양도세 장기보유특별공제 해설

[이상근]

(1) 의 의

장기보유특별공제제도는 장기간에 걸쳐 형성된 양도소득을 단일 누진세율체계로 과세함에 있어서 장ㆍ단기 보유에 따른 세부담의 균형을 유지할 필요가 있기 때문에, 또한 장기보유를 유도하여 부동산투기억제효과를 거두기 위한 목적으로 채택한 제도이다.

 

(2) 공제대상자산

장기보유특별공제의 적용대상이 되는 자산은 보유기간이 3년 이상인 토지 및 건물에 한한다.

다만, 미등기양도자산 및 양도소득세 중과세율이 적용되는 주택 등 다음의 해당하는 자산은 그 보유기간 등에 관계없이 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.

 

① 미등기양도자산

 

미등기양도자산이라 함은 토지ㆍ건물ㆍ부동산에 관한 권리를 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 자산을 말한다.

다만, 소득세법시행령 제168조 제1항에서 열거하고 있는 자산은 미등기양도자산으로 보지 아니한다.

 

한편, 국외에 소재하고 있는 토지ㆍ건물을 3년 이상 보유하고 양도하는 경우에는 그 등기여부에 관계없이 장기보유특별공제가 적용된다〈서면4팀-169, 2005. 1. 24.〉.

 

② 60％의 양도소득세율이 적용되는 1세대 3주택 이상자의 양도주택

 

1세대 3주택 이상자가 양도하는 주택(부수토지 포함, 이하 같음)으로서 60％의 세율이 적용되는 주택은 2004년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.

 

③ 60％의 양도소득세율이 적용되는 조합원입주권 수를 포함한 1세대 3주택 이상자의 양도주택

 

조합원입주권 수를 주택 수에 포함한 1세대 3주택 이상자의 양도주택으로서 60％의 세율이 적용되는 주택은 2006년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.

 

④ 50％의 양도소득세율이 적용되는 1세대 2주택자의 양도주택

 

1세대 2주택자가 양도하는 주택으로서 50％의 세율이 적용되는 주택은 2007년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.

 

⑤ 50％의 양도소득세율이 적용되는 1세대 1주택과 1조합원입주권 보유자의 양도주택

 

1세대 1주택과 1조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 자가 양도하는 주택으로서 50％의 세율이 적용되는 주택은 2007년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.

 

⑥ 60％의 양도소득세율이 적용되는 비사업용 토지

 

소득세법 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지로서 60％의 세율이 적용되는 토지는 2007년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.

 

⑦ 60％의 양도소득세율이 적용되는 비사업용 토지 과다보유 법인의 주식

 

소득세법시행령 제158조 제1항 제1호 또는 제5호의 규정에 의한 기타자산에 해당하는 주식으로서 당해 주식발행법인의 자산총액 중 소득세법 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지가액의 비율이 50％ 이상인 비사업용 토지 과다보유 법인의 주식은 60％의 세율이 적용되는 바, 이와 같이 60％의 세율이 적용되는 비사업용 토지 과다보유법인의 주식은 2007년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.

(3) 공제금액

① 장기보유특별공제액의 계산

 

장기보유특별공제액은 다음과 같이 자산의 보유기간에 따라 그 양도차익의 범위 내에서 일정금액을 공제하는 것을 말한다.

양도시기 보유기간	장기보유특별공제액
	1996.1.1.이후 양도	2003.1.1.이후 양도	2006.1.1.이후 양도
3년 이상 5년 미만	양도차익의 10％	양도차익의 10％	양도차익의 10％
5년 이상 10년 미만	양도차익의 15％	양도차익의 15％ (기준면적 미만 고가주택: 25％)	양도차익의 15％
10년 이상	양도차익의 30％	양도차익의 30％ (기준면적 미만 고가주택: 25％)	양도차익의 30％ (15％ 이상 1세대 1주택: 45％)

 

② 45％의 장기보유특별공제율 적용대상인 15년 이상 보유 1세대 1주택

 

주택 보유기간이 15년 이상인 경우로서 장기보유특별공제율 45％가 적용되는 1세대 1주택이란 1세대가 주택 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다.

여기에는 1세대 1주택의 특례 규정(소득세법시행령 제155조), 장기저당담보주택에 대한 1세대 1주택 특례 규정(소득세법시행령 제155조의 2), 주택과 조합원입주권을 소유한 경우의 1세대 1주택 특례 규정(소득세법시행령 제156조의 2) 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대가 1주택을 보유한 것으로 보는 주택을 포함한다(소득세법시행령 제159조의2).

 

동 규정은 2005년 12월 31일 소득세법시행령 개정시 1세대 1주택에 해당함에도 비과세 요건을 충족하지 못함에 따라 과세되는 주택 또는 1세대 1주택의 비과세 요건을 충족하는 고가주택으로서 과세되는 부분에 대하여 그 장기보유로 인한 세부담의 증가를 완화하기 위해 신설된 규정으로, 동 신설규정은 2006년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용한다.

(4) 보유기간의 계산

① 일반적인 경우

 

장기보유특별공제액을 계산하기 위한 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 한편, 장기보유특별공제율 또는 세율 적용을 위한 보유기간은 민법 제157조에 의한 초일불산입 규정에 불구하고 그 기간의 초일인 취득일을 산입하여 계산한다〈재산 46014-205, 2002. 12. 18.〉.

 

② 상속자산

 

상속받은 자산의 세율 적용을 위한 보유기간은 피상속인과 상속인의 보유기간을 통산하는 것이나, 장기보유특별공제의 적용을 위한 보유기간은 피상속인의 보유기간을 제외하고 상속개시일부터 양도일까지로 계산한다〈서면4팀-1045, 2005. 6. 24.〉.

 

③ 증여받은 자산

 

증여받은 자산의 장기보유특별공제 및 세율 적용을 위한 보유기간은 증여등기접수일부터 양도일까지로 계산하는 것이나〈재일 46014-1192, 1997. 5. 15.〉, 소득세법 제97조 제4항의 규정에 의해 양도일로부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자로부터 증여받은 자산의 경우에는 그 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 보유기간을 기산한다.

 

④ 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권

 

조합원입주권을 1개 소유한 1세대가 양도하는 조합원입주권으로서 소득세법시행령 제155조 제17항에서 규정하고 있는 일정 요건을 충족하는 조합원입주권은 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 주택으로 간주하여 1세대 1주택의 비과세 특례 규정을 적용한다.

 

이와 같이 조합원입주권이 1세대 1주택으로 의제되는 경우로서 고가주택에 해당하여 양도소득세 과세되는 경우, 장기보유특별공제 적용을 위한 보유기간은 재개발ㆍ재건축대상 주택의 당초 취득일부터 조합원입주권의 양도일까지로 계산한다〈국심 2005중1231, 2006. 1. 20.〉.