한국학 자료 가운데 특히 민간에 흩어져 있어 멸실 위기에 직면한 유교 주요 시설은 홍익의 집과 유교문화박물관, 장판각과 생활관으로 이루어져 있다. 본관에 해당되는 홍익의 집은 주로 연구실과 행정실로 사용되고, 자료정리실과 도서관, 대회의실과 각종 세미나실 등으로 이루어져 있다. 2006년 6월에 개관한 유교문화박물관은 '유교와의 만남'과 '유교와 수양' 등 6개의 기본 전시실, '재지사림(在地士林)과 유교문화' 등 3개의 주제 전시실 그리고 기획 전시실로 이루어져 있다. 장판각은 목판을 전문적으로 보관하는 시설이며, 생활관은 방문자들을 위한 숙소용 건물이다. 조직은 이사회와 원장, 기획사무처, 사무국, 연구부, 자료부, 박물관으로 이루어져 있다.
주요 사업은 멸실될 위기에 있는 국학 자료의 수탁, 국학 자료의 조사 및 정리를 통한 전통문화의 보급, 종합적인 국학 연구 프로그램의 수립과 실행, 국학 연구 자료의 발간 및 보급, 전통문화 체험 교육 및 연수 등이다. 그 일환으로 2003년 10월 '목판 10만 장 수집 운동'을 선포하여 추진하고 있으며, 2004년 4월에는 10만 점의 국학 자료 수집을 달성하였다. 2005년 광복 60주년을 기념하여 '일본의 역사 왜곡과 대응 방안'을 주제로 학술대회를 개최하는 등 국내외 학술대회와 학술교류 활동도 활발하게 펼치고 있다. 간행물로는 한국유학사상대계를 비롯하여 국학교양총서, 퇴계학파의 인물 시리즈, 유교민속연구총서 등을 펴내고 있다.
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