축산분뇨 처리시에 발생하는 악취는 상수도원을 위협할 뿐만 아니라, 이로 인한 주위 환경에 많은 불쾌감을 준다. 이렇게 오폐수 및 생활 폐기물에서 발생하는 악취는 생활환경을 열악하게 하며, 축산 농가의 악취는 축산 발전을 막고 있는 현실이고, 농산물 증대를 위해 사용하는 농약은 우리들의 건전한 식생활을 위협하고 있어서 반드시 개선해야 할 분야이다. 즉, 악취를 제거하기 위해 사용하는 화학적인 살균제는 악취원을 죽이므로 일시적으로 악취 제거의 효과는 있으나 오폐수 처리에 유용한 미생물까지 제거하므로 후공정인 정화 처리에 막대한 지장을 초래한다. 또한 농작물에 뿌린 살균제 등은 단기간의 효과는 있으나 장기간 사용하게 되면 토지에 축적되어 인간 식생활에 위험한 요소가 되므로 이러한 화학적 살균제 및 항균제로부터 환경 친화적인 미생물 제품의 대체 재료개발이 시급한 실정이다. 또한 항생제의 사용이 가축의 질병 치료는 물론 사료 이용률 재고라는 측면에서 지대한 공헌은 한 것은 사실이나, 이러한 항생제가 우유, 계란, 육류 등 축산물에 잔류하여 인체내 항생제 내성이라는 커다란 문제점을 야기 시켰고, 최근에는 어떠한 항생제에도 내성을 갖는 슈퍼 박테리아가 출현하기에 이르렀다. 유럽의 일부 국가에서는 축산에 이용되는 항생제에 대한 규제를 강화하기 시작하였으며,
일부 항생제 품목을 사료에 첨가하지 못하도록 강력한 제제를 가하고 있는 실정이다.
따라서, 이러한 항생제의 대체제 개발이 필요하게 되었고,
현재 가장 많은 연구가 진행 중인 것이 미생물을 이용한 생균제이다. 생균제란 장내 미생물 균형에 도움을 주는 미생물이나 물질 또는
가축의 장내 미생물 균총의 균형을 개선시키는 효과를 갖는 것으로 정의되고 있다.
생균제는 동물의 장내에 서식하면서 유해 세균을 억제하고
설사를 예방하므로 가축 사료의 이용률을 향상 시키고
가축의 면역력을 어느 정도 증강 시키는 효과가 있다. 현재 국내 항균제 시장을 보면,
수입 제품을 비롯하여 여러 중소기업에서 다양한 생균제가 생산ㆍ판매되고 있지만,
이들 제품이 가지고 있는 가장 근본적인 문제점은 유용 효소를 제대로 분비하지 못하고,
항균 활성이 약하다는 점이다. 더욱 중요한 것은, 이들의 내산성이 약하여 동물의 장내에서 생존하지 못하므로,
분뇨에 살아 남아 분뇨의 악취를 제거하지 못한다는 점이다. 가축은 인간에게 있어 중요한 식품 공급원이며,
농촌 경제 창출의 원천으로 큰 부분을 차지하고 있다.
현재 축산산업은 관련 과학의 발전에 힘입어 대량 생산,
즉 공장형 가축 사육이 가능해지면서 많은 문제점을 야기하고 있다.
집단 사육으로 인한 가축의 집단 질병 발생을 막기 위해
현재 각종 살균 및 살충제를 무차별 살포하고 다량의 항생제를 과다 투여하고 있어,
이에 따른 토양과 하천 오염이 증가 되면서 환경 문제로 대두되어 왔으며,
이러한 살균, 살충 및 항생제의 과다한 사용은 환경 파괴는 물론
가축의 집단 질병 발생으로 인한 폐사율 증가로 이어져 오히려 더 많은 문제점을 야기하고 있다.
또한, 축산악취에 기인한 가축의 호흡기 질환 발병으로 가축의 생산성 격감,
사료효율 저하는 물론 대기 오염 증가로 이어지고 있다.
이런 실정임에도 불구하고 축산 농가에서는 가축의 집단화에 따른
열악한 환경 문제로 인해 발생되는 질병들을 화학제 소독과 항생제로만 해결하려고 하고 있다. 현재, 가장 많은 빈도로 사용되고 있는 화학제 소독은 유익 미생물까지 사멸하여 일시적인 효과 외에는 질병 예방과 악취 해결이 원천적으로 불가능한데, 그 예로 양돈농장의 경우 지속적인 화학 소독에도 불구하고 악취는 물론 호흡기 질환과 피부 질환이 감소되지 않고 오히려 증가하고 있다. 토양 중에는 곰팡이, 박테리아(Bacteria), 방선균, 사상균,
조류 외에 바이러스 등 1천 여 종의 미생물이 공생하고 있으며,
이중 약 900여종이 유익한 미생물이고 100여종이 유해 미생물로 분류되고 있으나,
화학 소독은 유익한 미생물까지 모조리 박멸하여 유익한 미생물과 공존하면서 분해해야 할 것을 분해하지 못하고 유해균이 득세한 결과로, 오히려 살균 소독을 정기적으로 하는
축산 농가에서 호흡기 질환의 설사와 피부병이 증가하며
폐사율이 높다는 사실이 이를 뒷받침하고 있다.
또한 한번 병이 오기 시작하면 하루 2~3회 소독을 하고 아무리 약을 써도 효과가 없어 축산에 한계를 느끼는 축산 농가가 많다. 화학 소독의 문제 해결로 자연 순환 원리에 의한 미생물을 이용한 생물학적 방제 및 소독, 즉
병이 오기 전에 미리 예방하는 것이 최상의 방법이지만,
지금까지의 축산 기술은 극소수를 제외한 대부분이 질병이 오기 전에
화학 소독을 하는데 그치는 수준에 불과하다. 이는 기존 미생물 제제는 배양 조건, 오염 정도,
생존율 및 온도 등에 따라 효과의 재현성 등 그 효과가 불확실하며,
사용에 어려운 많은 문제점을 아직까지 해결하지 못해,
축산 농가에서 생물학적 소독을 기피하고 대안 부재로 부득이 화학 제제를 선호하게 되었기 때문이다. 축산에 있어서의 환경 문제는 대량 밀집 사육 방식이 진행됨에 따라 점점 심각한 문제로 대두되고 있다. 축산 악취 문제를 개선함에 있어서 미생물 제제의 응용은 항생제 대체 물질 개발과 분뇨 처리에 있어서의 생물학적 처리를 통한 악취 문제 해결의 응용으로 크게 구분되고 있으며, 향후 축산 환경 문제를 해결함에 있어서 미생물의 응용 분야는 더욱 확대될 것으로 기대되고 있지만 , 너무 많은 제약 조건들과 변수로 인해 근본적인 문제 해결은 어렵고 효능이 제한적이기에 보다 나은 biotechnology 들과의 융합이 절실하다.