거주주택 과세특례 모든 것 해부

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【임대주택 완전정복 35】 거주주택 과세특례 모든 것 해부

미네르바올빼미

2020. 4. 30. 13:00

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안녕하세요. 여러분의 세금 지킴이 미네르바 올빼미입니다.

긴 연휴의 시작일이라 그런지 서울 외곽으로 나가는 차량들이 많네요.

저번 주에 동영상 촬영을 위한 강의를 진행하였습니다. 강의 내용 중 거주주택 과세특례에 대해 문의하신 분들이 계셨는데요.

오늘은 이 부분을 자세히 설명드려볼까 합니다.

1. 세법상 장기임대주택으로 등록하면 3가지 특례를 적용받을 수 있습니다.

민간임대주택법상 지자체에 임대 사업자로 등록하고 세법상 세무서에 사업자등록까지 마친 경우로서 해당 주택의 임대 개시일(기존에 보유 중인 주택이었다면 지자체와 세무서에 임대 사업자로 등록한 날) 당시 기준시가가 6억 원(수도권 외 지방은 3억 원) 이하인 주택을 소득세법시행령에서는 "장기임대주택"이라 부릅니다.

지자체에서 발급한 임대사업자등록증이나 세무서에서 발급한 사업자등록증 어디에도 "장기임대주택"이란 문구는 보이지 않지만 위에서 언급한 요건을 갖추면 세법에서는 장기임대주택이라 부르는 겁니다.

장기임대주택의 요건을 갖추게 되면 ①거주주택 과세특례, ② 양도세 중과적용 배제, ③ 종부세 합산배제의 3가지 혜택을 적용받을 수 있습니다.

이 중 거주주택 과세특례란 2년 이상 거주한 주택을 양도하고 그 주택의 비과세 여부를 판단할 때 장기임대주택은 주택수에서 제외되어 거주주택이 비과세가 되는 특례입니다.

2. 일시적 2주택 비과세를 적용받을 수 없는 경우 거주주택 과세특례를 통해 비과세를 받을 수 있습니다.

2주택을 보유한 상태에서 먼저 취득한 주택을 양도하고 비과세를 적용받으려면 다음의 일시적 1세대 2주택 비과세 요건을 갖춰야 합니다.

① 종전주택 취득 후 1년이 경과한 후 대체주택 취득

② 종전주택은 2년 이상 보유(조정대상지역 지정 후 취득한 주택은 2년 보유 .+ 2년 거주)

③ 대체주택 취득일로부터 3년 이내에 종전주택 양도

마지막 ③에서 조정지역에 종전주택을 보유하고 18.9.14. 이후 조정대상지역에 위치한 대체주택을 취득한 경우에는 대체주택 취득일로부터 2년 이내에 종전주택을 양도해야 하며,

2019.12.17. 이후 조정대상지역에 위치한 대체주택을 취득한 경우에는 대체주택 취득일로부터 1년 이내에 종전주택을 양도하고 1년 이내 대체주택으로 전입까지 마쳐야 합니다. 보다 자세한 내용은 아래 포스팅을 참고하시기 바랍니다.

【일시적 2주택】 12·16 대책 이후 일시적 1세대 2주택 완전 분석

대체주택을 취득할 때 일시적 2주택 규정을 잘 몰랐거나 부득이한 사정이 있어서 일시적 2주택 요건을 갖추지 못한 경우 양도세 비과세를 포기해야 할까요?

위 일시적 1세대 2주택 비과세 요건을 갖추지 못한 경우에도 비과세를 받을 수 있는 방법이 있습니다. 소득세법시행령 제155조 20항에서 규정하고 있는 "거주주택 과세특례"가 적용되는 경우 비과세를 적용받을 수 있습니다.

3. 거주주택 과세특례는 다양한 방법으로 활용할 수 있습니다.

위에서 일시적 2주택을 적용받을 수 없는 경우 거주주택 과세특례를 활용해서 비과세를 받을 수 있다고 말씀드렸는데요. 실제 사례로 설명드려보겠습니다.

1) 사례 1 : 종전주택 취득 후 1년 이내 대체주택 취득

일시적 2주택 비과세를 받으려면 A주택 취득 후 1년이 지나서 B주택을 취득해야 했는데 위 사례는 그 요건을 갖추지 못한 경우입니다. 사례에서 A주택이 조정대상지역에 있고 양도차익이 큰 경우로서 비과세를 적용받지 못하면 양도세가 중과되어 세부담이 급격히 늘어납니다.

이 상황에서 A주택을 먼저 양도하고 비과세를 받으려면 어떻게 해야 할까요?

위에서 설명드린 거주주택 과세특례를 활용하면 됩니다.

거주주택 과세특례란 "2년 이상 거주한 주택을 양도하면서 그 주택의 비과세 여부를 판단할 때 세법상 장기임대주택은 주택 수에서 제외되므로 거주주택이 비과세가 적용되는 특례"입니다.

위 사례에서 B주택을 장기임대주택으로 등록하고 2년 이상 거주한 A주택을 매도하면서 비과세 여부를 판단할 때 장기임대주택은 주택수에서 제외되므로 A주택은 비과세가 가능합니다.

B주택을 장기임대주택으로 등록한다는 말은 B주택을 지자체 및 세무서에 임대사업자로 등록하고, 임대 개시 당시(기존 보유중인 주택을 임대주택으로 등록하는 경우에는 지자체와 세무서에 임대주택으로 등록한 날) 기준시가가 수도권은 6억 원 이하, 수도권 외 지방은 3억 원 이하인 경우를 말합니다.

2) 사례2 : 대체주택 취득 후 3년 지나서 종전주택 양도

일시적 2주택 비과세를 적용받으려면 대체주택을 취득한 후 3년 이내(18.9.14. 이후 조정대상지역 내 주택 취득시 2년, 19.12.17. 이후 조정대상지역 내 주택 취득시 1년)에 종전주택을 매도해야 합니다.

그러나 사정이 있어 대체주택을 취득하고 3년이 지나서 종전주택을 매도하면 일시적 2주택 비과세를 적용받을 수 없습니다. 이럴 때도 거주주택 과세특례를 활용해서 종전주택의 비과세를 적용받을 수 있습니다.

위 그림의 사례2로 설명드리겠습니다.

사례2는 거주주택(A)과 대체주택(B)을 보유한 자가 거주중인 A주택을 매도하려는 시점이 대체주택을 취득한 지 3년이 지난 케이스입니다.

이 상황에서 A주택을 비과세 받으려면 대체주택을 장기임대주택으로 등록한 후 2년 이상 거주한 A주택을 매도하면 됩니다. 2년 이상 거주한 주택을 팔고 비과세 여부를 판단할 때 장기임대주택인 B주택이 주택수에서 제외되므로 A주택은 비과세를 적용받을 수 있습니다.

3) 사례3 : 대체주택의 차익이 크고 대체주택을 먼저 매도하는 경우

위 사례는 종전주택보다 대체주택의 가격이 더 많이 올랐고, 현재 거주중인 대체주택(B주택)을 먼저 팔려고 하는 상황입니다.

대체주택을 먼저 팔면서 비과세를 받을 수 있는 방법은 두 가지가 있는데요.

하나는 거주주택 과세특례를 적용받는 것이고, 나머지 하나는 소득세법시행령 제156조의2 5항에 따른 재개발/재건축 기간 중 거주하기 위해 취득한 대체주택 양도시 비과세 특례를 적용받는 것입니다.

위 사례에서 나중에 취득한 B주택(거주중인 주택)을 먼저 팔고 비과세를 적용받으려면 A주택을 장기임대주택으로 등록하면 됩니다. 이후 2년 이상 거주한 B주택을 매도하고 비과세 여부를 판단할 때 장기임대주택인 A주택은 주택수에서 제외되므로 B주택은 비과세를 적용받을 수 있습니다.

이처럼 거주주택 과세특례는 일시적 2주택 비과세를 적용받을 수 없을 때 다양한 방법으로 비과세를 위해 활용할 수 있는 특례입니다. 여기에 일시적 2주택까지 결합하거나 다른 양도세 특례를 활용해서 비과세를 적용받을 수 있습니다.

4. 18.4.1. 이후 장기임대주택의 요건이 강화되었지만 거주주택 과세특례를 위한 임대주택의 요건은 변함이 없습니다.

세법상 장기임대주택의 3가지 혜택을 받으려면 2018.3.31.까지 등록한 주택들은 다음의 요건을 갖추면 되었습니다.

① 지자체에 단기임대 or 장기일반민간임대(구 준공공임대)로 등록

② 세무서 사업자등록

③ 임대개시 당시 기준시가 요건 충족

④ 임대의무기간 충족(5년)

그런데 소득세법시행령 167조의3 1항 2호가 개정되면서 2018년 4월 1일 이후 등록하는 임대주택부터는 장기임대주택의 요건이 강화되었습니다.

1) 지자체에 장기일반민간임대주택으로 등록

우선 지자체에 임대주택으로 등록할 때 장기일반민간임대주택으로 등록해야 합니다. 단기임대주택으로 등록한 경우에는 기준시가 요건을 갖추더라도 더 이상 세법상 장기임대주택으로 인정해주지 않습니다.

2) 임대의무기간 8년 적용

2018년 3월 31일까지 등록한 장기임대주택은 세법상 혜택을 받으려면 5년간 임대를 해야 했습니다.

그런데 소득세법시행령의 개정으로 2018년 4월 1일 이후 등록한 임대주택의 경우 장기임대주택의 혜택을 받으려면 지자체에 장기일반민간임대주택으로 등록하고 8년의 의무임대기간을 준수해야 합니다.

이처럼 18년 4월 1일 이후 등록하는 임대주택부터 장기임대주택의 혜택을 받으려면 지자체에 장기일반민간임대주택으로 등록하고 8년의 임대기간을 준수해야 하는 것으로 법령이 개정되었는데요.

이 개정 규정은 장기임대주택의 3가지 혜택 중 ② 중과적용 배제와 ③ 종부세 합산배제 혜택을 적용받을 때만 적용되며, ​거주주택 과세특례를 적용받을 때는 적용되지 않습니다.

예를 들어 18년 4월 1일 이후 지자체에 단기임대로 등록하고 세무서에 사업자등록을 한 경우로서 임대개시 당시 기준시가 요건을 갖췄다면 해당 임대주택은 지자체에 장기일반민간임대주택으로 등록하지 않았으므로 ② 중과적용 배제와 ③ 종부세 합산배제 혜택은 받을 수 없지만 ① 거주주택 과세특례는 적용받을 수 있습니다.

이 내용을 아래의 표로 정리해 보았습니다.

5. 18.9.14. 이후 조정대상지역 내 주택을 취득하여 임대주택으로 등록한 경우에도 거주주택 과세특례는 적용받을 수 있습니다.

장기임대주택의 요건을 갖추면 거주주택 과세특례, 양도세 중과배제, 종부세 합산배제 혜택을 받을 수 있다고 설명드렸는데요.

정부가 다주택자에 대한 양도세 및 종부세 규제를 계속 내놔도 다주택자들이 주택 구입을 늘리자 18년 9.13 대책에서 장기임대주택의 혜택을 줄이는 것으로 시행령을 개정하였습니다.

개정된 소득세법시행령 제167조의3 규정에 의하면, 2018년 9월 14일 이후 조정대상지역 내 주택을 취득해서 세법상 장기임대주택의 요건을 갖춰 임대주택으로 등록하더라도 장기임대주택의 혜택 중 양도세 중과배제 및 종부세 합산배제 혜택이 부여되지 않습니다.(18.9.14. 이후 비조정대상지역의 주택을 취득하여 장기임대주택의 요건을 갖춰 등록할 경우 종부세 합산배제는 계속 적용됨)

그러나 장기임대주택의 혜택 3가지 중 거주주택 과세특례는 18.9.14. 이후 취득한 조정대상지역 내 주택이라 하더라도 계속해서 적용됩니다. 거주주택 과세특례는 거주한 주택 즉 실수요 목적으로 보유한 주택을 팔았을 때 적용되는 특례이므로 해당 특례는 축소하지 않은 것입니다.

위 내용 중 18.9.14. 이후 조정대상지역 내 주택을 취득해서 장기임대주택의 요건을 갖춰 등록할 경우 거주주택 과세특례 혜택도 적용이 안되는 것은 아닌 지 세무사님들과 세무공무원들이 많이 문의 주셨는데요.

결론만 말씀드리면 18.9.14. 이후 조정대상지역 내 주택을 취득해서 장기임대주택의 요건을 갖춰 등록할 경우 중과배제 및 종부세 합산배제는 적용되지 않지만 "거주주택 과세특례"는 계속 적용받을 수 있습니다.

왜 거주주택 과세특례도 적용되지 않는 것으로 오해를 하시는 지, 근거 규정은 무엇인지는 내용이 많이 복잡하고 어려워서 다음에 기회 되면 자세히 설명드리겠습니다.

6. 19.2.12. 이후부터 평생 1회만 거주주택 과세특례를 적용받을 수 있습니다.

19년 2월 12일 소득세법시행령이 개정되기 전까지는 거주주택 과세특례를 반복해서 적용받을 수 있었습니다.

그러나 소득세법시행령의 개정으로 2019년 2월 12일 부터느 거주주택 과세특례를 평생 1회만 적용받을 수 있습니다. 그런데 개정된 시행령의 애매한 부칙규정 때문에 적용대상을 두고 논란이 많았습니다.

위 내용이 개정된 거주주택 평생 1회 적용 관련 부칙입니다.

부칙 제7조 1항에서는 "개정 규정은 영 시행(2019.2.12) 이후 취득하는 주택부터 적용한다"고 규정하고 있습니다.

이 문장을 거주주택 과세특례를 평생 1회 적용하는 개정 규정은 2019.2.12. 이후 취득하는 주택부터 적용하므로 과거에 거주주택 과세특례를 적용받았는지 여부에 관계없이 2019.2.12. 이후 취득하는 주택은 다시 한 번 거주주택 과세특례를 적용받을 수 있는 것으로 오해하는 분들이 계시는데요.

그 아래 2항의 부칙 내용을 감안하면 그런 의미로 해석하면 안 됩니다.

부칙의 내용과 기재부의 유권해석을 정리하면 2019.2.12. 당시 거주중이거나 보유중인 주택(분양권, 입주권 포함)은 회수에 관계없이 거주주택 과세특례 적용이 가능하지만,

기존에 이미 거주주택 과세특례를 적용받았거나 받기 위해서 거주중인 주택이 있는 상태에서 2019.2.12. 이후 취득한 주택은 다시 거주주택 과세특례를 적용받을 수 없습니다.

위 사례는 거주중인 A주택과 장기임대주택 2채를 보유한 자가 2019년 2월 12일 이후 대체주택인 D를 구입하고 그 날로부터 2년 이내에 A주택을 매도한 후 D주택에 다시 전입해서 2년 이상 거주하고 매도한 경우입니다.

A주택의 비과세 여부를 판단할 때 장기임대주택 2채(B, C)는 주택수에서 제외됩니다. 그리고 A, D주택은 일시적 2주택 요건을 갖추고 있으므로 A주택은 거주주택 과세특례와 일시적 2주택 특례가 중첩 적용되어 비과세를 적용받을 수 있습니다.

이후 D주택에 전입해서 2년 이상 거주하고 양도했을 때 다시 거주주택 과세특례가 적용되는지가 쟁점인데요.

아까 설명드렸듯이 이미 거주주택 과세특례를 적용받았거나 받기 위해 거주하고 있는 주택이(A주택) 있는 상태에서 2019.2.12. 이후에 주택(D주택)을 취득하고, 거주주택 과세특례를 1회 이상 적용받은 상태(A주택 양도하고 거주주택 과세특례 이미 1회 적용)에서는 D주택에 2년 이상 거주하고 양도해도 거주주택 과세특례를 적용받을 수 없습니다.

기재부에서도 동일한 내용으로 유권해석을 하고 있습니다.

기재부 재산세제과-192 , 2020.02.18)
​
2019. 2. 12. 이전에 거주주택과 2채의 장기임대주택을 소유하고 있는 1세대가 2019.2.12. 이후에 신규주택을 취득하고 거주주택을 양도하여 거주주택 비과세를 적용받은 경우로서, 동 세대가 다시 거주용 주택으로 사용한 신규주택을 양도하는 경우 같은 규정에 따른 거주주택 비과세를 적용하지 않는 것임

제가 공부를 하고 있어서 질문에 대한 답을 드리기는 어렵습니다. 그리고 블로그 글을 마음대로 공유해도 되지만 출처는 밝히시기 바랍니다.