고운식물원은 다양한 체험 프로그램을 운영한다. 꽃이나 이파리를 눌러서 만든 압화를 활용한 소품 만들기를 비롯해 허브비누, 손수건 꽃물들이기, 나뭇가지를 이용해 곤충 모형 만들기 등이 있다. 모든 체험은 30분 정도 소요되며, 별도의 체험학습장에서 진행된다. 입장료 외 참가비가 있다. 사전 예약을 통해 참여할 수 있는데, 주중에는 30명 이상 단체만 가능하고, 주말에는 인원수 제약 없이 이용할 수 있다. 민속놀이 체험장에서는 투호, 윷놀이, 지게 지기, 맷돌 돌리기 등 전통놀이를 무료로 즐길 수 있다. 봄이면 야생화축제, 겨울에는 별빛 축제가 진행되고, 때마다 특색 있는 행사도 마련된다. 청소년에게 숲의 소중함을 알려주는 생태체험학교가 3월부터 11월까지 운영된다. 하루 과정과 1박2일 과정이 있는데, 1박을 하는 과정은 30명까지 단체만 참여 가능하다.
식물원 개방시간은 3월부터 10월까지는 오전 8시부터 오후 6시까지이고, 11월부터 2월까지는 오전 9시부터 오후 5시까지이다. 입장은 폐장 1시간 전까지 가능하다. 다른 프로그램에 참여하지 않고 식물원만 둘러보려면 2시간 정도 소요된다.
원내에 식당과 카페가 있고, 숙박시설인 방갈로도 여럿이다. 방갈로는 예약 후 이용 가능하며, 입장료와 숙박료는 별도다. 출입구 앞에서는 각종 화훼를 판매한다.