과거에는 고인돌의 형태를 보고 분포하는 지역을 구분하여 북방식, 남방식으로 분류하기도 하였으나 오늘날에는 고인돌을 조성 형태에 따라 구분하여 탁자식, 기반식(바둑판식), 개석식(무지석식), 위석식 등 네 가지로 분류하기도 한다. 또한 하부 무덤방의 구조에 따라 지상형과 지하형으로 부르기도 하고, 기반식은 받침돌의 유무에 따라 지석식과 무지석식으로 분류하는 등 학자마다 다르게 부르고 있다.
탁자식, 기반식(바둑판식), 개석식(무지석식), 위석식 등 네 가지로 분류하여 특징적인 요소를 간략하게 소개한다.
1) 탁자식 고인돌
탁자식 고인돌은 4개의 돌판을 땅 위에 세워 네모꼴의 무덤방을 만든 다음에 그 방에 시신을 안치하고 넓은 돌로 덮개석을 올려놓은 고인돌이다. 생긴 형태가 꼭 탁자처럼 생겼다고 해서 탁자식이라고 부른다. 이 탁자식 고인돌은 특히 강화도를 기준으로 북쪽에 많이 나타나 북방식 고인돌이라고도 부른다. 보령 죽청리 고인돌군에도 탁자식 고인돌이 있다.
2) 기반식(바둑판식) 고인돌
탁자식과 다르게 땅 위에 시신을 안치하는 공간을 만든 것이 아니라 땅을 파고 돌로 무덤방을 만든 다음에 시신을 묻고 그 위에 작은 돌로 고인 다음에 덮개석을 올려 놓았다. 생긴 모양이 마치 바둑판처럼 생겼다고 해서 바둑판식이라고 부른다.
3) 개석식 고인돌
바둑판식과 같이 땅을 파고 돌로 무덤방을 만든 다음에 시신을 묻는 것은 같은데 돌을 고여서 위에 덮개석을 놀려 놓은 것이 아니라 돌을 고이지 않고 바로 덮개석을 올려놓은 고인돌이다.
4) 위석식 고인돌
우리나라 제주도에만 있어 제주식이라고 부르는 위석식 고인돌은 무덤방이 지상에 노출되어 있는데, 여러개의 판석이 덮개돌 가장자리를 따라 돌려 세워진 형태이다. 지상에 드러난 판석의 수가 6개 이상으로 덮개돌의 평면 형태와 유사하게 무덤방 형태를 하고 있어 대개 타원형이나 방형에 가까운 무덤방 형태가 특징적이다.