선형혼합모형에서 반복측정자료의 분석...

[박재홍]

안녕하십니까?

LME 분석을 할때 반복측정된 자료의 경우 종속변수들 사이에 자기상관이 있어서 상관행렬을 적용해 주어야 한다고 알고 있습니다.

분석을 진행하다 보니 문득  R의 gee package나 SPSS에도 반복측정변수를 정해주거나 상관행렬을 지정해주는 옵션이 있는 것으로 알고 있는데, lme4를 사용하면서는 그런 것을 하지 않고 분석을 시행하고 있다는 것을 깨달았습니다;;

 반복측정되는 종속변수가 어떤 것인지 R이 알지는 못할 테니 우리가 지정해주어야 할 것 같은데 lme4 package에 이와 관련된 옵션이 있는 것인지, 또한 상관행렬구조를 지정해주는 옵션이 있는지 아니면 default로 적용되는 상관행렬이 있는 것인지 궁금합니다.

[안재형]

GEE는 임의적으로 상관행렬을 지정해야하지만, linear mixed models나 generalized linear mixed models의 경우 random인 항을 지정해주면 이론에 따라 상관행렬이 정해집니다.

[박재홍]

그렇군요. 말씀하신 random인 항이란 것이 random vector 성격을 지닌 종속변수를 말씀하시는 것으로 이해하면 되는지요?
그리고 이론에 따라 상관행렬을 지정하려면 독립변수의 성격이 파악되어야 할 것 같은데, lme4 패키지의 경우에는 반복측정된 독립변수와 그렇지 않은 독립변수를 알아서 인식해서 분석해주기 때문에 우리가 옵션에서 따로 지정해줄 필요가 없다고 이해하면 되는 것인지요?
아는게 없다보니 자꾸 질문만 하게 되네요 죄송합니다ㅠ

[안재형]

mixed models라는게 너무 복잡해서 댓글로 설명할 수가 없습니다.

[강성찬]

임상의사들을 위한 통계 가이드 중에 Mitchell Katz란 분이 쓰신 multivariable analysis 라는 책이 있습니다. (http://www.amazon.com/Multivariable-Analysis-Practical-Clinicians-Researchers/dp/0521141079) 여기서 11장에 보면 반복측정 자료에서 어떻게 하는지 수식이 없이 말로 나와있으니 한번 참고하시는 것도 괜찮을 듯 합니다.

[강성찬]

https://freshbiostats.wordpress.com/2013/07/28/mixed-models-in-r-lme4-nlme-both/ 이게 어느정도 도움이 될 지 모르겠네요.

[박재홍]

두분 모두 감사합니다.
열심히 공부해서 제 것으로 만들어 보도록 하겠습니다^^

[박상일]

lme4의 저자인 Douglas bates/Pinheiro의 책을 읽어 보심이 좋을 것 같네요.lme4내에서 공분산행렬을 지정하는 것은 어렵다고 알고 있고 다른 패키지를 사용하셔야 가능하다는 글도 있습니다.
http://stats.stackexchange.com/questions/49775/variance-covariance-matrix-in-lmer

[박재홍]

그렇군요...감사합니다. 읽어보니 아직 내공이 부족해서 다 이해하긴 힘들지만, lmer을 실행할 때 생성되는 상관행렬이 만능열쇠는 아니란 얘기군요...
적용도 간편하고, 새로 나온 버전이고 당연히 nlme보단 lme4가 나을거라 생각했는데 꼭 그렇지만은 않은것 같네요. 거기다 우리가 목숨만큼(?) 중요하게 여기는 p-value도 안 보여주고...차라리 nlme를 사용하는게 나을지도 모르겠네요.

[박상일]

p-value를 볼수 있습니다. lmerTest라는 패키지를 사용하시면 됩니다.

[박재홍]

오...저는 일일이 코드를 돌려서 p-value를 추가했는데 이건 바로 t값과 같이 나오는군요...
좋은정보 감사합니다^^