보석박물관의 하이라이트는 전시관 끄트머리에서 만날 수 있는 금으로 만든 사리장엄과 보석꽃이다. 사리장엄은 미륵사지석탑에서 발굴된 사리가 담긴 통으로, 그것을 다시 순금으로 재현해 전시하고 있다. 중요무형문화재인 김철주 조각장인이 1년에 걸쳐 제작했으며 그 무게만 400여 돈에 이르는 진귀한 작품이다.
독일의 보석세공 작가 만프레드 윌드의 보석꽃도 빼놓을 수 없다. 수작업을 거쳐 각종 천연 보석을 꽃으로 재탄생시켰다. 어디서도 보기 드문 진귀한 이 보석꽃은 백수정, 장미수정, 투어멀린, 연옥 등 천연 보석으로 2,641개의 꽃잎을 표현했다. 특히 투어멀린 꽃잎 안의 수술은 다이아몬드 213개를 사용했고 금으로 세부 장식을 더했다. 그런 만큼 가격도 어마어마하다.