Squeegee 만나보기: 저미생물 바이오매스 마이크로바이옴을 위한 새로운 오염 감지 도구

[아름이]

Squeegee 만나보기: 저미생물 바이오매스 마이크로바이옴을 위한 새로운 오염 감지 도구
날짜:
2022년 12월 6일
원천:
베일러 의과 대학
요약:
마이크로바이옴 과학의 주요 과제 중 하나는 모유, 태반 또는 양수와 같은 미생물 DNA를 거의 포함하지 않는 연구인 저 바이오매스 연구에서 진정한 진정한 마이크로바이옴 신호와 잠재적인 환경 오염 물질을 구별하는 것입니다. 예를 들어, 샘플링 키트나 추출 키트 또는 환경의 잔여 오염 DNA에서 샘플에 있는 미생물의 DNA를 구별하는 것은 어려울 수 있습니다.

마이크로바이옴 과학의 주요 과제 중 하나는 모유, 태반 또는 양수와 같은 미생물 DNA를 거의 포함하지 않는 연구인 저 바이오매스 연구에서 진정한 진정한 마이크로바이옴 신호와 잠재적인 환경 오염 물질을 구별하는 것입니다. 예를 들어, 샘플링 키트나 추출 키트 또는 환경의 잔여 오염 DNA에서 샘플에 있는 미생물의 DNA를 구별하는 것은 어려울 수 있습니다.

연구원은 일반적으로 장비 또는 환경의 음성 대조군을 포함하고 알고리즘 도구를 사용하여 환경에 존재하는 미생물을 식별하지만 모든 데이터 세트에 음성 대조군이 제공되는 것은 아닙니다. Baylor College of Medicine과 Rice University의 연구원들은 미생물 식별 및 분석에서 재현성을 확립하기 위해 새로운 오염 감지 도구를 개발했습니다. 그들의 연구 결과는 최근 Nature Communications 에 발표되었습니다 .

Baylor 및 Texas Children's Hospital의 산부인과 교수인 Kjersti Aagaard 박사는 "우리는 Rice University의 공동 작업자와 팀을 이루어 Squeegee라고 하는 계산 도구를 개발하고 테스트했습니다."라고 말했습니다. "Squeegee의 전제는 컴퓨터 분석 파이프라인을 사용하여 모든 인간(또는 다른 포유류) 숙주에서 발견되는 미생물 군집과 샘플링 또는 실험실 환경 사이에서 공통적으로 예상되는 오염 물질의 '이동 경로'를 감지하는 데 도움을 줄 수 있다는 것입니다. "

Baylor의 Aagaard Lab은 지난 10년 동안 IRB 승인 및 NIH 자금 지원 연구를 수행하여 특히 바이오매스가 적고 많은 음성 대조군이 있는 많은 참가자로부터 풍부한 데이터 세트를 얻었습니다. 그들은 Rice의 Treangen Lab의 연구원들과 협력하여 다양한 환경과 DNA 추출 키트의 오염 제어가 있는 인간 연구의 생명 데이터 세트에 사용되는 알고리즘인 Squeegee를 테스트했습니다. 그들은 위양성 비율, 리콜 및 Squeegee가 음성 대조군이 없을 때 이러한 환경 오염 세트를 얼마나 정확하게 예측하고 표시할 수 있는지 살펴보았습니다.

Baylor 산부인과의 박사 후 연구원인 Michael Jochum 박사는 "우리는 Squeegee가 높은 가중 리콜과 매우 낮은 위양성률을 가질 수 있다는 것을 보여줄 수 있었습니다."라고 말했습니다.

Jochum에 따르면 Squeegee는 낮은 바이오매스 연구에서 metagenomic 시퀀싱 분석 결과의 전반적인 신뢰성을 향상시킵니다. 새로운 오염 식별 도구는 배치 효과를 식별하여 잠재적 오염 물질로 표시할 수 있습니다. 이러한 희박한 미생물 환경을 연구하는 Aagaard 연구소의 초점과 전문성을 감안할 때 이것은 그들이 진행 중인 연구와 향후 연구를 위해 도구 상자에 추가한 도구입니다.

"Squeegee는 마이크로바이옴 과학 커뮤니티를 위한 최초의 도구이며 무료로 사용할 수 있습니다."라고 Aagaard는 말했습니다.

Squeegee의 소스 코드는 https://gitlab.com/treangenlab/squeegee 에서 공개적으로 사용할 수 있습니다.

출처 : https://www.sciencedaily.com/