위헌심판 청구인은 병역법 중 징집대상자가 성인 남성만 해당한다는 조항에 대하여 성차별을 발생시키기에 위헌확인을 구하였다. 이에 대해 재판소는 해당 법률이 특별히 차별을 유발하는 내용으로 보기 어렵다고 밝히며, 다음과 같은 근거를 들었다. '남성의 신체적 능력이 여성보다 병역에 적합하며 생물학적 특성상 남성이 병역을 수행하기에 부담이 덜하다 (여성의 경우 월경이나 임신 등으로 부담이 있다), 따라서 남성만을 병역의무 대상자로 정한 것은 차별취급이라 보기 어렵다'. 덧붙여 재판관들은 '병역의무를 부담하지 아니하는 국민은 다른 형태로 이를 수행하도록 개선 할 필요가 있다'라며 해당 의제에 개선에 대한 개선의 의견을 남기기도 하였다. 이와는 반대로 위헌이라는 의견을 가진 재판관은 다음과 같은 의견을 남겼다. '남성과 여성의 신체적 조건과 관계없이 남성에게만 부과하는 의무가 존재하고 해당 차별을 완화할 제도적 장치가 부재하므로 위헌이다'.
앞선 재판관들의 상이한 판단에도 불구하고 공통적으로 재판관들은 남성과 여성의 병역 수행의 의무 차이에 대해서 신체적 능력의 차이와 생물학적 차이를 근거로 두고 있다. 헌법에서는 남성과 여성 간 발생하는 차이를 금지 하고 있지만, 앞서 신체적 차이로 인해 발생하는 것은 차별은 금지대상이 아니라고 입장을 밝혔다. 병역법에 의하면 병역 대상자는 현역, 예비역, 보충역과 제1 & 제2 국민역으로 이루어져 있는데, 현역과 예비역을 수행하기 어렵다고 판단되어 다른 형태로 병역의무(보충역과 제2 국민역)를 수행하는데 이 또한 남성에게만 적용된다는 것을 보았을때 앞서 언급한 남성과 여성의 차이로 인해서 여성을 의무자 범위에서 배제하였다. 따라서 현역 군 복무 뿐만 아니라 보충과 기타 병역에서도 여성을 대상으로 인정하지 않고 있다. 헌법재판소는 현역 의무를 수행하지 않고 보충역과 제2 국민역을 수행한다고 해서 병력자원으로서의 일정한 신체 능력과 조건이 요구되지 않는 것이 아니기에 여성도 수행해야 한다는 주장에는 이유가 없다고 하였다.
개인적으로 해당 판례를 보았을 때 남성과 여성 모두 국방의 의무를 이행하고 있고 여성의 신체적 이유로 병역의무를 배제하는 것은 위헌이 아니라고 명시한 것에 대하여, 여성이 신체적 이유로 병역의무를 수행하지 못 한다면 다른 형태로 '병역의무'를 남성과 같이 수행하는 것이 헌법에서 명시하는 차별금지에 적합한 것이라고 생각한다. 또한 여성이 이행하고 있는 '비상대비자원관리법에 따른 중점관리대상 업체 종사'가 신체적 차이를 근거로 들어 남성이 이행하는 의무와 동등하게 규정하는 것이 옳은 것인지에 의문이 든다.