기획재정부 5월 13일 국세예규심사위원회*) 를 개최하여 의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험용역에 대한 부가가치세 과세는 유권해석일(2014. 3. 17.) 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하는 분부터 과세하는 것으로 결정하였다.
*) 위원장(세제실장), 위원(세제실 국장 3명, 국세청 국장 2명, 조세심판원 심판관, 법제처 법제심의관, 교수ㆍ변호사 등 민간위원 5명)
당초, 기획재정부는 임상시험용역의 부가가치세 과세여부에 대한 국세청 질의에 대해 관련 법령 규정을 법리적 관점에서 해석하여 과세대상에 해당되는 것으로 유권해석
*) 한 바 있다(
재부가-236, 2014. 3. 17.) .
*) 기획재정부 유권해석의 근거 : 임상시험용역은 면세대상인 ‘환자에 대한 진료ㆍ치료용역’이라기보다는 ‘의약품 안전성 검사 등을 목적으로 정형화된 실험ㆍ측정 방법에 따라 제약사에게 공급하는 시험용역’으로 영국 등 여러 국가에서 과세하고 있음.
하지만, 이번 국세예규심사위원회에서는 그간 병원 등 의료기관은 임상시험용역을 계속 면세로 신고하여왔고 과세관청에서도 정기조사나 신고에 대한 사후검증과정에서 한번도 과세가 이루어진 사례가 없는 등의 상황을 고려해 납세자 신뢰보호라는 관점에서 동 유권해석을 새로운 해석으로 보아 유권해석일인 2014. 3. 17. 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하는 분부터 과세하도록 결정하였다.
참고로, 앞으로 의료기관이 제약사에 공급하는 임상시험용역에 대해 부가가치세를 과세하는 경우에도 의료기관 및 제약사의 세부담이 증가하는 것은 아니며, 의료기관은 제약사로부터 부가가치세가 포함된 대금을 받아 부가가치세를 납부하고, 제약사도 의료기관에 지급한 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있다.