스크랩 합병기일과 합병등기일의 차이로 인한 법인세 및 부가가치세 과세문제

[솔로몬]

질의】
당사는 상장법인으로서 지난 7월 1일을 기준으로 합병을 하였으며, 합병등기일은 7월 5일 입니다.

당사는 합병기일인 7월 1일을 기준으로 하여 개시재무제표를 작성하여 공시하려고 합니다.

이 경우 7월 1일부터 7월 5일까지의 기간에 발생한 매출ㆍ매입 등과 관련하여 법인세와 부가가치세의 납세의무자를 누구로 하여야 하는지 궁금하여 질문을 드립니다.

【답변】
법인의 합병에 있어 실제 합병이 완료되는 시점인 합병기일과 상법상 규정에 의해 공부상에 등재되는 합병등기일이 서로 일치하지 아니할 수 있습니다. 이와 같이 실제 합병기일과 합병등기일이 불일치한 경우 법인세법상 손익의 귀속 주체를 판단함에 있어서는 합병계약서 등에 합병기일을 정하고 그 합병기일로부터 합병등기일까지의 손익을 합병법인에 귀속하기로 약정한 경우에는 당해 손익을 실질과세의 원칙에 의거 합병법인에 귀속시키게 됩니다(법인세법 기본통칙 4-0…9).

그러나, 이와 같이 합병등기일까지의 손익이 합병법인에게 귀속되는 경우에도 피합병법인의 의제사업연도는 사업연도 개시일부터 합병등기일까지가 됩니다(법인 46012-2536, 1997. 10. 2.외 다수). 즉, 피합병법인의 의제사업연도는 실제 합병기일이나 손익의 귀속 여부와는 무관하게 법에서 명문화한 합병등기일까지로 하는 것입니다(법인세법 시행령 제5조).

반면, 합병으로 인한 소멸법인의 최종 부가가치세의 과세기간은 부가가치세법 제3조 제3항의 규정에 의하여 그 과세기간의 개시일부터 합병등기를 한 날까지입니다(부가가치세법 기본통칙 3-0-1). 또한, 부가가치세법에서는 법인간의 흡수합병에 있어서 합병등기일전 실제 합병한 경우 실제 합병일로부터 합병등기일까지 피합병법인의 사업장에서 거래된 재화의 공급 및 매입분에 대하여는 피합병법인명의로 세금계산서를 교부하거나 교부받고 부가가치세를 신고납부하도록 규정하고 있습니다(부가가치세법 기본통칙 2-0-7)

결국, 법인세법과 부가가치세법 모두 합병으로 소멸하는 법인의 최종 사업연도는 합병등기일까지로 규정하고 있지만, 법인세법은 합병기일부터 합병등기일까지의 손익이 합병계약서 등에 따라 합병법인에 귀속되는 경우 실질과세의 원칙에 따라 합병법인이 동 손익에 대한 법인세의 납세의무를 부담하여야 하는 것이며, 부가가치세법은 합병기일부터 합병등기일까지의 매출액에 대하여 피합병법인이 부가가치세에 대한 납세의무를 부담하여야 하는 것입니다.

※ 본 상담사례의 답변은 권한 있는 기관(법원, 과세관청 등)의 유권해석과는 차이가 있을 수 있으니 참고자료로만 활용하시기 바라며, 의사결정과 그 실제 적용에 있어서는 권한 있는 기관이나 해당분야 전문가의 조언을 얻어 충분히 검토하신 후 적용하시기 바랍니다.