선조는 유진하의 화침에 차도가 없자 허임이 침술로 선조의 병을 치료한다. 한편 유진하는 허임을 몰락시키기 위해 의녀 정월에게 인빈의 탕약에 마황을 몰래 넣도록 한다. 하임은 송하연과 함께 나주 어머니에게 가서 결혼을 허락받는다. 하지만 정유재란으로 다시 전란에 휩싸이고 이순신장군은 원균의 모함으로 삭탁관직되어 백의종군하다가 원균의 수군이 대패함에 따라 다시 삼도수군 통제사로 복귀하여 13척의 배로 133척의 왜적을 대파시킨다. 유진하는 하인을 시켜 허임을 암습하지만 동막개의 도움으로 유진하의 하인을 체포하여 허준에게 인계한다. 정월은 유진하의 아이를 임신하고 첩으로 받아들여주길 간청하지만 유진하는 일언지하에 거절한다. 정월은 허준에게 유진하의 비행을 낱낱이 고한다. 허준은 유진하의 관직을 삭탈하고 쫓아 내며 유진하의 부친도 자진 퇴진할 것을 권유한다. 정월은 유진하를 껴안고 죽는다. 송하연은 정유재란시 왜군의 총탄에 맞아 죽는다. 허임은 어머니의 권유에 의해 조은이와 혼인하고 이후 아들 형제를 낳는다. 허임은 선조의 병환을 침과 뜸으로 치료하여 허준으로부터 ‘침은 그대가 조선 제일이다’라는 칭찬을 듣는다. 허임은 종6품에서 일약 7품이나 승진하여 정3품 당상관에 오르고 군수, 부사 등에 임명된다. 인조 반정후 초야에서 백성들을 치료하며 ‘침구 경험방’을 저술한다.
천민 출신으로 어의에 오른 조선 최고의 침술가 허임의 파란만장한 삶의 이야기가 재미있게 펼쳐진다.