제주도 축산진흥원에서는 천연기념물로 지정된 제주마·제주 흑우·제주 흑돼지를 안정적으로 관리하고 있다.
제주마는 한때 사육두수가
2만여 두에 달했으나, 1985년 1000여 두로 감소됐다. 따라서 그 보존책을 강구하던 끝에 1986년 천연기념물 제347호로 지정, 보호하고
있다.
제주 흑우는 기원전부터 오랫동안 제주에서 사육됐으며, 조선왕조실록·탐라순력도 등 옛 문헌에 제향 및 진상품으로 공출된 기록이
있을 정도로 그 역사와 문화적 가치가 크다. 또한 제주흑우는 유전자 분석 결과 한우·칡소·교잡우와는 다른 제주흑우만의 고유 혈통을 가진 고유
재래종으로 2014년 천연기념물 제 546호로 지정돼 체계적으로 혈통관리 및 사양되고 있다.
제주 흑돼지 역시 1986년
축산진흥원에서 멸종돼 가는 암컷 4마리와 수컷 1마리를 수집해 사육하기 시작했으며, 제주도 특유의 기후와 풍토에 잘 적응해 체질이 튼튼하고
질병에도 강해 토종 가축으로서 체계적으로 보호할 필요가 있었다. 이에 따라 제주마, 제주 흑우에 이어 세 번째로 천연기념물 제 550호로
지정됐다
천연기념물을 보호하고 관리해야 하는 가장 큰 이유는 자연 생태계 유지라고 볼 수 있다. 한 개의 종 멸종은 단순히 종이
사라지는 것을 의미하는 것이 아니라 다른 종의 멸종과 밀접한 관계가 있음을 뜻하기도 한다. 생물 멸종에 있어 가장 피해를 주는 것은 인간일지도
모른다.