대법원은 위 소송 상고심(2013두16975)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 사건을 광주고법으로 돌려보냈습니다.
● 판결문 전문
갑이 을에게 토지 등을 양도한 후 2002. 11. 6. 양도소득세 신고를 하였고 을이 다시 제3자에게 이를 양도한 후 양도소득세 신고를 하였는데, 과세관청이 2011. 6. 3. 갑이 신고한 실지양도가액과 을이 신고한 실지취득가액이 다르다며 실지양도가액을 부인하고 갑에게 양도소득세 부과처분을 한 사안에서,
위 처분은 부과제척기간의 기산일인 2003. 6. 1.부터 5년이 경과한 2011. 6. 3.에 이루어졌고, 갑이 신고한 토지의 실지양도가액이 사실에 부합하며, 특별히 부과제척기간을 연장할 만한 사유도 없어 토지 양도에 관한 양도소득세의 부과제척기간은 5년으로 보아야 하므로,
위 처분은 국세부과의 제척기간이 도과된 후에 이루어진 과세처분으로서 무효라고 보아야 할 것인데도 이와 달리 본 원심판결에 법리오해의 위법이 있다.
라고 판결을 하였습니다.
● 판결문 평결
"구 국세기본법 제26조의2 제1항은 원칙적으로 국세부과의 제척기간을 기준 시점으로부터 5년간으로 규정하고 있으며, 예외적으로 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈했을 경우에만 5년이 지난 이후에도 추가 부과를 할 수 있다고 규정하고 있다"라고 판결을 하였습니다.
"문제의 양도소득세 부과처분은 제척기간의 기산일인 2003년 6월부터 5년이 훨씬 지난 2011년 6월에 이뤄졌을 뿐만 아니라 특별히 제척기간을 연장할 만한 사유도 없으므로 무효"라고 밝혔습니다.
세법에서는 일정기간이 지나면 세금을 부과할 수 없거나 납부하지 않아도 되는 규정을 두고 있는데 이것이 바로 “국세부과 제척기간제도”와 “소멸시효 제도”입니다.
만약 “국세부과 제척기간제도”가 없다면 납세의무자는 평생 동안 세금의 굴레에서 벗어나지 못하게 되며 법질서 또한 장기간 동안 불안정 상태에 놓이게 됩니다. 그에 따라서 당연히 사회경제적 비용도 커지게 마련입니다.
제척기간을 두는 이유는 납세의무자가 세금을 고의로 내지 않고 그냥 제척기간을 버티면 된다는 생각을 갖게 하려는 취지는 아닙니다. 납세의무가 발생한 줄 모르고 지내다 한참 뒤에 납세고지를 받을 경우 발생할 수 있는 여러 가지 문제점을 완화하기 위한 안정장치인 것입니다.
결국부동산 매수자가 부동산 취득가액을 원래 신고한 금액보다 이후에 높은 금액으로 다시 신고했다는 사실만으로는 국세기본법의 제척기간과 상관없이 세금을 부과할 수 있는 "납세자가 사기 기타 부정행위"로 국세를 포탈하려고 한 것으로는 볼 수 없다고 판단하고, 양도소득세 부과처분은 제척기간 5년이 경과하였기 때문에 무효라고 판단한 사례입니다.