본체는 미지근한 물을 적신 헝겊으로 부드럽게 닦아준다. 급수통은 부드러운 청소 솔이나 헝겊으로 닦아주고 비눗물은 사용하지 않도록 한다. 비눗기가 남아 있으면 공기오염의 원인이 된다. 진동자는 1주일에 1번 정도 제품을 살 때 같이 들어 있는 솔이나 부드러운 천을 이용하여 표면에 손상이 가지 않도록 살살 닦는다.
청소할 때는 부드러운 천과 솔을 이용해 꼼꼼히 닦아준다. 송풍구에 물이 들어가지 않도록 주의해야 한다. 간혹 깨끗이 닦으려고 세제를 쓰는 사람이 있는데 세제 찌꺼기가 남게 되면 이것이 나중에 가습기를 통해 수증기로 나올 수 있으므로 좋지 않다.
수조의 안쪽을 청소할 때는 물통에 5분의 1 정도 물을 넣고 흔든다. 수조에 먼지, 물때 등이 끼면 가습성이 저하되므로 깨끗한 헝겊으로 닦아내는 것이 좋다.