유지보수용역 등에 대하여 가맹점에게 세금계산서를 미교부한 것으로 보아 과세한 처분의 당부 등

[박정규 세무사]

유지보수용역 등에 대하여 가맹점에게 세금계산서를 미교부한 것으로 보아 과세한 처분의 당부 등

청구법인이 가맹점주에게 최저이익을 보장하고 있어 손익과 비용을 공동으로 부담하는 것으로 보기 어려운 점, 청구법인이 쟁점점포유지보수비 등을 가맹점주에게 부담시켰고 가맹점주가 쟁점유지보수용역의 최종소비자로 보이는 점 등에 비추어 쟁점유지보수금액 등을 세금계산서 교부대상으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없음

【문서번호】조심2014부2181, 2014.09.19

【주문】

OOO세무서장이 2013.7.22. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 OOO원 및 2011사업연도 법인세 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO되어 OOO이라는 상호의 프랜차이즈 가맹점 유통업을 영위하는 사업자로서, 가맹점주가 점포(사업장)를 소유하거나 임차하여 운영하면서 청구법인이 장비, 집기, 내ㆍ외장설비를 무상대여하는 형식으로 운영되는 완전가맹점(이하 “A타입가맹점”이라 한다)과 청구법인이 점포(사업장)를 소유하거나 임차하여 가맹점주에게 위탁하면서 청구법인이 장비, 집기, 내ㆍ외장설비를 무상대여하는 형식으로 운영되는 위탁가맹점(이하 “B타입가맹점”이라 한다) 형태로 나누어 가맹점주를 모집하고 있으며, A타입가맹점로부터 받는 판매수수료와 B타입가맹점주로부터 받는 가맹점의 매출액 등을 부가가치세 과세표준 및 법인세 수입금액으로 신고하였다.

나. 2013년 9월 OOO지방국세청장(이하 “조사관청”이라 한다)은 청구법인에 대하여 법인사업자 조사를 실시하여 처분청에 아래와 같은 과세자료를 통보하였다.

(1) 청구법인이 2008년 제1기∼2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 AㆍB타입가맹점에게 인테리어 시설, 판매장비, 전산장비(이하 “가맹점 점포시설”이라 한다)를 설치하고 가맹점 점포시설 유지보수비 명목으로 가맹점주로부터 지급받을 2008년 제1기 OOO원(A타입가맹점), 2008년 제2기 OOO원(A타입가맹점 OOO원, B타입가맹점 OOO원) 합계 OOO원(이하 “쟁점유지보수금액”라 한다)을 청구법인이 가맹점주에게 지급할 다른 채무와 상계한데 대하여,

청구법인이 가맹점 점포시설을 AㆍB타입가맹점주에게 대여한 후, 동 점포시설에 대한 유지보수용역(이하 “점포시설 유지보수용역”이라 한다)을 가맹점주에게 공급하고 이에 대한 대가를 수령한 것으로 청구법인이 쟁점유지보수금액 상당의 세금계산서를 가맹점주에게 교부하지 아니하였다고 조사하였다.

(2) 청구법인이 2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 B타입가맹점의 임차료 인상분을 임대인에게 지급하고 이중 청구법인과 가맹점간에 맺은 이익배분비율 중 B타입가맹점주가 배분받기로 한 비율 상당액에 해당하는 OOO원(이하 “쟁점임차료 인상금액”이라 한다)을 B타입가맹점주에게 부담시킨데 대하여(당초 임차료는 청구법인이 전부 부담하고 B타입가맹점주에게는 부담시키지 아니함),

청구법인이 임대인과 B타입가맹점에 대한 임대차계약을 한 후, 청구법인과 B타입가맹점주간에 실질적으로 전대차계약에 의해 쟁점임차료 인상금액 상당의 임대(전대)용역을 제공한 것으로 보아, 청구법인이 쟁점임차료 인상금액 상당의 세금계산서를 가맹점주에게 교부하지 아니하였다고 조사하였다.

(3) 청구법인이 2008년 제1기∼2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 B타입가맹점에서 실지 소비된 전기료 2008년 제1기 OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 합계 OOO원(이하 “쟁점전기료”라 하고, “쟁점유지보수금액” 및 “쟁점임차료 인상금액”과 합쳐 “쟁점유지보수금액 등”이라 한다)를 OOO로부터 청구법인 명의로 세금계산서를 교부받고 이에 대한 부가가치세를 매출세액에서 공제한데 대하여,

쟁점전기료는 실지로 B타입가맹점에서 사용ㆍ소비되었다 하여 청구법인이 B타입가맹점주에게 쟁점전기료 상당액의 세금계산서를 교부하지 아니하였다고 조사하였다.

(4) 청구법인이 2010사업연도∼2011사업연도에 B타입가맹점에 가맹점 점포시설을 설치하고 B타입가맹점의 점포시설 중 판매진열대, 냉장시설 등을 「조세특례제한법 시행규칙」 별표3 제4호(판매용 진열대)에서 규정하는 자산으로 보아 2010사업연도∼2011사업연도 법인세 신고시 임시투자세액 OOO원(2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원)을 세액공제한데 대하여,

청구법인이 가맹점 점포시설을 B타입가맹점주에게 대여한 것으로 그 유지보수비용도 B타입가맹점주가 부담하였으므로 B타입가맹점 점포시설은 청구법인이 사업에 직접 사용한 자산이 아니어서 임시투자세액 공제 대상이 아니라고 조사하였다.

다. 처분청은 이에 따라 청구법인에게 2013.7.22. 2008년 제1기 부가가치세 OOO원(이의신청결과 OOO원은 감액경정되었음), 2014.1.10.∼2014.1.20. 2008년 제2기 부가가치세 OOO원(〈별지1〉 목록과 같음), 2010사업연도 법인세 OOO원 및 2011사업연도 법인세 OOO원을 각각 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 본점 및 지점명의로 2013.10.15. 이의신청(2008년 제1기 부가가치세)을 거쳐 2014.3.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점유지보수금액에 대한 세금계산서 미교부

(가) A타입가맹점의 경우

청구법인과 가맹점주는 OOO을 공동으로 투자하여 운영하고 그 이익을 사전에 정한 약정에 따라 나누어 갖는 사업을 하는 것이므로 OOO에 투자한 청구법인 소유의 시설에 대하여 청구법인이 유지 보수의 필요성을 느껴 용역업체와 계약하고 보수를 지급한 것은 청구법인이 점포시설 유지보수용역을 공급받은 것이지 청구법인이 가맹점주에게 점포시설 유지보수용역을 공급하였다고 볼 수는 없는 것이다.

「부가가치세법」 제16조는 “재화 또는 용역을 공급하는 경우” 세금계산서를 발급하여야 한다고 규정하고 있어 세금계산서의 발급은 재화나 용역의 흐름을 따라 가는 것이지 돈의 흐름을 따라가는 것은 아닌 것으로, 당해 OOO은 청구법인과 가맹점주가 공동으로 투자하여 운영하는 사업이므로 필연적으로 공동비용이 발생하는 것이고 이러한 공동비용은 쌍방 약정에 의하여 분담하는 것이며(「법인세법 시행령」 제48조는 이러한 사업형태를 “비출자공동사업자”라고 정의하고 있음), 청구법인이 AㆍB타입가맹점주와 작성한 프랜차이즈 가맹계약서(이하 “가맹계약서”라 한다)에 의하여 청구법인과 가맹점주가 부담하는 비용 내역은 아래 〈표1〉과 같다.

이러한 비용 분담 내용은 사업을 시작하기 전 가맹계약서에 명시된 내용으로 공동사업을 영위하기 때문에 약정을 하는 것이고, 만약 공동사업이 아니라면 청구법인은 OOO 운영에 관여할 필요도 없고OOO, 상품을 OOO에 공급할 때 이익을 붙여 판매할 것이고, 점포 시설도 청구법인의 자금으로 설치할 이유가 없으며, 이러한 사업형태는 OOO 등 선진국에서 운영하는 OOO 프랜차이즈 사업형태를 그대로 들여와 적용한 것으로 기존의 본사ㆍ대리점 관계 또는 여타의 프랜차이즈 사업형태와는 그 출발 인식부터가 다른 것이다.

“시설장비 유지보수 계약서” 제4조 라호에는 유지보수대상설비를 “갑(청구법인)소유의 시설장비 일체”라고 명시하고 있음에도 불구하고 청구법인이 점포시설 유지보수용역을 가맹점주에게 공급하였다고 본 것은 부당하다.

(나) B타입가맹점의 경우

B타입가맹점의 경우 청구법인이 임차한 사업장이고 상품 매출 또한 청구법인의 매출액이므로 당연히 청구법인이 점포시설 유지보수용역을 공급받은 것으로, 다만 약정에 의하여 점포운영 비용은 가맹점주에게 부담하도록 한 것인데, 이것과 부가가치세법상 세금계산서 발행 대상이 되는 용역의 공급 흐름이 일치하는 것이 아님은 명백하다.

그럼에도 불구하고 조사관청은 사실을 오인하여 청구법인이 점포시설 유지보수용역을 가맹점주에게 공급하고 대가를 받은 것으로 본 것은 부당하다.

(2) 쟁점임차료 인상금액에 대한 세금계산서 미교부(B타입가맹점만 해당)

조사관청은 청구법인이 위탁운영하는 OOO에서 발생한 비용 중 임차료 인상분에 대하여 가맹점주가 부담하였으므로 청구법인이 세금계산서를 발행하여야 한다고 하나,

B타입가맹점 사업장은 청구법인이 건물주와 임대차계약을 하고 가맹점주에게는 판매 및 운영만을 위탁하는 것이므로 청구법인과 가맹점주와는 임대차계약이 존재하지 않아, 청구법인과 가맹점주 사이에 임대차관계가 존재하지 않음에도 불구하고, 약정에 의하여 “점포임차료 인상분”에 해당하는 금액을 가맹점주가 부담한 것을 청구법인이 전대차계약에 의하여 가맹점주에게 임대용역을 제공한 것으로 본 것은 명백히 사실을 오인한 결과이다.

(3) 쟁점전기료에 대한 세금계산서 미교부(B타입가맹점만 해당)

조사관청은 B타입가맹점에서 발생한 전기재화의 소비자를 가맹점주로 보고 청구법인 명의로 발급된 전기료에 대한 세금계산서를 청구법인이 다시 가맹점주에게 발급 교부하여야 한다고 하나,

청구법인은 「부가가치세법」 제16조 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급자가 아니므로 전기요금에 대하여 세금계산서를 발급 교부할 의무가 없고, B타입가맹점은 청구법인 소유의 사업장이고 매출액 및 모든 사업장 내 집기 비품 등이 청구법인의 소유이므로 당연히 B타입가맹점에서 발생하는 전력의 소비자는 청구법인인 것이다.

다만, 계약에 의하여 사업장의 운영을 가맹점주에게 위탁하고 사업장에서 발생하는 운영비용을 가맹점주가 부담하도록 서로 약정한 것인데, 이것으로 사업장의 실질 운영을 가맹점주가 하는 것으로 해석되지는 않는 것이다(점포별로 전담관리인력을 별도로 운영함).

B타입가맹점의 실질 운영권은 투자자인 청구법인에게 있는 것이며 B타입가맹점의 매출액이 청구법인의 매출액인 이상 B타입가맹점에서 전력을 소비한 주체는 청구법인인 것이 당연하다(더구나 발생한 전기요금의 OOO을 가맹점주에게 부담시킨 것인데 전기요금 전액에 대하여 세금계산서를 교부하여야 한다는 논리는 이치에 맞지 않음).

(4) 임시투자세액 불공제(B타입가맹점만 해당)

B타입가맹점은 청구법인이 임대차계약을 하여 운영하는 사업장이므로 B타입가맹점에서 발생하는 매출액은 전액 청구법인의 매출액으로, 아무리 위탁계약에 의하여 운영을 가맹점주에게 맡긴다고 하여도 그 과실은 모두 청구법인의 것이며 투자 위험 또한 모두 청구법인의 몫인 것이다.

이처럼 청구법인 소유 사업장에서 청구법인의 자금으로 투자한 가맹점 점포시설은 대여한 자산이 될 수 없으나, 다만 가맹계약서 상 가맹점주에게 책임의식을 고취시키기 위해서 “대여”라는 표현을 쓴 것 뿐이고, 또한 가맹점 점포시설의 유지보수비를 가맹점주에게 부담시킨 것은 가맹점주가 점포시설의 관리를 소홀히 하지 않도록 관리의무를 부여한 것이다.

이러한 사유로 B타입가맹점에서 발생한 매출액이 전액 청구법인의 매출액인 이상, 청구법인의 사업장에 청구법인 자신의 매출을 위하여 한 가맹점 점포시설의 투자는 당연히 임시투자세액 공제 대상이다.

나. 처분청 의견

(1) 가맹점주로부터 수취한 점포시설 유지보수용역에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 가맹점에 점포시설 유지보수용역을 제공하지 않아 부가가치세를 신고 누락한 사실이 없다고 주장하나, 가맹계약서, 가맹점주에 대한 사실 확인한 내용 등에 의하면 아래 〈표2〉와 같이 청구법인이 가맹점주를 대리하여 유지보수업체를 지정하여 계약을 체결하였고, 유지보수 비용은 가맹점주가 부담한다는 사실이 확인된다.

(나) 청구법인이 직접 점포시설 유지보수용역을 제공하지는 않았으나 가맹계약서의 별첨(4)는 “장비, 집기, 내ㆍ외장시설 등의 대여 등”에 대한 사항을 담고 있는데 청구법인은 점포 시설물에 대하여 가맹점주를 대신하여 제3자를 위탁업체로 지정하여 점포유지보수를 위한 계약을 체결하고 가맹점주는 이에 동의 하도록 하고 있고, 이러한 내용에 따라 청구법인은 전산장비의 경우 OOO과 유지보수 용역계약을 체결하고 가맹점주에게 용역을 제공하였고, OOO은 이중 일부를 (주)OOO에 하청을 준 것이다(기타 점포유지보수에 대하여는 시설별로 업체가 별도 지정되어 있고 다수임).

그리고, 청구법인은 OOO 주식회사 등에 용역 제공에 대한 대가를 지급하고 청구법인은 각 가맹점주들로부터 점포유지보수비 등을 징구하여 월 정산시에 청구하고 있어 최종 부담자는 가맹점주임을 알 수 있다.

(다) 전산장비의 경우 각 가맹점주들에게 전산유지보수 업체를 자유롭게 선택하여 하게 할 경우 OOO 주식회사가 아닌 제3의 업체와 가맹점주들이 계약하여 처리하게 되면 매출원가, 영업비밀 등이 외부로 유출될 것을 우려했기 때문에 OOO 주식회사가 단독으로 모든 가맹점에 전산유지보수 용역을 제공하게 한 것으로 청구법인이 OOO 주식회사 등을 통해 가맹점주에게 전산유지보수 등의 용역을 제공한 것이다.

(라) 또한, 2009년 이후에는 전산시스템을 변경하여 월별 정산서에 세금계산서 수수대상 항목에 *를 표시하고 있고, 정산서를 보면 청구법인 스스로도 가맹점부담비용 항목인 점포유지보수비, 전산유지보수비, 지급임차료 등에 *표시를 하고 세금계산서를 수수함에 있어 지급할 최저보장지원금〔청구법인이 가맹점 확보를 위해 가맹점주가 분배받은 금액이 매월 일정금액OOO에 미달한 경우 일정금액과의 차액만큼을 약정에 따라 청구법인이 가맹점에 보전해 주는 금액〕등과 상계하지 않고 정상적으로 매입세금계산서를 수취 및 매출세금계산서를 발행하여 신고하였음을 확인할 수 있다.

(마) 청구법인이 동일한 거래에 대하여 2008년 이전에는 세금계산서를 미교부하다 2009년 이후에 세금계산서를 교부하였으며, 이는 그 동안 세금계산서를 잘못 수수한 사실을 인지하고 시정한 것으로 스스로의 주장에 모순이 있는 것이고, 따라서 2008년도에 청구법인의 과세표준 항목인 쟁점유지보수금액에 대해 용역의 제공으로 보고 세금계산서를 미교부한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

(바) 위 (라), (마)의 논리는 이하 쟁점②ㆍ③에서도 쟁점항목만 다르고 같은 논리이다.

(2) B타입가맹점주에게 임대료를 전가시키고 세금계산서를 미교부한 것에 대한 부가가치세 과세는 정당하다.

(가) 2008년 제2기 B타입가맹점의 경우 OOO의 정산서와 세금계산서 과소교부 및 미수취 내역 엑셀화일을 보면, 청구법인이 가맹점주에게 세금계산서 교부해야 할 매출항목인 판매소모품비용, 일반소모품비용, 점포유지보수비, 전산유지보수비, 지급임차료, 전기료, 포장비봉투보증금 등과 청구법인이 매입항목으로 세금계산서 수취대상인 판매수수료 등을 상계(공제)하고 난 잔액에 대해서 세금계산서를 수수한 사실이 확인된다.

(나) 전산시스템을 변경한 2009년 이후 정산서에 세금계산서 발급대상에 *표시를 하고 *표시된 항목에는 전산유지보수비, 점포유지보수비, 소모품비, 지급임차료 등이 있다.

청구법인은 2008년 제2기에 가맹점주로부터 청구ㆍ수취할 쟁점임차료 인상금액에 대해 세금계산서 발급(교부)대상이 아니라고 주장하고 있으나, 그렇다면 2009년 이후에는 재화나 용역의 공급 없이 가공의 세금계산서를 교부하고 있다는 논리적 모순에 직면하게 된다.

기본적으로 청구법인이 부담해야 할 임차료를 가맹점주에게 부담시키는 것은 임대차관계에서 전대에 해당하는 것으로 보아야 하고, 설령, 청구법인과 가맹점주가 점포 임대차에 관한 계약서를 체결하지 아니했다하더라도 가맹계약서의 별첨(7)에는 임대료 인상분에 대해 가맹점주의 이익배분(FEE) 비율만큼 부담 하도록 하고 있으므로, 임차료 인상분 등을 가맹점주에 전가시키는 것은 그 실질이 청구법인이 가맹점주들에게 점포를 전대한 것으로 보아야 하고 가맹점주 입장에서 청구법인에 지급한 대금의 성격이 임차료에 해당함으로 쟁점임차료 인상금액에 대하여 세금계산서를 미교부하였다 하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

(3) 쟁점전기료에 대한 세금계산서 미교부금액에 대한 부가가치세 과세는 정당하다.

(가) 2008년 제2기 B타입가맹점의 경우에는 청구법인의 매출항목인 판매소모품비용, 점포유지보수비, 전기료, 지급임차료 등과 청구법인이 가맹점주들로부터 세금계산서 수취항목인 판매수수료 등과 공제(상계)하고 차액에 대해서만 매출세금계산서를 교부하였다.

이를 설명하면, 매출총이익을 배분비율에 따라 배분한 후 가맹점주에 배분된 금액(①)에 청구법인이 가맹점주에 지급해야 할 금액(②)을 더하고 청구법인이 가맹점주들로부터 징수해야 할 매출항목(③)금액을 차감하여 그 잔액(=①+②-③)에 대해서 세금계산서를 교부하여 매출 과세표준 항목인 전기료, 점포유지보수비, 임차료 등에 대한 세금계산서를 미교부하였다.

(나) 청구법인이 장비, 내외장 시설 등을 가맹점주에게 무상임대하여 가맹점주는 그 장비 등을 사용하여 가맹사업장에서 상품을 판매하므로 가맹사업장에서 전기를 사용하는 주체는 가맹점주이지 청구법인이 아니며, 전기를 사용한 자가 가맹점주라는 사실은 아래 〈표3〉과 같이 청구법인과 가맹점주가 맺은 가맹계약서상에도 명확하게 확인된다.

(다) 전기의 계량(검침) 시스템상으로도 전기를 실지로 사용한 자는 가맹점주이므로 따라서 전기료를 부담해야하는 주체도 가맹점주이며, 계약서상 별첨(10) “‘갑’ 및 ‘을’의 비용 부담”에서도 제세공과금의 부담주체가 ‘을’인 가맹점주임을 알 수 있으며, 이는 전기를 실지로 사용하는 자가 가맹점주라는 실질과 계약내용이 일치하는 것임을 확인할 수 있다.

다만, 청구법인은 가맹점주가 일정한 요건을 충족할 경우 조건부로 집기운영장려금을 지급할 수 있는 것이지 반드시 지급해야한다는 강제적 의무규정이 아니므로 가맹점주자 일정 조건을 준수하지 아니하면 지급하지 않을 수 있으며 따라서 청구법인과 가맹점주가 공동으로 전기를 구입하는 것이 아니다.

이미 발생한 전기료가 조건에 따라 공동비용이 되었다가 안 되었다가 하는 것은 현실적으로 있을 수 없는 것으로 결국 지원금이 될 수 밖에 없는 것이며, 즉 청구법인이 가맹점주에게 지급하는 여러 형태의 지원금 중의 하나로서 부가가치세 과세대상 재화 또는 용역의 거래가 아니므로, 청구법인은 「부가가치세법 시행규칙」 제18조 규정에 따라 OOO 등으로부터 받은 세금계산서상 공급가액의 OOO에 해당하는 금액에 대해서 가맹점주에게 세금계산서를 교부하면 되는 것이다.

(라) 2009년 이후에는 전산시스템을 변경하여 월별 정산서에 세금계산서 수수 대상 항목에 *를 표시하고 있으며, 정산서를 보면 가맹점부담비용 항목에 점포유지보수비, 전산유지보수비, 지급임차료, 전기료 등에 *표시가 되어 있어 정상적으로 세금계산서를 교부하였음은 확인할 수 있다.

따라서, 2008년도에 「부가가치세법 시행규칙」 제18조 규정에 따라 청구법인은 OOO로부터 OOO 전기요금 세금계산서를 교부받고 가맹점주에게는 전기요금 세금계산서를 OOO 교부하여야 함에도 미교부한 사실이 명백하게 확인되므로 당초 과세한 처분은 정당하다.

(4) 청구법인이 집기, 냉장, 냉난방, 내외장 시설등을 B타입가맹점주에게 임대하고 가맹점주가 이를 이용하여 상품을 판매하고 유지보수비용을 부담하고 있으므로 임시투자세액 불공제함은 정당하다.

(가) 가맹점주가 청구법인으로부터 프랜차이즈가맹계약서 내용 중 장비, 집기, 내외장 시설 등의 대여에 의거하여 임차하고 이를 매장에서 사용하여 상품을 판매하고 있다.

위탁가맹의 경우 청구법인의 소유매장은 맞으나 실지로 장비, 집기, 내ㆍ외장 시설 등을 사용하는 것은 B타입가맹점주이고 B타입가맹점주는 청구법인의 직원이 아니며 독립적으로 상품을 수탁판매하는 사업자로서 청구법인의 회사에 종속적으로 일하는 근로자가 아니다.

(나) 처분청에서 제출한 내용에서 유지보수비용의 부담주체가 가맹점주로 확인되며, 청구법인도 심판청구서에서 “약정에 의하여 점포유지보수 업체에게 지급하여야 하는 월 고정비용과 소모성 부품대 등은 가맹점이 부담하도록 되어 있습니다.”라고 했듯이 점포유지보수비, 전산유지보수비 등을 청구법인이 아닌 가맹점주가 부담하고 있는 사실이 확인된다.

(다) 임시투자세액공제 대상 자산에 해당되려면 자산을 자신이 직접 사용하거나 임대 또는 위탁사용 하는 경우에는 임대자 또는 위탁자가 자산관련 유지비용을 부담해야 하나, 이 건의 경우 청구법인은 유지보수비용을 가맹점주에게 부담시키고 있어 임시투자세액공제 요건을 충족하지 못하다(「조세특례제한법 기본통칙」 146-0…2 및 5-0참고)

또한, 국세청 예규OOO에서도 법인이 투자세액공제대상 시설을 취득하여 이를 타인에게 임대하는 경우에는 투자세액공제를 적용할 수 없다고 규정하고 있다.

따라서, 청구법인이 B타입가맹점주에게 임시투자세액공제 대상 자산을 취득하여 B타입가맹점주에게 무상임대하여 사용하게 하며 유지보수비용을 가맹점주가 부담하고 있는 사실이 명백히 확인되므로 임시투자세액공제를 부인한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 OOO 내에 각종 시설장비 및 전산장비를 설치하고 동 시설ㆍ전산장비에 대한 유지보수비를 가맹점주로부터 받은데 대하여, 청구법인이 가맹점주에게 유지보수용역을 제공한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

② B타입가맹점의 당초 임대료는 청구법인이 부담하였으나, 추가 인상분 임차료 중 일부를 가맹점주로부터 받은데 대하여, 청구법인이 B타입가맹점주에게 전대계약에 의한 임대용역을 제공한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

③ 청구법인이 B타입가맹점에서 실지 소비된 전기료에 대하여 OOO로부터 청구법인 명의로 세금계산서를 교부받고 동 전기료 상당액에 대해 가맹점주에게 세금계산서를 발급하지 아니한데 대하여, 청구법인이 B타입가맹점주에게 전기료에 대한 세금계산서를 교부하여야 한다고 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

④ 청구법인이 B타입가맹점내에 설치한 판매시설장비를 판매용 진열대로 보아 임시투자세액공제를 한데 대하여, 청구법인이 동 판매시설장비를 B타입가맹점주에게 대여한 것으로 동 판매시설장비에 대한 유지보수비를 가맹점주가 부담하였으므로 임시투자세액공제 대상이 아니라고 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것)

제1조【과세대상】 ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

② 제1항에서 “재화”란 재산가치가 있는 모든 유체물(有體物)과 무체물(無體物)을 말한다.

제6조【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

제7조【용역의 공급】 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다.

제13조 【과세표준】 ③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 대손금(貸損金)ㆍ장려금(奬勵金)과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다.

제16조【세금계산서 등】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

(2) 부가가치세법 시행규칙(2010.3.31. 기획재정부령 제140호로 개정되기 전의 것)

제18조【공동매입등에 대한 세금계산서 발급】 ①「전기사업법」에 의한 전기사업자가 전력을 공급함에 있어서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 당해 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 당해 명의자는 그 발급받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위안에서 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 때(제17조 제2호의 규정에 의하여 세금계산서의 발급이 면제된 경우에 이를 발급한 때를 포함한다)에는 당해 전기사업자가 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

(3) 조세특례제한법

제26조【임시투자 세액공제】 ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

(4) 조세특례제한법 시행령

제23조【임시투자세액공제】 ① 법 제26조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 투자”란 농업, 축산업, 어업, 광업, 제조업, 하수ㆍ폐기물처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 출판업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터프로그래밍ㆍ시스템통합 및 관리업, 뉴스제공업, 그 밖의 과학기술서비스업, 연구개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 창작 및 예술관련 서비스업, 수리업, 광고업, 기타 개인서비스업, 엔지니어링사업, 물류산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한정한다), 「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따라 등록한 관광숙박업ㆍ국제회의기획업ㆍ전문휴양업ㆍ종합휴양업 및 유원시설업, 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업을 영위하는 내국인이 2010년 12월 31일까지 기획재정부령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 “사업용자산”이라 한다)에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자(수도권과밀억제권역 밖에 있는 사업용자산에 대한 투자만 해당한다)를 말한다.

(5) 조세특례제한법 시행규칙

제14조(임시투자세액공제 대상 사업용자산의 범위) 영 제23조 제1항에서 “기획재정부령으로 정하는 사업용자산”이란 제3조에 따른 사업용자산과 다음 각 호의 자산을 말한다. 다만, 「관광진흥법」에 따라 등록한 전문휴양업 또는 종합휴양업을 영위하는 자의 경우에는 제5호의 자산에 한정한다.

2. 도매업ㆍ소매업 또는 물류산업을 영위하는 자가 당해 사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 별표 3의 유통산업합리화시설

[별표 3]

유통산업합리화시설(제13조 제1항 및 제14조 관련)

구 분	적 용 범 위
1. 저온보관고	농수산물과 그 가공품을 위한 저온보관고 및 저온보관고의 온도조절을 위한 기계장치
2. 운반용 화물자동차	적재정량 1톤 이상의 상품운반화물자동차로 냉장ㆍ냉동ㆍ보냉이나 인양장비가 된 것
3. 포장기	농수산물 및 공산품의 규격화와 상품성제고를 위한 동력포장기
4. 판매용 진열대	농수산물과 이의 가공품을 진열ㆍ판매하는 고정식 용기로서 냉동ㆍ냉장 또는 온장의 기능을 갖는 것(냉동ㆍ냉장 또는 온장을 위하여 필요한 부수설비를 포함한다)
5. 무인반송차	컴퓨터시스템에 의하여 물품을 필요로 하는 위치까지 자동으로 반송하는 기능을 갖춘 무인 반송시스템
6. 자동분류기	상품을 규격별로 자동으로 분류하는 기계장치
7. 컨베이어시스템	물품을 배송하는 기본시스템으로 동력을 사용하여 물품을 연속적으로 운반하는 기계장치
8. 창고시설 등	물품의 보관ㆍ저장 및 반출을 위한 창고로서 「건축법 시행령」 별표 1 제18호 가목의 창고(상품의 보관ㆍ저장 및 반출이 자동적으로 이루어질 수 있도록 시스템화된 창고시설을 포함한다) 및 물품의 보관ㆍ저장 및 반입ㆍ반출을 위한 탱크시설(지상 또는 지하에 고정설치된 것에 한정하고, 탱크시설에 필수적으로 부수되는 배관시설 등을 포함한다)
9. 파렛트	한국산업규격에 의하여 제정된 일관수송용 평파렛트
10. 파렛타이저	물품을 파렛트에 적재하는 기계식ㆍ로보트식 파렛타이저
11. 선반(랙)	파렛트화물을 보관ㆍ저장하는 선반(랙)
12. 파렛트트럭	파렛트화물을 창고내ㆍ외에서 운반하는 전동식 파렛트트럭
13. 컨테이너와 컨테이너 하역ㆍ운반장비	물품수송에 직접 사용되는 컨테이너, 지게차, 부두 위에 설치되어 컨테이너 선박으로부터 컨테이너를 하역하거나 부두에 있는 컨테이너를 선박에 선적하는 컨테이너크레인(Container crane)과 하버크레인(Habor crane), 장치장에 운반되어진 컨테이너를 적재 또는 반출하는데 사용되는 트랜스퍼크레인(Transfer crane), 부두와 장치장 사이에서 야드샤시(Yardchassis)를 견인하여 컨테이너를 운반하는 야드트랙터(Yard tractor) 및 유압식 지브크레인이 설치된 형상으로 크레인끝에 스프레이더를 장착한 컨테이너핸들러로 컨테이너를 하역하는 리치스태커(Reach Stacker)
14. 무선상품리더기(Reader) 및 안테나	무선상품인식기술을 이용하여 상품의 정보를 읽는 기능을 갖춘 무선상품리더기(RFID Reader) 및 안테나(Antenna)
15. 초대형 화물 하역	모듈 트레일러(Module Trailer), 트랜스포터(Transporter)

비고

1. 제조업을 영위하는 자의 경우에는 제9호의 파렛트에 한하여 적용한다.

2. 제5호ㆍ제7호ㆍ제10호 내지 제12호의 시설의 경우에는 제9호의 파렛트와 정합성이 있는 시설에 한하여 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사관청의 2013년 9월 청구법인에 대한 법인사업자 조사종결보고서를 보면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 기존에 사용하던 가맹점주와 월별 정산서 등의 전산시스템을 2009년부터 변경하였고, 변경된 후 시스템상으로 월별 정산서에 세금계산서 교부대상이면서 청구법인의 매출항목인 전산유지보수비, 점포유지보수비, 임차료, 전기료, 포장비 등에 *를 표시하여 관리하고 있다.

(나) 쟁점①과 관련한 조사내용은 다음과 같다.

A타입가맹점주에 대한 세금계산서 미수취 사유를 규명한바, 가맹점주에게 지원해주는 최저보장지원금과 청구법인의 기타수입금액 항목으로 세금계산서 교부대상인 점포유지보수비, 전산유지보수비를 상계하여 세금계산서를 미수취하여 결과적으로 점포유지보수비, 전산유지보수비에 대한 세금계산서 미교부가 확인된다.

가맹계약서 집기, 비품, 내외장 설비 등의 대여에서 청구법인이 유지보수업체를 일괄하여 선정, 계약을 체결하게 되어 있으며, 정산서상 가맹점주로부터 청구법인이 유지보수비용을 수취(상계)하고 있고, 가맹점은 유지보수업체로부터 세금계산서를 수취하지 아니하고 있다.

(다) 쟁점③과 관련한 조사내용은 다음과 같다.

1) 2009년 이후

가맹점주가 실지로 사용한 전기량(가맹점주 사업장에 설치된 계량시스템)에 대한 전기료에 대하여 OOO 등이 관리 편의상 청구법인에게 OOO 세금계산서를 교부하면 청구법인이 동일 금액OOO을 가맹점주에게 세금계산서를 교부하고 조사대상자는 이중 OOO에 해당하는 금액에 대하여 다시 가맹점주로부터 세금계산서를 수취하였다.

2) 2008년 제1기∼2008년 제2기(B타입가맹점)

청구법인이 가맹점으로부터 세금계산서를 수취하지 아니하고 수입금액항목인 전산유지보수비, 점포유지보수비 등과 서로 상계처리하여 세금계산서를 미수취한 것으로 결과적으로 전산유지보수비, 점포유지보수비 등에 대한 세금계산서를 과소교부하였다.

(라) 쟁점④와 관련한 조사내용은 다음과 같다.

A타입가맹점주에게 대여한 집기, 비품 내외장 시설 등에 대하여는 임시투자세액 공제를 받지 아니하였으나, B타입가맹점주에게 대여하는 집기, 비품 등의 자산에 대하여 임시투자세액공제를 받은바, B타입가맹점주에게 집기, 비품, 내외장 시설 등의 대여에 따라 청구법인이 B타입가맹점주에게 자산을 대여하고 유지ㆍ보수업체를 청구법인이 일괄 선정ㆍ지정하여 계약을 체결하고 가맹점주는 이들 자산을 사용하여 사업장에서 상품을 저장, 판매에 사용하고 이들 자산에 대한 유지, 보수비용을 가맹점주가 부담하고 있어 임시투자세액 공제를 부인한다.

(2) 청구법인 및 조사관청이 제출한 심리자료에 의하면 A타입가맹점과 B타입가맹점의 형태는 아래 〈표4〉와 같고, 청구법인과 가맹점주는 가맹점 사업장별로 아래 〈표5〉와 같이 청구법인의 지점법인과 가맹점주의 개인사업자등록OOO을 한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인이 제출한 2008.12.29. 청구법인(갑)과 **점 가맹점주OOO간에 맺은 프랜차이즈 계약서의 주요 내용은 아래 〈표6〉과 같다.

(4) 청구법인 및 처분청에서 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인(갑)과 가맹점(을)간에 작성한 “OOO 계약서” 중 A타입가맹점 및 B타입가맹점의 다른 계약내역 중 주요 내용은 아래 〈표7〉과 같다.

(5) 청구법인이 제출한 2006.5.1. 청구법인(갑)과 주식회사 OOO(을)이 맺은 “시설장비 유지보수 계약서”, 2009.5.1. 청구법인(갑)과 OOO 주식회사(을)이 맺은 “시설장비 유지보수 계약서”의 주요 내용은 아래 〈표 8, 9〉과 같고, 청구법인은 가맹점의 시설장비 유지보수와 점포내 시스템에 대한 정비보수에 대하여 주식회사 OOO와 계약서를 작성하고, 유지보수에 따른 비용은 매월 말 청구법인이 일괄 정산하고 주식회사 OOO 주식회사는 청구법인에게 세금계산서를 발행하였으며, 청구법인의 가맹점 정산서에는 매월 점포유지보수비, 전산유지보수비 명목으로 정액의 금액(추가비용 발생 시 추가부담)을 가맹점주의 분배금에서 공제하고 있다(A타입가맹점, B타입가맹점 동일).

(6) 조사관청 공무원과 청구법인 직원(강**)간에 2013.8.26. 작성한 참고인 심문조서는 아래 〈표10〉과 같다.

(7) 처분청에서 제출한 A타입가맹점 및 B타입가맹점의 정산서의 주요 내용은 아래 〈표11〉과 같다.

(8) 이외 청구법인은 사업장별 원장〔사업장OOO별로 가구외 비품 구입비 OOO원을 2012.11.30. 현재 차변금액으로 계상〕), 2012.9.20. 부동산임대차계약서(OOO, 임차인 : 청구법인) 등을 제출하였다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①ㆍ②ㆍ③에 대하여 살펴본다.

가맹계약서상 청구법인이 가맹점주의 최저이익을 보장하도록 되어 있어 손익과 비용을 공동으로 부담하는 것으로 보기 어려운 점, 청구법인은 시설장비 보수업체 등으로부터 이에 대한 매입세금계산서를 교부받아 매입세액를 공제하였으므로, 청구법인이 최종소비자가 아니라면 유지보수비 등에 대한 세액은 다음 거래단계로 전가되어야 할 것인데, 심리자료에 의하면 청구법인은 쟁점점포유지보수비 등을 가맹점주에게 부담시켰고 실제 가맹점주가 쟁점점포유지보수비 등에 대한 최종소비자로 보이는 점, 이 건 쟁점과세기간 이후인 2009년 제1기 부가가치세 과세기간부터는 청구법인이 점포유지보수 금액 등에 대하여 가맹점주에게 세금계산서를 교부하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 가맹점주에게 쟁점유지보수금액 등 상당의 재화나 용역을 공급한 것으로서 세금계산서 교부대상에 해당한다고 할 것이어서 처분청이 쟁점유지보수금액 등에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(10) 다음으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다.

임시투자세액공제는 기업의 설비투자를 유도하고 경기를 활성화시키기 위한 제도로서, 이 건 판매설비자산이 설치된 장소는 청구법인의 사업장으로 동 사업장에서 발생한 매출액은 전액 청구법인의 수입인 점, 동 판매설비자산은 청구법인의 동의 없이 반출이나 이동시킬 수 없는 자산으로 청구법인은 동 자산에 대해 감가상각자산으로 계상하고 있어 B타입가맹점에 설치된 판매설비자산은 청구법인의 당해사업에 사용된 경우에 해당한다고 보이는 점 등에 비추어 B타입가맹점에 설치된 판매설비자산을 임시투자세액공제 대상이 아니라고 보아 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.