거래 상가건물 매매계약서에 단서로 건물에 대한 부가세는 별도라도 특약 란에 기록을 했다고 하면 매도인은 매수인에게 건물에 대하여서는 세금계산서를 발행하고 토지에 대하여서는 계산서를 발행하고 부가세는 별도로 받아 세무관서에 납부를 하여야 합니다.
매수인은 일반과세자로 사업자등록을 한 후 매도인에게 발급받은 세금계산서를 첨부하여 부가세 환금신청을 하면 건물분에 대한 부가세는 환급을 받을 수 있습니다.
상가건물 근린생활시설을 매매하면서 계약서에 특약으로 부가세 포함이라고 작성하거나 부가세에 대하여 언급이 없는 경우에는 매매가액에 부가세가 포함이 되어 있는 것으로 통상적으로 간주를 하고 있습니다. 그렇다고 하면 역시 부가세 부담은 매도인이 부담을 하는 것입니다.
[자료 : http://band.us/#!/band/59244224]