1주택으로 간주되는 입주권의 양도시 장기보유특별공제는 종전주택의 취득일부터 입주권의 양도일까지의 기간에 대해서 적용해야 합니다.
사건의 개요
청구인 A는 1996년 5월 13일에 1주택을 취득하여 보유하던 중 2004년 재건축 승인을 받은 조합에 A가 거주하던 주택을 조합에 출자하고 조합원 지위를 받았습니다.
청구인 A는 조합원의 지위로 60평형의 주택을 분양 받을 수 있는 입주권을 취득하고 그 입주권을 2006년 5월19일에 18억 5천 여 만원에 양도했습니다.
청구인 A는 입주권을 양도하면서 그 입주권을 1세대 1주택에 해당하는 것으로 보아 양도가액 중 6억 초과분에 대해서 양도소득세를 신고했습니다.
양도소득세 신고시 청구인 A는 입주권이므로 장기보유특별공제를 종전주택의 취득일로부터 사업계획 승인 일까지에 대해서만 적용하여 양도소득세 3억여 원을 2006년 7월에 납부했습니다.
그러나 청구인 A는 입주권은 주택으로 간주되므로 장기보유특별공제가 종전주택의 양도차익에서 뿐만 아니라 사업계획 승인일 이후인 입주권의 양도차익에 대해서도 추가공제가 가능한 것으로 하여 양도소득세의 8천여만원 환급을 구하는 경정청구를 제기했습니다.
이에 관할세무서는 장기보유특별공제가 부동산에 대해서만 적용하는 것이므로 입주권은 장기보유특별공제가 적용될 수 없다며, 이를 경정청구를 거부했고 청구인 A는 이에 심판청구를 제기했습니다.
법령해설 / 장기보유특별공제와 입주권의 양도
장기보유특별공제란 부동산의 장기보유시 물가상승 등을 반영하도록 양도차익에서 공제하는 것을 말합니다.
장기보유특별공제는 3년이상 보유시 보유기간에 따라 양도차익의 10% ~45% 까지 공제하도록 하고 있습니다. 장기보유특별공제의 적용대상은 토지 및 건물에 해당하며 양도소득세가 과세되는 분양권 , 주식 등에는 반영하지 않습니다.
그리고 입주권은 “부동산을 취득할수 있는 권리”에 하나로 토지, 건물과 더불어 양도소득세의 과세대상에 포함되고 있습니다.
그러나 1주택을 보유한 1세대가 재건축 조합에 출자하여 취득한 입주권에 대해서는 양도일 현재 다른 주택이 없거나 1주택을 취득후 1년이내 입주권을 양도하는 경우에는 그 입주권을 “주택”으로 보도록 하고 있으며 1세대 1주택으로 보아 입주권 양도차익에 대해서 비과세하도록 하고 있습니다.
국세심판원의 결정
국세심판원은 입주권도 일정한 요건을 충족한 경우에는 주택으로 간주되며 그 입주권이 6억이 초과되면 6억 초과분에 대해서만 양도소득세를 과세하도록 하고 있으므로 장기보유특별공제에 대해서도 종전주택에 대한 보유기간뿐만 아니라 입주권 상태의 보유기간까지 통산하여 장기보유 기간을 적용하는 것이 과세형평상 타당하다고 판단하였습니다. 따라서 과세관청의 경정청구 거부처분을 취소하라는 결정을 내렸습니다.