제주해군기지 건설에 따른 사전환경성검토나 환경영향평가의 경우 기지 건설로 인해 사라지는 해안경관과 연산호 군락지 등 해안생태계 전체에 대하여 종합적이고 심도 있는 고찰을 하기는커녕 오히려 사업에 면죄부를 주는 형식으로 이루어졌다. 그 한 가지 예를 들면 제주지역 환경단체와 강정주민들에 의해 멸종위기 야생동물인 붉은발 말똥게, 맹꽁이, 제주새뱅이 등이 연달아 발견되었음에도 전문가 조사를 동반한 환경영향평가 시에는 단 한 종의 멸종위기 야생 동ㆍ식물이 발견되지 않았다. 해군기지 사업부지 내에 서식하는 멸종위기 야생 동ㆍ식물들이 전문가 조사 때는 꽁꽁 숨어 있다가 강정주민 등 비전문가 조사 때는 활발하게 활동을 개시했기 때문에 그런 것인가? 이 점만 보더라도 환경영향평가가 얼마나 형식적으로 부실하게 이루어졌는지 잘 알 수 있다. 물론 구럼비 바위에 대하여도 형식적인 조사에 그쳤고 원형보전의 가치도 무시했다.
문화재 발굴 조사 과정 역시 불법ㆍ탈법 투성이다. 문화재 발굴조사는 제주문화유산연구원이 시행하고 있는데 문제는 제주문화유산연구원의 이사 2명이 문화재 발굴조사의 제척사유에 해당하는 문화재청 문화재위원과 문화재 감정평가위원이라는 점이다. 따라서 제주문화유산연구원은 문화재 발굴 자격조건을 갖추지 못했다. 그러나 해군은 이를 무시하고 제주문화유산연구원으로 하여금 발굴조사를 시행하도록 하고 있다. 또한 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률에 근거도 없는 부분공사 승인을 편법적으로 5차례나 얻어 공사를 강행하고 있다. 지난 8월 29일에는 청동기 시대 유적 등 문화재가 발견되었음에도 문화재청은 그 후인 9월 5일에 부분공사 승인을 또 다시 해줬다. 야5당이 문화재청은 국방부 산하 문화재파괴지원국이라고 조롱할만하다.
특히 해군은 2011년 9월 2일 새벽, 문화재청의 지시를 묵살하고 문화재 발굴조사 직원의 입회도 없이 문화재 발굴 트렌치(시굴조사를 위한 구덩이) 위로 펜스를 치고 컨테이너를 올려놓는 공사를 강행하는 불법을 저지르기까지 했다. 경찰은 그 과정에서 해군의 불법공사에 저항하는 강정주민들과 활동가들 35명을 체포ㆍ연행하는 만행을 저질렀다. 물론 문화재청은 이에 대하여 아무런 조치도 취하지 못하고 있다.