구분 : 전,후기리그로 나누어 진행 - 2006년부터 신생 2개 팀이 K2리그에 합류, 전.후기 정규리그 총 132경기(팀당 22경기)가 4월8일부터 '홈 앤드 어웨이' 방식진행.
- 팀수 : 12개 팀으로 2005년보다 1개팀 증가.2005 시즌에 참가한 이천 상무가 프로 2군으로 옮기고, 새로창단한 부산교통공사와 여수 아이엔지넥스 등 2개 팀이 K2리그에 참가할 예정.
전기리그는 4월 8일부터 7월 8일까지 3개월간 후기리그는 9월 2일부터 11월 18일까지.
9월 12일(화)과 10월 3일(화)을 제외한 모든 경기는 토요일에 열리며, 경기시각은 오후 3시로 결정됐다. 단 혹서기에는 오후 7시에 열릴 예정.
챔피언결정전 지난 시즌과 마찬가지로 전후기리그 우승팀간에 홈 & 어웨이 방식.
2006년도에 달라지는점 1.경기출전명단은 기존의 18명에서 20명으로 확대 2.출전선수 인원도 두 명이 증가한 20명으로 정해 졌으며 교체 가능한 선수도 3명에서 4명으로 한 명 늘었다. 3. 2회 경고 시 다음 1경기 출장 정지였으나 2006시즌부터는 처음에는 3회 경고 시 1경기 출장 못하게 되며, 이후부터 경고 2회마다 1경기 출장 정지.
4.금요일 야간에 열렸던 경기 일정을 바꿔 주말 낮에 경기를 치른다, 이에 따라 모든 경기를 토요일 오후 3시에 개최하는 것을 원칙으로 하되 혹서기 는 예외로 야간 경기를 치른다.