기독교교육협회는 기도문과 함께 발표한 성명서를 통해 "수많은 학생들을 수장시킨 세월호 참사는 대한민국과 교회교육이 만들어낸 비극"이라면서, "하나님이 주신 생명을 귀하게 여기지 못하고 경제적 효과만을 강조하는 대한민국을 만들었고, 20년 수명의 폐선을 수입해 무리하게 증축하고 수명기한을 30년으로 바꾸는 나라를 만들었다"고 잘못된 관행을 고치지 못했던 점을 반성했다.
이어 "선장은 제 목숨 구하기에 급급했고 이는 옆도 뒤도 보지 않고 오직 나만을 위하며 살아온 우리들의 모습이고 돈과 성공만이 최선일 뿐 명예도 사명도 없는 우리들의 모습"이라면서, "이익이 생명에 우선하는 사회, 성공이 정의를 앞지르는 문화를 방기하고 조장한 우리들의 잘못 때문"이라고 고백했다.
교육협회는 또, "국가는 국민을 보호할 의무를 가지고 대통령은 그 의무를 대표한다"면서, "국민이 분노하고 있는 이유는 정부의 모습에서 진심을 보지 못하기 때문인데 마지막 1명까지 보호하고자 노력해 달라"고 촉구하고 진정한 사과와 함께 끝까지 책임지는 정부의 모습을 요청했다. 한국교회와 교회학교에도 호소를 한 교육협회는 "그동안 우리 사회는 너무나 많은 참사를 경험했고, 눈물을 흘렸으며 회개했다"면서, "용기를 내서 살아남은 자들로서 이런 끔찍한 역사가 되풀이되지 않도록 함께 싸워달라"고 당부했다. 끝으로 교육협회는 "국민들이 모든 신분과 지위와 입장을 떠나 오직 이 참사를 바르게 수습하고 온전히 대책을 마련하는 일에 하나가 되자"면서, "유족들을 위로하고 함께 해 주는 일에 하나가 되고 지금처럼 온 국민이 가족의 심정이 되어 위로하고 부축해 주자"고 호소했다. 기독교교육협회는 성명서에 이어 이 땅을 위로해 달라는 내용의 기도문을 발표했다. 다음은 기도문 전문이다.
주님, 엎드려 빕니다.
더는 저희를 용서치 마옵소서!
이기와 거짓으로 제 자식을 죽인 저희입니다.
제가 살겠다고 새끼를 죽인 저희들입니다.
우리를 살리시려 자신을 내어 주신 주님!
오직 성공을 위해, 남을 앞질러 제 몫을 챙기기 위해
주님을 찾아 악다구니조차 서슴지 않는 저희를
이제 더는 용서치 마옵소서.
하나님보다 더 하나님처럼
지켜야 될 것 하나 안 지키고 평안을 기도하는 저희들,
멀쩡해야 될 배 뒤집어 놓고 기적을 간청하는 이 죄인들을
더는 제발 용서치 마옵소서!
대신, 위로 하옵소서. 위로하여 주옵소서.
이 땅의 말로는 위로할 길이 없는 영혼들,
저 무너진 마음, 찢어진 가슴마다 친히
친히 오셔서 위로하여 주옵소서.
찢기셨던 그 팔로 보듬어 안고 위로하여 주옵소서.
영원한 생명과 다시 사는 희망이 새살처럼
새살처럼 차오르게 하여 주옵소서.
오, 주님! 이제는 진실로 회개하는 자들로 이 땅을 세워주소서.
나라와 사회와 교회와 가정이 그들의 손에 이끌리게 하옵소서.
불편과 불안과 불이익을 이기고 진리를 세우게 하옵소서.
그들로 함께 손잡고 거짓과 싸우게 하옵소서.
어둠을 무찌르게 하옵소서.
오, 주님! 감히 빕니다.
진실로 우리를 불쌍히 여겨 주옵소서.
불쌍히 여겨 주옵소서!