

[부가, 심사-부가-2017-0025 , 2017.06.02]

【재결요지】

지출된 비용이 오로지 면세사업인 국민주택규모이하의 아파트분양을 위한 조합원 모집과 관련하여 지출되었을 뿐 상가분양을 할 것인지 여부와 상관없이 당연히 소요되는 비용인 경우 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없음

본문전체

【관련법령】

부가가치세법 제39조 【공제하지아니하는매입세액】
부가가치세법 제40조 【공통매입세액의안분】

심사부가2017-25(2017.06.02.)

[제목]	과세사업(상가분양)과 면세사업(국민주택규모이하 아파트분양)을 겸영하는 경우 공통매입세액으로서 안분대상인지 여부
[요약]	지출된 비용이 오로지 면세사업인 국민주택규모이하의 아파트분양을 위한 조합원 모집과 관련하여 지출되었을 뿐 상가분양을 할 것인지 여부와 상관없이 당연히 소요되는 비용인 경우 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없음
[결정유형]	기각

[주문]

이 건 심사청구는 기각합니다.

[이유]

1. 처분개요

  가. 청구법인은 2015.9.5. ○○시 △△구 ○○시지역주택조합추진위원회(이하 “청구법인②”라고 한다)는 2015.2.12. 같은 동 670-27에서 각 국민주택규모이하 아파트 및 상가분양을 목적으로 하는 지역주택조합을 설립하기 위하여 결성되었다.

  나. 청구법인의 2015년 제2기 예정·확정신고 내역

    (1) 청구법인은 2015.10.23. 2015년 제2기(9.1.~9.30.)에 지역주택설립인가를 위한 조합원을 모집하는 과정에서 ① 조합업무대행용역비용, ② 조합원모집·광고비용, ③ 모델하우스 건축비용, ④ 토지매입용역대가 등으로 8,956,500원을 지출하고

이를 과세사업(상가의 공급)·면세사업(국민주택규모이하 아파트의 공급) 겸영에 따른 공통경비로 보아 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 제3호(총예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율)에 따라 안분한 매입세액 796,693원을 공제받지 못할 매입세액으로, 98,957원을 환급세액으로 예정신고하였다.

    (2) 또한 청구법인은 2016.1.22. 2015년 제2기(10.1.~12.31.)에 위와 같은 명목 등으로 9,132,417,909원을 지출하고 위와 같은 방법으로 안분한 810,807,784원을 공제받지 못할 매입세액으로, 102,434,007원을 환급세액으로 확정신고하였다.

[표1] 청구법인의 2015년 제2기 예정·확정신고 내역 (생략)

  다. 청구법인②의 2015년 제1기 확정·제2기 예정·확정신고 내역

    (1) 청구법인②는 2015.7.27. 2015년 제1기(4.1.~6.30.)에 청구법인과 동일한 명목으로 14,021,851,073원을 지출하고 위와 같은 방법으로 안분한 1,246,064,469원을 공제받지 못할 매입세액으로, 156,120,638원을 환급세액으로 확정신고하였다.

    (2) 청구법인②는 2015.10.23. 2015년 제2기(7.1.~9.30.)에 청구법인과 동일한 명목으로 3,270,436,704원을 지출하고 위와 같은 방법으로 안분한 290,317,301원을 공제받지 못할 매입세액으로, 36,726,370원을 환급세액으로 예정신고하였다.

    (3)  청구법인②는 2016.1.20. 2015년 제2기(10.1.~12.31.)에 청구법인과 동일한 명목으로 959,852,100원(이상 청구법인이 2015년 제2기에 지출한 8,956,500원 및 9,132,417,909원, 청구법인②가 2015년 제1기에 지출한 14,021,851,073원 및 2015년 제2기에 지출한 3,270,436,704원과 통틀어 합계 27,393,514,286원 중 청구법인이 “조합업무대행용역비용”으로 지출한 15억원, “조합원모집·광고비용”으로 지출한 51억 720만원, “모델하우스 건축비용”으로 지출한 4억 2,600만원, 청구법인②가 “조합업무대행용역비용”으로 지출한 55억 8,900만원, “조합원모집·광고비용”으로 지출한 82억 4,860만원, “모델하우스 건축비용”으로 지출한 17억 8천만원 합계 226억 5,080만원을 “쟁점비용”이라고 한다)을 지출하고 위와 같은 방법으로 안분한 85,474,779원을 공제받지 못할 매입세액으로, 10,510,431원을 환급세액으로 확정신고하였다.

[표2] 청구법인②의 2015년 제1기 확정·제2기 예정·확정신고 내역(생략)

  라. 처분청은 2016.2.22.~2016.2.26. 청구법인들에 대한 (조기·일반)환급현지확인을 실시하여, “쟁점비용” 및 청구법인들이 ㈜AA개발에 “토지매입용역대가”로 지급한 12억 9,520만원은 면세사업인 국민주택규모이하의 아파트 공급에 직접 대응되는 비용이므로 그와 관련된 매입세액을 불공제 대상으로 보아, 2016.7.4. 다음과 같이 청구법인에 대하여는 2015년 제2기 부가가치세 2,912,930원(가산세 9,056,366원 포함)만을 환급하는 한편, 청구법인②에 대하여는 2015년 제1기 부가가치세 167,309,409원(가산세 27,137,316원 포함) 및 2015년 제2기 부가가치세 3,588,948원(가산세 4,620,522원 포함)을 경정·고지하였다.

[표3] 청구법인에 대한 경정내역 (생략)

[표4] 청구법인②에 대한 경정내역(생략)

  마. 청구법인들은 이에 불복하여 2017.2.13. 이 건 심사청구를 제기하였다.

다만 청구법인들은 ㈜AA개발에 “토지매입용역대가”로 지급한 12억 9,520만원은 면세사업에의 실지귀속이 분명하므로 공통매입세액 안분대상이 아니라고 인정하고,

① 조합업무대행용역비용, ② 조합원모집·광고비용, ③ 모델하우스 건축비용만 공통매입세액으로서 안분대상으로 보아 청구법인의 경우 2015년 제2기 부가가치세 93,543,374원1)의 환급, 청구법인②의 경우 2015년 제1기 부가가치세 167,309,409원 중 156,916,138원2), 2015년 제2기 부가가치세 3,588,948원3) 전부의 취소를 구하고 있다.

2. 청구주장

  가. 부가가치세 매출세액에서 공제하는 매입세액은 당해 사업이 과세사업인지 아니면 면세사업인지 여부에 달려있는 것이므로 과세사업을 위하여 사용한 매입세액에 대하여는 당연히 매출세액에서 공제하는 것이다(대법원94누1449, 1995.12.21. 참조).

  나. 주택법상 지역주택조합을 설립하기 위해서는 공급세대수 50% 이상의 조합원을 모집하는 한편 사업예정지 80% 이상의 토지소유주로부터 사용승낙을 얻어야 하므로, 청구법인들도 ① 지역주택조합 설립 및 운영을 위한 일체의 업무대행용역, ② 조합원 모집·광고대행용역, ③ 모델하우스 건축용역을 제공받고 쟁점비용을 지출하였다.

  다. 따라서 쟁점비용은 지역주택조합 설립·인가를 위한 필요불가결한 창업·개업비용으로서 청구법인들의 목적사업인 조합원 및 일반에 대한 국민주택 규모의 아파트 공급(면세사업) 및 상가 분양(과세사업)에 공통된 것이지, 특정면세재화(국민주택규모의 아파트)의 공급에만 직접적인 관련이 있는 것이 아니므로 공통매입세액 안분대상이다.

3. 처분청 의견

  가. 청구법인들이 지역주택조합의 설립·인가 요건을 충족하기 위하여 지출한 쟁점비용은 건축물 착공 이전단계에서 필요로 하는 일련의 절차와 관련하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이므로 매입세액 불공제 대상이다.

  나. 청구법인들은 현재 지역주택조합 설립인가 전단계로 상가분양은 진행하지 않고 조합원만 모집하고 있는 단계이므로, 청구법인들이 지출한 업무대행용역 비용은 전부 과세사업인 국민주택규모이하 아파트 공급과 관련된 비용이므로 매입세액 불공제 대상이다.

  다. 조합원 모집·광고비용 및 모델하우스 건축비용은 국민주택규모이하의 아파트 공급을 위하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 청구법인들이 상가분양업 등을 영위하지 않는 경우에도 당연히 필요로 하고, 위 비용에는 상가 수분양자의 모집이나 상가에 대한 모델하우스는 포함되어 있지 않은 이상, 위 비용은 모두 면세사업인 국민주택 규모의 아파트 공급에만 관련된 매입세액으로서 불공제 대상이다.

4. 심리 및 판단

  가. 쟁점

쟁점비용 관련 매입세액이 과세(상가분양)·면세사업(국민주택규모이하 아파트분양)의 공통매입세액으로서 안분대상인지 아니면 면세사업에만 관련되어 불공제대상인지 여부

  나. 관련법령

1) 주택법

  가) 제2조【정의】

11. “주택조합”이란 많은 수의 구성원이 제15조에 따른 사업계획의 승인을 받아 주택을 마련하거나 제66조에 따라 리모델링하기 위하여 결성하는 다음 각 목의 조합을 말한다.

가. 지역주택조합: 다음 구분에 따른 지역에 거주하는 주민이 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합

1) ○○시특별시·인천광역시 및 경기도

  나) 제11조【주택조합의 설립 등】

① 많은 수의 구성원이 주택을 마련하거나 리모델링하기 위하여 주택조합을 설립하려는 경우(제5항에 따른 직장주택조합의 경우는 제외한다)에는 관할 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)의 인가를 받아야 한다. (이하 생략)

② 제1항에 따라 주택을 마련하기 위하여 주택조합설립인가를 받으려는 자는 해당 주택건설대지의 80퍼센트 이상에 해당하는 토지의 사용권원을 확보하여야 한다. (이하 생략)

2)주택법 시행령 제20조【주택조합의 설립인가 등】

④ 주택조합(리모델링주택조합은 제외한다)은 주택건설 예정 세대수(설립인가 당시의 사업계획서상 주택건설 예정 세대수를 말하되, 법 제20조에 따라 임대주택으로 건설·공급하는 세대수는 제외한다. 이하 같다)의 50퍼센트 이상의 조합원으로 구성하되, 조합원은 20명 이상이어야 한다. (이하 생략)

3) 부가가치세법(2016.1.19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것)

가) 제38조【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

나) 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

다) 제40조【공통매입세액의 안분】

사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 공통매입세액 안분기준 이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

4) 부가가치세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것)

가) 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

법 제39조 제1항 제7호에서 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

나) 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액" 이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다.

다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다.

이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.(2019.02.12 단서개정)

                                                                       면세공급가액

    면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액  ×  ───────

                                                                        총공급가액

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나

    그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다.

    다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수

           있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

  1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업 등에 관련된 매입가액의 비율

  2. 총예정공급가액에 대한 면세사업 등에 관련된 예정공급가액의 비율

  3. 총예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율

5) 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

6) 조세특례제한법 시행령

가) 제106조【부가가치세 면제 등】

　　④ 법 제106조　제1항　제4호에서 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역 이란 다음 각 호의 것을 말한다.

　 1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

나) 제51조의2【자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례】

③ 법 제55조의2 제4항에서 대통령령으로 정하는 규모 란「주택법」에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다.

다. 사실관계 등

1) 청구법인이 제출한 △△구 주변지역 특별계획구역2 주상복합신축계획안 2매에 따르면, 청구법인은 당초 2015.3.16. 지하2층, 지상29층의 총 6개동 합계 764세대의 아파트 및 상가를 건축하기로 하였다가 2016.9.20. 지하3층, 지상35층 총 6개동 합계 825세대의 아파트 및 상가를 건축하기로 계획을 변경하여 다음과 같이 대지 및 건물면적이 달라지게 된 사실이 확인된다.

신고내역.xlsx

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2) 청구법인이 제출한 △△구 주변지역 특별계획구역1 주상복합신축계획안 2매에 따르면, 청구법인②는 당초 2015.3.31. 지하2층, 지상29층의 총 6개동 합계 879세대의 아파트 및 상가를 건축하기로 하였다가 2016.10.24. 지하3층, 지상34층 총 4개동 총 528세대의 아파트 및 상가를 건축하기로 계획을 변경하여 다음과 같이 대지 및 건물면적이 달라지게 된 사실이 확인된다.

3) 청구법인이 제출한 업무대행용역계약서 1매에 따르면, 청구법인은 2015.10.1. 주식회사 AA개발과 ○○시 지역주택조합아파트 및 부대복리시설 신축사업에 관한 업무대행용역계약을 체결하였는데4), 주요내용은 다음과 같다.

4) 청구법인이 제출한 발기인조합원모집 위탁업무계약서 1매에 따르면, 청구법인 및 주식회사 AA개발은 2015.10.1. ㈜BBB홀딩스 및 ㈜CCC스자산관리와 발기인조합원모집 위탁업무계약을 체결한 사실이 확인되는데5), 주요내용은 다음과 같다.

5) 청구법인이 제출한 광고대행 및 제작용역계약서 1매에 따르면, 청구법인 및 주식회사 AA개발은 2015.10.1. ㈜BBB홀딩스와 광고대행 및 제작용역계약을 체결한 사실이 확인되는데6), 주요내용은 다음과 같다.

6) 청구법인이 제출한 공사도급계약서 1매에 따르면, 청구법인 및 주식회사 AA개발은 2015.9. ㈜DDD공간과 ○○시2주택홍보관 개·보수공사에 관한 공사도급계약을 체결한 사실이 확인되는데7), 주요내용은 다음과 같다. 특히 계약서에 첨부된 ㈜DDD공간이 2015.9.1. 주식회사 AA개발에 제출한 견적서에 따르면, 주택홍보관에는 전용면적 84㎡ 및 59㎡ 아파트의 견본만 설치되고 상가의 견본은 설치되지 않은 사실이 확인된다.

7) 국세청 전산자료에 따르면, 청구법인의 2015년 제2기 부가가치세 신고내역 및 공통매입세액의 정산명세는 다음과 같다.

가) 2015년 제2기 부가가치세 신고내역

나) 2015년 제2기 공통매입세액의 정산명세

8) 국세청 전산자료에 따르면, 청구법인②의 2015년 제1기·제2기 부가가치세 신고내역은 다음과 같다.

가) 2015년 제1·2기 부가가치세 신고내역

나) 2015년 제1기 공통매입세액의 정산명세

다) 2015년 제2기 공통매입세액의 정산명세

9) 청구법인이 제출한 공통매입세액 안분계산 내역 3매에 따르면, 청구법인 들은 다음과 같은 방법으로 공통매입세액을 안분계산한 사실이 확인된다.

  가) 청구법인의 2015년 제2기 확정신고

    1. 산식

                                           면세, 과세사업의 사용면적이

                                           면세관련 확정되는 과세기간의 면세 사용면적

      매입세액 = 공통매입세액 × ─────────────────────    -    기불공제매입세액

                                           면세, 과세사업의 사용면적이

                                           확정되는 과세기간의 총사용면적

    2. 계산내역

       총공통매입세액: 912,412,541원

       면세사용면적: 113,355.01㎡

       총 사용면적: 127,434.65㎡

       기불공제 매입세액: 796,693원

                                                 113,355.01

       810,807,784 = 912,412,541  ×  ──────   -   796,693

                                                 127,434.65

    3. 매입세액 불공제분 : 810,807,784원

    총매입세액 불공제분 : 810,807,784원

나) 청구법인②의 2015년 제1기 확정신고

    2. 계산내역

       총공통매입세액: 1,399,287,107원

       면세사용면적: 97,405.49㎡

       총 사용면적: 109,382.98㎡

       기불공제 매입세액:  0원

                                                      97,405.49

       1,246,064,469=1,399,287,107  ×  ───────

                                                     109,382.98

    3. 매입세액 불공제분 : 1,246,064,469원

    총매입세액 불공제분 : 1,246,064,469원

다) 청구법인②의 2015년 제2기 확정신고

    2. 계산내역

       총공통매입세액: 422,001,450원

       면세사용면적: 97,405.49㎡

       총 사용면적: 109,382.98㎡

       기불공제 매입세액: 290,317,301원

                                                    97,405.49

       85,474,779  =  422,001,450  ×  ──────   -   290,317,301

                                                  109,382.98

    3. 매입세액 불공제분 : 85,474,779원

    총매입세액 불공제분 : 85,474,779원

10) 청구법인이 제출한 거래처별 세금계산서 수수금액 및 거래내용에 따르면, 처분청은 다음과 같이 청구법인이 2015년 제2기에 지출한 비용에 대한 매입세액을 불공제하거나 공통매입세액으로 안분한 사실이 확인된다.

11) 청구법인②가 제출한 거래처별 세금계산서 수수금액 및 거래내용에 따르면, 처분청은 다음과 같이 청구법인②가 2015년 제1·2기에 지출한 비용에 대한 매입세액을 불공제하거나 공통매입세액으로 안분한 사실이 확인된다.

12) 국세청 전산자료에 따르면, 처분청은 다음과 같이 청구법인이 2015년 제2기에 지출한 비용 914,1374,409원 중 추가로 905,636,680원을 공통매입 면세사업분으로서 불공제매입금액으로 보아 청구법인에 대하여 2015년 제2기 부가가치세 2,912,930원(가산세 9,056,366원 포함)만을 환급한 사실이 확인된다.

매입금액 및 매입세액 공제내역

경정(재경정)내용

13) 국세청 전산자료에 따르면, 처분청은 다음과 같이 청구법인②가 2015년 제1기에 지출한 비용 14,021,851,073원 중 추가로 1,401,720,930원, 2015년 제2기에 지출한 비용 4,230,288,804원 중 추가로 462,052,270원을 공통매입 면세사업분으로서 불공제매입금액으로 보아 청구법인②에 대하여 2015년 제1기 부가가치세 167,309,409원(가산세 27,137,316원 포함) 및 2015년 제2기 부가가치세 3,588,948원(가산세 4,620,522원 포함)을 결정·고지한 사실이 확인된다.

14) 처분청 과세근거와 입증 등

가) 쟁점비용은 토지조성 등을 위한 자본적 지출이므로 공통매입세액 안분대상에 해당하지 않는다. 즉, 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조 각호에 따르면, ① 토지의 취득 및 형질변경, 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, ② 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액은 불공제 대상이다. 그런데 청구법인들이 지역주택조합의 설립·인가 요건을 충족하기 위하여 지출한 쟁점비용은 건축물 착공 이전단계에서 필요한 일련의 절차와 관련하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이므로 매입세액 불공제 대상이라는 의견이다.

나) 쟁점비용은 면세사업에 직접 대응되는 비용이므로 공통매입세액 안분대상에 해당하지 않는다. 즉, 쟁점비용은 지역주택조합의 조합원 모집·관리라는 면세사업에 직접 대응되는 비용으로 공통매입세액으로 볼 여지가 없고, 추후 청구법인들이 상가를 분양할 경우 업무대행비, 광고비, 영업비 등을 지출하면 이는 과세사업과 관련된 비용이므로 그때 매입세액 공제가 가능하다는 의견이다.

다) 구체적으로 쟁점비용 중 업무대행용역비용의 경우 청구법인들과 ㈜AA개발이 체결한 업무대행용역계약 제7조에 따르면, 업무대행용역의 대가는 아파트 업무대행비와 근린생활 업무대행비로 구성되어 있는데, 아파트 조합원 모집 1인당 업무대행비가 정액으로 책정되어 있고, 상가분양 관련 업무대행비는 향후 상가분양 시점에 별도로 청구될 예정이다. 그런데 청구법인들은 현재는 상가분양을 진행하지 않고 지역주택조합의 조합원만 모집하고 있는 단계임을 고려하여 볼 때, 청구법인들이 지출한 업무대행용역 관련 비용은 전부 아파트 업무대행용역 관련 비용이므로 매입세액 불공제 대상이라는 의견이다.

라) 쟁점비용 중 조합원 모집·광고비용, 모델하우스 건축비용의 경우 대법원2013두17336, 2013.12.26.에 따르면, 버스구입비, 유류비, 수리를 위한 부품비 등은 면세사업인 여객운송업을 위하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 과세사업인 광고사업을 영위하지 않는 경우에도 당연히 필요로 하고 광고물의 부착에 따라 위 비용이 추가로 소요되는 것이 아닌 이상, 이는 여객운송업에만 관련된 매입세액에 해당하여 공제할 수 없다고 판시하고 있다. 조합원 모집·광고비용 및 모델하우스 건축비용 또한 면세사업인 국민주택규모이하의 아파트 공급을 위하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 청구법인들이 과세사업인 상가분양업 등을 영위하지 않는 경우에도 당연히 필요로 하고 상가분양에 따라 추가로 소요되는 것이 아니므로, 모두 면세사업인 국민주택 규모의 아파트 공급에만 관련된 매입세액으로서 공제될 수 없다는 의견이다. 한편 조합원 모집·광고비용 및 모델하우스 건축비용은 상가를 분양받을 사람의 모집이나 상가에 대한 모델하우스는 포함되어 있지 않기 때문에 이는 면세사업인 국민주택 규모의 아파트 공급에만 관련되는 이상 전액 매입세액불공제 대상이라는 의견이다.

마) 청구법인들은 심사부가2015-0019, 2015.6.9.을 근거로 쟁점비용이 공통매입세액으로 안분대상이라고 주장하나, 위 결정은 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받았다는 이유로 관련 매입세액을 불공제한 건으로, 오히려 공통매입세액 중 면세사업 관련 매입세액만을 불공제하는 방법의 처분은 합리적이지 않다고 결정하여 본건과는 무관하다는 의견이다.

15) 청구주장 근거와 입증 등

가)지역주택조합이란 무주택자 또는 국민주택규모이하의 1주택 소유자가 출자금(금전)을 출연하여 조합설립인가를 받은 후 사업계획승인하에 주택을 공급하는 것을 말하는데, 청구법인들은 현재 지역주택조합 설립 전 추진위원회 상태이다. 한편 지역주택조합을 설립하기 위해서는 ① 전체공급가구 수의 50% 이상을 조합원으로 모집 후, ② 해당 주택건설대지의 80/100 이상의 토지에 대한 사용승낙서, 사업계획서 등을 첨부하여 주택조합의 주택건설 대지를 관할하는 시장·군수·구청장에게 제출하여 인가를 받아야 한다.

나) 부가가치세 매출세액에서 공제하는 매입세액은 당해 사업이 과세사업인지 아니면 면세사업인지 여부에 달려있는 것이므로 과세사업을 위하여 사용한 매입세액에 대하여는 당연히 매출세액에서 공제하는 것이다(대법원94누1449, 1995.12.21. 참조). 그런데 청구법인들은 면세사업인 국민주택 규모의 아파트 공급(조합원에 대한 자가공급 및 일반분양)과 과세사업인 상가분양을 목적으로 지역주택조합 설립을 추진하고 있는 “법인으로 보는 단체”이므로, 지역주택조합 설립과정에서 지출된 공통매입세액인 쟁점비용을 부가가치세법에 따라 안분계산하였다.

다) 국심2003서2850, 2004.1.20. 및 국심1994서4495, 1995.1.27.에 따르면, 조합원 모집, 토지·건물의 매입 및 평가, 아파트의 신축 및 분양 등 일련의 업무를 관리·집행하며, 아파트 분양가를 산정하기 위하여 지출한 토지감정평가수수료 등은 과세사업(국민주택규모이하 초과주택, 상가공급) 및 면세사업(국민주택 규모 주택)을 위하여 지출한 공통매입세액으로 보는 것이 타당하다고 결정한 바 있다. 더 구체적으로 심사부가2015-0019, 2015.6.9.에 따르면, 사업권양도비, 분양모집수수료, 설계용역비, 모델하우스, 현수막, 비계공사대, 도우미 인건비 등은 추후 설립될 지역주택조합의 과세사업 및 면세사업 공통비용으로 보아 면적비율로 안분한 매입세액의 공제를 인정한 바 있다.

라) 지역주택조합을 설립하기 위해서는 공급세대수 50% 이상의 조합원을 모집하는 한편 사업예정지 80% 이상의 토지소유주로부터 사용승낙을 얻어야 하므로, 청구법인들도 ① 지역주택조합 설립 및 운영을 위한 업무 일체를 업무대행사에 위탁하고, ② 모델하우스 건축, 조합원 모집업무 및 광고업무를 위탁하고 쟁점비용을 지출하였다.

마) 따라서 쟁점비용은 지역주택조합 설립·인가를 위한 필요불가결한 창업·개업비용으로 청구법인들의 목적사업인 국민주택 규모의 아파트 공급(면세사업)과 상가분양사업(과세사업)에 공통된 것이지, 특정재화(국민주택 규모의 아파트)의 공급과 직접적인 관련이 없다고 주장한다.

바) 쟁점비용 중 업무대행용역비용의 경우, 청구법인은 2015.10.1. ㈜AA개발과 업무대행용역계약을 체결하였는데, 처분청은 업무대행용역계약 제7조(업무대행용역 보수금액) 제3호에서 아파트 업무대행료와 근린생활 업무대행료가 구분되어 있는 점을 근거로 전자는 면세사업, 후자는 과세사업과 직접적인 관련이 있으므로 공통매입세액 안분대상이 아니라는 의견이다. 그러나 청구법인은 이는 용역수수료 산정기준과 지급원천인 자금의 수입시기에 따라 조합원부담분, 일반분양분, 상가분양분으로 구분하여 약정한 것에 불과할 뿐, 업무대행용역계약 제4조 제2항에 따르면 업무대행용역의 대부분은 청구법인으로부터 지역주택조합의 설립준비부터 청산까지 일체의 업무를 위임받아 면세사업·과세사업의 구분없이 수행하는 공통업무라고 주장한다.

사) 쟁점비용 중 조합원 모집·광고비용의 경우, 과세사업·면세사업 겸영사업자인 지역주택조합의 설립비용이지, 지역주택조합의 설립 이후 공급하게 되는 면세재화인 국민주택규모이하의 아파트와는 상관이 없는 비용이라고 주장한다. 즉, 지역주택조합은 구성원이자 출자자인 조합원을 모집하여 설립인가를 받은 후 조합원에게 출자금에 상응하는 1주택을 분양받을 수 있는 권리를 주고, 향후 아파트 및 상가의 일반분양으로 남은 이익으로 출자금 정산절차를 밟게 되므로, 조합원 모집·광고비용은 국민주택규모이하의 아파트 공급과는 전혀 무관한 지역주택조합 설립에 필요한 “조합원 모집 및 출자금 완료”에 대응하는 비용이라고 주장한다.

아) 쟁점비용 중 모델하우스 건축비용의 경우, 청구법인이 신축한 모델하우스는 지역주택조합의 설립 및 인가과정에서 반드시 필요한 주택건설 예정 세대수 50% 이상의 조합원 모집을 위한 홍보수단일 뿐만 아니라 청구법인들 및 업무대행사의 업무장소로 사용된다. 따라서 이는 지역주택조합 설립·인가 후 주택의 일반분양이나 상가분양을 위한 모델하우스와는 성격이 엄격히 구분되므로, 처분청과 같이 모델하우스 건축비용을 단순히 국민주택규모이하 아파트의 공급을 위한 홍보비용으로 단정하는 것은 지역주택조합의 특수성을 간과한 것이라고 주장한다.

라. 판단

청구법인은 쟁점비용 관련 매입세액이 과세사업(상가분양)과 면세사업(국민주택규모이하 아파트 분양)의 실지귀속이 불분명한 공통매입세액으로서 안분하여야 한다고 주장하므로, 이에 관하여 살펴본다.

사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우에는 원칙적으로 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 하지만, 그 매입세액이 오로지 면세사업에만 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없고, 특히 면세사업을 위하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 과세사업을 영위하지 않는 경우에도 당연히 필요로 하고 과세사업을 영위한다고 하여 비용이 추가로 소요되는 것도 아닌 경우 그 비용은 면세사업에만 관련된 매입세액에 해당하여 공제할 수 없다(대법원99두11615, 2001.7.13. 및 대법원2013두17336, 2013.12.26. 참조).

그런데 청구법인이 2015.10.1. 주식회사 AA개발과 체결한 ○○시지역주택조합아파트 및 부대복리시설 신축사업에 관한 업무대행용역계약 제4조(계약당사자의 역할 및 의무) 제2항 및 제7조(업무대행용역 보수금액)에 따르면, ① 주식회사 AA개발의 업무에는 조합원모집 관리업무, 일반분양관리 업무 및 판매, 근생, 커뮤니티 시설 분양관련 지원업무 등이 포함되어 있는 사실, ② 아파트 업무대행비로 세대당 2,000만원~2,300만원, 근린생활 업무대행료로 예상매출액의 4%를 구분하여 지급하기로 약정한 사실이 확인되는데, ③ 다만 청구법인 또한 쟁점비용은 조합설립 전단계에서 지출되어 쟁점비용에 근린생활 업무대행료는 포함되어 있지 않다는 점에 관하여는 다툼이 없다.

또한 청구법인 및 주식회사 AA개발이 2015.10.1. ㈜BBB홀딩스 및 ㈜CCC스자산관리와 체결한 발기인조합원모집 위탁업무계약 제2조(업무용역의 범위) 및 제7조(위임사무수수료 및 지급), 같은 날 ㈜BBB홀딩스와 체결한 광고대행 및 제작용역계약 제2조(“을” 업무범위 및 이행사항) 및 제7조(광고용역 금액 및 지급)에 따르면, ① 청구법인 및 주식회사 AA개발은 조합원모집업무 권한을 ㈜BBB홀딩스 및 ㈜CCC스자산관리에 부여하는 한편, 위탁수수료는 모집한 조합원 1세대당 1,000만원을 지급하기로 한 사실, ② ㈜BBB홀딩스는 조합원 모집 및 분양촉진을 위한 마케팅 홍보물 제작 및 운영용역을 제공하고 광고용역금액을 모집한 조합원 1세대당 280만원을 지급받기로 한 사실이 확인된다.

한편 청구법인 및 주식회사 AA개발이 2015.9. ㈜DDD공간과 체결한 ○○시주택홍보관 개·보수공사에 관한 공사도급계약에 따르면, 주택홍보관 내에 국민주택규모이하 아파트의 견본만 설치되고 상가의 견본은 설치되지 않은 사실이 확인된다.

이와 같은 사실에 비추어 볼 때, 쟁점비용은 오로지 면세사업인 국민주택규모이하의 아파트분양을 위한 조합원 모집과 관련하여 지출되었을 뿐 과세사업인 상가분양을 위한 수분양자 모집과는 무관하고, 이는 국민주택규모이하의 아파트분양과 관련하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 청구법인이 상가분양을 할 것인지 여부와 상관없이 당연히 소요되는 비용인 이상, 쟁점비용 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다. 청구법인은 향후 지역주택조합설립인가를 받은 후 상가분양과 관련하여 별도로 업무대행용역비용, 수분양자 모집·광고비용, 모델하우스 건축비용 등을 지출하면, 그 때 관련 매입세액을 매출세액에서 공제받을 수 있을 뿐이다.

따라서 처분청이 청구법인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1) =(재계산한 환급세액 97,008,703원-초과환급가산세 552,426원-경정한 환급세액 2,912,930원)

2) ={고지세액 167,309,400원-(당초 신고한 환급세액 156,120,638원-재계산한 환급세액 147,413,146원+초과환급신고가산세 870,749원+납부불성실가산세 815,021원)}

3) 청구법인②는 2015년 제2기에는 ㈜AA개발에 토지매입용역대가를 지급한 사실이 없어, 고지세액 전부의 취소를 구하고 있다.

4) 청구법인②가 제출한 업무용역대행계약서 1매에 따르면, 청구법인②는 2015.1.15. 주식회사 AA개발과 유사한 내용의 업무대행용역계약을 체결한 사실이 확인된다.

5) 청구법인②가 제출한 조합원모집 용역계약서 1매에 따르면, 청구법인② 및 주식회사 AA개발은 2014.12.20. ㈜BBB디앤시와 유사한 내용의 조합원모집 용역계약을 체결한 사실이 확인된다.

6) 청구법인②가 제출한 광고 및 제작 도급계약서 1매에 따르면, 청구법인② 및 주식회사 AA개발은 2015.1.15. ㈜BBB홀딩스와 유사한 내용의 광고대행 및 제작용역계약을 체결한 사실이 확인된다.

7) 청구법인②가 제출한 공사도급계약서 1매에 따르면, 청구법인② 및 주식회사 AA개발은 ㈜○○○○○○과 유사한 내용의 △△구 주변지역 특별계획구역2 홍보관 건립공사계약을 체결한 사실이 확인된다.

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최신 사전답변·질의회신

부가, 서면-2016-부가-5286, 2016.12.30

1. 사실관계

○ 당사는 국민주택규모 이하의 아파트와 오피스텔, 상가를 신축 공급하는 분양시행사로서 사업을 진행하고 있음

  - ① 부가가치세 과세표준 안분계산 비율(감정평가서 기준) : 과세 15%, 면세 75%

  - ② 부가가치세 공통매입세액 안분계산 비율(설계도서 면적기준) : 과세 20%, 면세 80%

2. 질의내용

○ 부가가치세 과세표준의 안분계산 적용시 ①번 비율에 따라 세금계산서를 발급하면 되는지 여부

○ 부가가치세 공통매입세액의 안분계산 적용시 ②번 비율에 따라 안분하면 되는지 여부

○ 매출, 매입의 안분비율이 차이가 있는데 각각 적용이 가능한지 여부

○ 현재 일부 매입세액(설계비 등)이 사업진행 초기에 발생함으로 인하여 일부 부가가치세 신고시 ②번의 안분비율을 적용하여 안분하였는데 공통매입세액 또한 ①번 안분비율로 적용하여야 한다면 처리방법

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】

⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 면세사업등 이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

○ 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 공통매입세액 안분기준 이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】

법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 건물등 이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. <개정 2015.2.3, 2016.8.31>

1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 기준시가 라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

○ 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】   

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. <개정 2016.2.17>

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 서면인터넷방문상담3팀-970 , 2006.05.25

사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하기 위하여 건물을 신축 또는 취득하는 경우에 면세사업과 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하는 것으로서, 『부가가치세법시행령』 제61조 4항의 규정을 적용함에 있어, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정 면적을 구분할 수 있는 경우에는 동법시행령 제61조 제4항 제3호의 규정을 동항 제1호 및 제2호의 규정보다 우선 적용하여 안분계산하는 것입니다.

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