오픈소스소프트웨어, 특히 FSF 등 자유소프트웨어(Free Software)진영이 소프트웨어특허에 대해 가지는 시각은 GPL 서문에 잘 나타나 있다. 이에 따르면 현재 소프트웨어특허로 인하여 자유소프트웨어가 끊임없이 위협을 받고 있는 상황이며, 만약 자유소프트웨어의 배포자들이 개별적으로 특허를 취득하는 경우 해당 프로그램이 사유(proprietary)소프트웨어가 될 가능성이 있으므로, FSF는 이러한 문제에 대처하기 위해서 GPL 조건의 소프트웨어를 이용하는 모든 사람들이 무료로 자유롭게 사용할 수 있는 특허만을 자유소프트웨어에 포함시키고자 한다는 것이다. 이와 같은 기본인식에도 불구하고 GPL 2.0에는 특허권에 관한 내용이 짧게 언급되어 있을 뿐인데, 비록 자유소프트웨어진영이 소프트웨어특허에 대해 반대하고 있긴 하지만, 소프트웨어특허의 인정여부는 결국 각국의 입법 또는 법해석에 관한 문제이다. 따라서 GPL의 차원에서는 GPL 조건의 소프트웨어에 관련 특허가 부여되었거나 앞으로 부여될 수 있다는 현실을 받아들일 수밖에 없다. 특허권에 관한 GPL 2.0에서의 내용을 요약하면, 첫째, 특허권자 자신이 특허기술을 구현한 소프트웨어를 GPL로 배포하였다면, GPL 서문이나 제7조의 해석상, GPL 조건을 준수하면서 해당 소프트웨어를 사용하는 이용자에게는 특허권을 주장하지 않겠다는 서약을 한 것으로, 또는 특허라이선스를 묵시적으로 허락한 것으로 해석할 수 있다. 둘째, 소프트웨어에 제3자의 특허기술이 포함된 경우, 특허권자가 모든 GPL 이용자에게 무상의 라이선스를 제공하는 경우에만 해당 소프트웨어를 GPL로 배포할 수 있다. 다시 말해 프로그램의 복제물을 제공받은 임의의 제3자가 해당 프로그램을 무상으로(royalty-free) 사용하거나 재배포할 수 없는 경우, 해당 소프트웨어를 GPL로 배포하는 것은 불가능하다.
1980년대 이후 미국을 중심으로 소프트웨어를 특허권에 의해 보호하려는 경향이 높아졌으며, 특히 1990년대 후반부터 소프트웨어관련 특허권의 수가 급격히 증가하였다. 그에 따라 GPL 2.0의 한계를 지적하고 소프트웨어 특허에 대한 대책이 필요하다는 요구가 오픈소스소프트웨어 커뮤니티 내부에서 꾸준히 제기되었다. 이와 같은 문제제기는 GPL 3.0으로의 개정과정에서 다양한 논의로 연결되었으며, 가장 많은 논쟁과 수정안의 제출로 이러졌다. GPL 3.0에서의 특허권에 관한 논의와 주요내용은 ⅰ) 라이선서 등 전방(upstream)의 특허권, ⅱ) 라이선시 등 후방(downstream)의 특허권, 기타 ⅲ) 제3자가 가지는 특허권의 경우로 나누어 볼 수 있다.
첫째, 라이선서 등이 특허권에 의한 소송을 제기할 수 있는 위험과 관련하여, GPL 2.0에서는 명시적 규정을 두고 있지는 않았지만 제7조 등의 해석상 라이선서가 자신이 가지는 특허권을 ‘묵시적으로’ 허락하는 것으로 해석할 수 있음은 앞에서 본 바와 같다. 하지만 미국법상으로는 이러한 해석이 가능하지만, 모든 국가가 그와 같지는 않을 것이라는 의견이 있었다. 이러한 문제제기를 받아들여 GPL 3.0은 기여자(Contributor)의 경우 자신이 기여한 부분(Contributor Version)에 대해서는, 비차별적이고 무료인 (non-exclusive and free royalty) 특허 라이선스를 허락하는 것으로 규정하였다.
개정과정에서 이와 관련하여 가장 쟁점이 되었던 부분은, 개발자 및 기여자이외에 GPL 프로그램의 단순한 재배포자(distributor)도 동 규정의 범위에 포함시킬 것인가의 여부에 관한 것이었다. 두 번째 안에서는 단순 배포자도 무료의 특허라이선스를 허락하는 것으로 명시적으로 규정했었다. 하지만 이에 대해 특히 대규모 특허 포트폴리오를 가진 일부 기업들이 자사가 가진 소프트웨어특허 포트폴리오 전체에 대한 권리를 상실할 가능성이 있다는 문제점을 지적하였다. 이와 같은 의견이 일부 반영되어 세 번째 토론안부터는 현재와 같이 기여자만 특허라이선스를 허락하는 것으로 규정하고 단순 배포자는 제외되었다.
두 번째는 라이선시 등으로부터 특허소송이 제기되는 경우인데, 이와 같은 경우를 다루고 있는 라이선스 조항을 통상 특허보복(Patent Retaliation)조항이라고도 한다. 예컨대 애플의 경우, Apple Public Source License에 의해 배포되는 프로그램을 사용하는 이용자가, 애플이 먼저 특허소송을 제기하지 않았음에도, 애플에 대해 특허소송을 제기하는 경우에는 아무런 통지 없이 라이선스가 자동으로 종료된다. 이와는 달리 Apache License 2.0의 경우는, 상대방에 대한 반소제기 등 방어의 목적인지 여부와 상관없이, 아파치라이선스 프로그램을 사용하는 어떠한 이용자에 대해서 특허소송을 제기하는 경우, 소송을 제기한 날에 해당 라이선스가 종료하는 것으로 규정하고 있다.
이와 같은 특허보복조항의 필요성은 브루스 페렌스 등을 중심으로 오픈소스커뮤니티 내부에서 일찍부터 제기되었었다. 하지만 스톨만 등은 특허보복조항의 실효성에 의문을 제기하였으며, GPL 3.0의 두 번째 안에서는, 네트워크서버형태의 이용자에 대한 제한적인 보복조항을 도입하고, 일반적인 보복조항은 이용자들의 선택사항의 하나로 규정하는데 그쳤다. 그런데 이용자들의 선택사항을 규정한 조항(제7조)에 대한 배포판업체들의 비판, Apache License 2.0과의 양립성 등을 고려하여, 세 번째 안부터는 이용자들의 특허침해소송을 제10조 후단의 추가적인 제한(further restrictions)으로 규정함으로써, 일반적인 특허보복조항을 도입하는 것으로 결론내렸다.
세 번째는 라이선서와 라이선시의 관계에 있지 않는 제3자가 특허권을 소유하고 있는 경우이다. 이와 같은 경우 라이선스규정을 통해 해결할 수 있는 문제는 별로 없으며, 소프트웨어 특허에 관한 정책 또는 법해석의 문제로 귀결된다. 그래서 FSF는 GPL 2.0에서와 같이 GPL 3.0에서도 서문(Preamble)을 통해 소프트웨어 특허의 위험성을 지적하고 각국이 소프트웨어 특허의 부여를 제한할 것을 주장하고 있다. 또한 GPL 2.0 제7조의 규정을 제12조에 그대로 위치시키면서, 모든 이용자가 GPL의 조건에 따라 프로그램을 이용할 수 있도록 하는 것이 불가능할 경우에는 제3자의 특허권을 구현한 프로그램을 GPL로 배포할 수 없도록 하고 있다. 그런데 GPL 2.0의 특허규정을 엄격하게 요구하는 것은 현실적으로 어려움이 있다. 예를 들어 리눅스커널의 경우 (특정업체의 조사결과에 따르면) 미국특허 수백개가 관련되어 있는데, 각각의 특허에 대해 무료 라이선스를 취득하는 것은 불가능에 가깝다고 볼 수 있다. 특히 수백개의 GPL 프로그램들을 배포하는 GNU/리눅스 배포판업체들의 경우에는 더더욱 그러하다고 볼 수 있다. 이와 같은 현실적인 어려움을 받아들여 GPL 3.0은, 배포자가 제3자의 특허가 포함되어 있다는 사실을 알더라도, ⅰ) 공중이 이용가능한 네트워크 서버 등을 통해 무료로 관련 소스코드를 복제할 수 있도록 하거나, ⅱ) 해당 프로그램에 대하여, 본인에게 주어진 특허라이선스의 혜택을 스스로 박탈하거나, ⅲ) GPL의 요구사항에 부합하는 특허라이선스를 후방 이용자(downstream users)에게도 허락하는 경우에는, 제3자의 특허가 포함된 GPL 프로그램을 배포할 수 있다.
한편 개정과정의 후반부에서 가장 이슈가 되었던 사항은 MS와 노벨의 특허관련 협약의 체결과, 이와 같은 협약을 막기 위한 조항을 GPL에 도입하는 것이었다. MS는 최근 들어 계속해서 리눅스를 비롯한 오픈소스소프트웨어가 자사의 특허권들을 침해하고 있다고 주장하고 있다. 하지만 현실적으로 다수의 오픈소스소프트웨어관련 기업들을 상대로 소송을 제기하는 것이 쉽지 않으며, 여론도 무시할 수 없는 상황이다. 결국 노벨 등 일부 이해관계가 맞는 기업들을 중심으로 협약을 체결하는 형태로 오픈소스커뮤니티에서 자사의 특허를 인정(?)받고자 노력하고 있다. 이에 대해 스톨만은 MS의 이와 같은 차별적인(discriminatory) 특허라이선스가 부당하다고 판단하고 이를 막기 위한 조항을 규정을 마련하였다. 핵심 내용은 GPL 프로그램과 관련하여 특정인에게 특허라이선스를 허락하는 경우 후방 라이선시들에게도 특허라이선스가 자동적으로 주어진다는 것과, 차별적인 특허라이선스를 체결하는 경우 GPL 프로그램을 배포할 수 없도록 하는 것이다. 그러나 동 조항이 구체적으로 어떠한 의미를 지니는지, 차별적 특허라이선스협정과 포괄적인 크로스라이선스협정의 구별기준이 무엇인지 등 많은 의문이 제기되고 있으며, FSF(또는 소프트웨어자유법센터:SFLC)는 이에 관한 명확한 답변을 하지 못하고 있다. 동 조항이 GPL 3.0에 포함된 이후 삼성전자와 LG전자가 각각 MS와 특허크로스라이선스협정을 체결했다. 국내 기업들의 이와 같은 협정들이 GPL 3.0에서 금지하고 있는 협정에 해당하는지의 여부에 대한 분석도 필요한 시점이다.