직매장 및 공장으로 재화의 반출이 있는 경우 의제매입세액공제 한도액계산방법

[박연주 회계사]

직매장 및 공장으로 재화의 반출이 있는 경우 의제매입세액공제 한도액계산방법

공장에서 생산된 재화의 일부는 그대로 직매장을 통해 판매되고 나머지는 다른 공장에서 2차 가공을 거쳐 직매장에서 판매되는 경우 해당 공장의 의제매입세액공제 한도액 계산시 직매장에서 판매된 과세표준을 기준으로 한도액을 계산함

【문서번호】법규부가2014-249, 2014.07.10

【질의】

(사실관계)

o 당사는 면세농산물 등을 원재료로 하여 가공식품을 제조하는 법인으로 전국 각지에 다수의 공장(부가가치세법상 사업장임)을 두고 있는 총괄납부사업자이며,

- 각 공장에서 생산된 제품은 판매장을 통하여 소비자 등에게 판매하고 있음.

o 당사의 “A”공장에서는 면세로 구입한 옥수수를 원료로 과세재화인 당류(이하 “원당”이라 함) 제품을 생산하는 공장으로

- 생산된 원당 90％는 올리고당 등 제품으로 판매장(“C”)로 반출되어 추가 가공없이 소비자 등에게 판매되고,

- 나머지 원당 10％는 반제품 상태로 “B”공장으로 반출되어 “B”공장에서 다른 원재료와 혼합ㆍ가공되어 과세재화인 프리믹스(원당비율 5％)가 만들어짐.

- “B”공장에서 생산된 프리믹스는 판매장(“C”)로 반출되어 소비자 등에게 판매됨.

(질의내용)

o “A”공장의 의제매입세액공제 한도액을 계산함에 있어 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준의 산정방법

【회신】

「부가가치세법」 제51조 제1항에 따른 주사업장 총괄납부사업자가 “A” 공장에서 면세농산물등을 구입하여 생산한 과세재화의 일부를 직매장에 반출하여 판매하고 잔여 재화는 “B”공장으로 반출되어 추가가공을 거쳐 직매장에 반출되어 해당 과세재화가 판매되는 경우 같은 법 시행령 제84조 제1항에 따른 의제매입세액공제 한도액을 계산함에 있어 “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”에는 해당 과세기간에 “A”공장에서 직매장으로 반출되어 판매된 과세표준액과 “B”공장으로 반출되어 가공 후 판매장에서 판매된 과세표준의 합계액으로 하는 것임.

또한 2개 이상의 사업장이 있는 사업자의 의제매입세액공제는 의제매입세액공제대상 원재료를 공급받는 해당 사업장에서 하여야 하는 것이나, 의제매입세액공제대상 원재료를 공급받는 사업장과 과세되는 재화의 최종제품이 완성되는 장소가 따로 있는 경우에는 최종제품이 완성되는 사업장에서도 공제할 수 있는 것임.

【관련법령】

o 부가가치세법 제42조 【면세농산물등의제매입세액 공제특례】

① 사업자가 제26조 제1항 제1호 또는 제27조 제1호에 따라 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물등”이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(제28조에 따라 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외한다)에는 면세농산물등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항은 사업자가 제48조 및 제49조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 적용한다.

o 부가가치세법 시행령 제84조 【의제매입세액 계산】

① 법 제42조 제1항에 따라 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물(제34조 제1항에 따른 1차 가공을 거친 것, 같은 조 제2항 각 호의 것 및 소금을 포함하며, 이하 “면세농산물등”이라 한다)의 가액에 다음 표의 구분에 따른 율(이하 이 항에서 “공제율”이라 한다)을 곱한 금액으로 한다. 다만, 해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준(이하 이 항에서 “과세표준”이라 한다)에 100분의 30(개인사업자에 대해서는 과세표준이 2억원 이하인 경우에는 100분의 50, 과세표준이 2억원 초과인 경우에는 100분의 40)을 곱하여 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 한도로 한다.

② 제1항에 따라 매입세액으로서 공제한 면세농산물등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업, 그 밖의 목적에 사용하거나 소비할 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다.

③ 법 제42조 제1항에 따라 매입세액을 공제받으려는 사업자는 기획재정부령으로 정하는 의제매입세액 공제신고서와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류를 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 다만, 제조업을 경영하는 사업자가 농어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만 제출한다.

1. 「소득세법」 제163조 또는 「법인세법」 제121조에 따른 매입처별 계산서합계표

2. 기획재정부령으로 정하는 신용카드매출전표등 수령명세서

④ 제3항 단서에 따른 농어민은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 농업 중 작물 재배업, 축산업, 작물재배 및 축산 복합농업에 종사하거나 어업 및 소금 채취업에 종사하는 개인을 말한다.

⑤ 제3항에 따른 매입세액의 공제에 관하여는 제74조와 제75조를 준용한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 의제매입세액의 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.