가장 우려스러운 것은 GMO가 개발된지 역사가 오래되지 않았기 때문에 장기간 섭취할 경우 우리 인체에 어떤 현상이 나타날지 모른다는 사실이다. 또한 GMO가 재배되면서 다른 식물들로 유전자가 옮겨가 생태계 교란 등의 문제를 일으킬 수 있으며, 사회 경제적으로는 특정 회사가 GMO종자를 개발하고 특허권을 가지게 되어 종자 가격이 올라가고 토종 종자가 사라지게 될 수 있다는 우려가 나오고 있다.
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1998.8 영국 로웨트연구소 : 푸스타이박사의 주도로 유전자변형감자를 먹인 쥐 실험에서,쥐의 면역체계와 질병 저항력이 크게 떨어짐.
1999.1.27 독일 : 유전자 조작 식품으로 인하여 항생제 내성을 갖는 슈퍼균이 발생하여 장 내에 잔존할 가능성에 관한 컴퓨터 모의실험.
1999.5 미국 코넬대학 : 나비의 유충들이 유전자 변형 옥수수의 꽃가루가 묻은 식물의 잎에 붙어 자랄 경우 거의 절반이 죽는 반면,일반 옥수수 꽃가루가 묻은 잎이나 꽃가루가 묻지 않은 잎을 먹은 유충들은 전혀 그 같은 일이 일어나지 않음을 실험을 통하여 입증.
1999.5 영국왕립조류협회 : GM 농산물을 재배하는 농장 근처 나비의 모양이 변형된 사례를 발표하여 생태계에 영향을 주고 있음을 입증.
1999.5 영국 스코틀랜드 애버딘대학 : 렉틴스라는 천연물질의 유전자를 주입해서 병충해에 강하게 만든 특수감자와 보통감자를 쥐에게 먹인 결과 특수감자로 키운 쥐의 성장이 억제되었다는 실험 결과.
1999.5.18 영국의료연합(BMA) : 유전자 조작 식품의 항생제내성 유전자가 인체 내 항생제 내성을 키움으로써 건강상의 위협이되고 있음.
1999.10 영국 스코틀랜드 애버딘대학 : 유전자 조작 감자에는 병충해에 대한 저항력을 높여주는 락틴이라는 단백질이 들어있는데 바로 이 락틴이 쥐의 위장과 일부 점막을 손상시켰다는 쥐 실험 결과.
2000.5 독일 예나대학 연구팀 : 유전자 조작 유채의 꽃가루를 먹은 벌의 장 속에서 유전자 조작된 DNA가 검출됨으로써,GMO 속의 유전자가 이를 섭취한 동물과 사람에게 전이될 가능성을 과학적으로 입증.
이렇듯 유전자 조작 식품은 과학적으로도 인체에 대한 안정성을 확보해주지 못하며, 새로운 물질에 의한 알레르기나 독성이 나타날가능성도 무시하지 못한다.
또한 해충 및 제초제 저항성 유전자 조작 식물은 오히려 항생제에 대한 내성이 증대되는 결과를 가져올 수 있다는 점에서 유전자 조작 식품은 무조건적으로 개발하고, 이를 생산, 유통하려는 것은 문제가 심각하다고 할 수 있다.