(1) 의 의장기보유특별공제제도는 장기간에 걸쳐 형성된 양도소득을 단일 누진세율체계로 과세함에 있어서 장ㆍ단기 보유에 따른 세부담의 균형을 유지할 필요가 있기 때문에, 또한 장기보유를 유도하여 부동산투기억제효과를 거두기 위한 목적으로 채택한 제도이다.
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(2) 공제대상자산장기보유특별공제의 적용대상이 되는 자산은 보유기간이 3년 이상인 토지 및 건물에 한한다.
다만, 미등기양도자산 및 양도소득세 중과세율이 적용되는 주택 등 다음의 해당하는 자산은 그 보유기간 등에 관계없이 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.
① 미등기양도자산
미등기양도자산이라 함은 토지ㆍ건물ㆍ부동산에 관한 권리를 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 자산을 말한다.
다만, 소득세법시행령 제168조 제1항에서 열거하고 있는 자산은 미등기양도자산으로 보지 아니한다.
한편, 국외에 소재하고 있는 토지ㆍ건물을 3년 이상 보유하고 양도하는 경우에는 그 등기여부에 관계없이 장기보유특별공제가 적용된다〈서면4팀-169, 2005. 1. 24.〉.
② 60%의 양도소득세율이 적용되는 1세대 3주택 이상자의 양도주택
1세대 3주택 이상자가 양도하는 주택(부수토지 포함, 이하 같음)으로서 60%의 세율이 적용되는 주택은 2004년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.
③ 60%의 양도소득세율이 적용되는 조합원입주권 수를 포함한 1세대 3주택 이상자의 양도주택
조합원입주권 수를 주택 수에 포함한 1세대 3주택 이상자의 양도주택으로서 60%의 세율이 적용되는 주택은 2006년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.
④ 50%의 양도소득세율이 적용되는 1세대 2주택자의 양도주택
1세대 2주택자가 양도하는 주택으로서 50%의 세율이 적용되는 주택은 2007년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.
⑤ 50%의 양도소득세율이 적용되는 1세대 1주택과 1조합원입주권 보유자의 양도주택
1세대 1주택과 1조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 자가 양도하는 주택으로서 50%의 세율이 적용되는 주택은 2007년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.
⑥ 60%의 양도소득세율이 적용되는 비사업용 토지
소득세법 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지로서 60%의 세율이 적용되는 토지는 2007년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.
⑦ 60%의 양도소득세율이 적용되는 비사업용 토지 과다보유 법인의 주식
소득세법시행령 제158조 제1항 제1호 또는 제5호의 규정에 의한 기타자산에 해당하는 주식으로서 당해 주식발행법인의 자산총액 중 소득세법 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지가액의 비율이 50% 이상인 비사업용 토지 과다보유 법인의 주식은 60%의 세율이 적용되는 바, 이와 같이 60%의 세율이 적용되는 비사업용 토지 과다보유법인의 주식은 2007년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 장기보유특별공제의 적용대상에서 제외한다.
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(3) 공제금액① 장기보유특별공제액의 계산
장기보유특별공제액은 다음과 같이 자산의 보유기간에 따라 그 양도차익의 범위 내에서 일정금액을 공제하는 것을 말한다.
② 45%의 장기보유특별공제율 적용대상인 15년 이상 보유 1세대 1주택
주택 보유기간이 15년 이상인 경우로서 장기보유특별공제율 45%가 적용되는 1세대 1주택이란 1세대가 주택 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다.
여기에는 1세대 1주택의 특례 규정(소득세법시행령 제155조), 장기저당담보주택에 대한 1세대 1주택 특례 규정(소득세법시행령 제155조의 2), 주택과 조합원입주권을 소유한 경우의 1세대 1주택 특례 규정(소득세법시행령 제156조의 2) 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대가 1주택을 보유한 것으로 보는 주택을 포함한다(소득세법시행령 제159조의2).
동 규정은 2005년 12월 31일 소득세법시행령 개정시 1세대 1주택에 해당함에도 비과세 요건을 충족하지 못함에 따라 과세되는 주택 또는 1세대 1주택의 비과세 요건을 충족하는 고가주택으로서 과세되는 부분에 대하여 그 장기보유로 인한 세부담의 증가를 완화하기 위해 신설된 규정으로, 동 신설규정은 2006년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용한다. |