부동산등기특별조치법에 의해 소유권이전등기 한 경우 취득·양도시기에 관한 판례 분석

[박동환]

부동산등기특별조치법에 의해 소유권이전등기 한 경우 취득·양도시기에 관한 판례 분석

 승인 2013.02.28 

안수남 ‘세무법인 다솔’ 대표세무사의 최신판례 분석

 부동산 소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법(이하 “특조법”이라 한다)에 의하여 소유권 이전등기가 이루어진 경우에 취득 및 양도시기를 언제로 볼 것인지에 대하여 지금까지 국세청과 조세심판원 등 각급기관은 소득세법 제98조 같은 법 시행령 제162조의 규정에 따라 판단하였다. 즉 매매의 경우 잔금청산일이 분명한 경우에는 잔금청산일로 보되 잔금청산일이 불분명한 경우에는 등기접수일로 보고, 증여의 경우에는 등기접수일, 상속의 경우에는 상속개시일을 취득 및 양도시기로 보았던 것이다.
최근에 과세관청은 특조법에 의해 매매를 원인으로 소유권이 이전된 부동산 중 종중명의로 소유권이 이전된 부동산에 대하여 취득시기를 등기원인일로 보아 양도소득세를 경정결정하는 사례가 있는 바, 이러한 판단의 근거를 살펴보고 특조법에 의하여 소유권이전 등기를 한 부동산에 대하여 등기원인일을 취득시기로 보는 것이 타당한지 검토해 보기로 한다.

1. 등기원인일을 취득시기로 보아야 한다는 견해

□ 특조법에 의해 소유권이전 등기를 한 경우 등기추정력이 인정되어 등기원인일을 취득 및 양도시기로 보아야 한다는 견해

○ 서울고법 2010누49, 2010.6.16.
(전심 인천지법 2009구단1744, 2009.12.10, 조심 2009중1869, 2009.6.8)

○ 판결이유
특별조치법에 의한 소유권이전등기의 경우에도 소유권이전등기의 추정력이 인정되고(대법 1979. 7. 24. 선고 79다971 판결 참조), 그와 같은 추정력은 등기원인의 존재 및 그 유효성에 대하여도 미치는데(대법 1996. 2. 27. 선고 95다42980 판결 참조), 위 등기원인사실이 허위임을 인정할 만한 증거도 없음
소유권이전등기를 경료할 당시 제출된 청구인이 작성한 소유사실확인발급신청서, 보증서에 의하면 원인일 이전에 취득한 것으로 추정됨

□ 매매원인일이 의제취득일 이전인 경우로서 종중의 경우 등기원인일을 취득시기로 봄
○ 조심2012구4086, 2012.11.21. 외 다수

○ 결정이유
사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면, OOO에게 신청한 확인서 발급신청서에 청구인이 쟁점토지를 의제취득일 이전부터 매수하여 현재 사실상 소유하고 있음을 확인하여 달라고 요청하여 확인서를 발급받은 점, 확인서 발급신청시 제출한 보증서에도 의제취득일 이전부터 쟁점토지를 토지·임야대장에 등록된 소유자로부터 매수하여 현재 사실상 소유하고 있음을 보증인들이 연대보증하고 있는 점 등을 비추어 보면, 청구인이 오래 전부터 보유하던 토지를 특별조치법에 따라 1995.3.22. 소유권이전등기한 것으로 보이므로 의제취득일을 취득시기로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없음

2. 소유권이전등기일로 본 견해

○ 대구지법 2010구합3345, 2011.06.08.
○ 조심 2012광100, 2012.03.20.
○ 심사양도 2012-166, 2012.10.26.

○ 결정이유
매매원인일이 소유권이전등기시 제출된 확인서발급신청서 및 인근주민 확인서에서 확인되는 매매일이기는 하나 이날 매매대금이 청산되었다고 보기는 어려우며 매매계약서 등 기타증빙에 의하여 대금청산일이 확인되지 아니하므로 등기접수일을 취득시기로 보아야 함
보증서와 확인서발급신청서에 의하면 매매원인일로부터 쟁점토지를 매수하여 현재까지 보유하고 있다는 사실만 기재되어 있을 뿐 매매대금 청산일은 확인되지 아니하므로 소유권이전등기접수일을 취득시기로 봄이 타당함

3. 판례분석 및 필자견해
특조법은 지금까지 3차례에 걸쳐 시행된 법률로서 가장 최근에 시행된 것이 2005.5.26. 법률 제7500호로 제정되어 2006.1.1.부터 2007.12.31.까지 시행되었다. 특조법이 제정된 목적은 부동산등기법에 따라 등기하여야 할 부동산이 소유권보존등기가 되어 있지 않거나 등기부의 기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이하게 등기할 수 있도록 하기 위함이다. 이러한 특조법에 의해 소유권이전 등기를 한 사실에 대해 최근 서울고등법원은 특별조치법에 의한 소유권이전등기의 경우에도 소유권이전등기의 추정력이 인정되고 등기추정력은 등기원인의 존재 및 그 유효성에 대하여도 미치며 등기원인사실이 허위임을 인정할 만한 증거가 없다는 이유로 등기원인일을 당해 부동산의 취득시기로 보았다. 이러한 판단을 받아들여 국세청과 조세심판원은 등기원인일이 의제취득일 이전인 부동산을 특별조치법에 의해 종중명의로 소유권을 이전한 경우 취득시기를 의제취득일로 보아야 한다는 견해이다.
특별조치법에 의해 소유권이전등기를 한 경우에도 부동산등기의 추정력이 인정되는 것은 논란의 여지가 없다. 부동산등기의 추정력은 등기가 존재한다는 것은 등기된 대로 권리관계가 존재한다고 추정하는 것으로 아울러 적법한 원인과 적법한 절차를 추정하고 있다. 그러나 등기의 추정력이 인정된다고 하여 등기원인일이 소득세법상 취득 및 양도시기로 추정되거나 의제될 수는 없다고 본다. 현행 소득세법상 취득 및 양도시기는 민법에서 규정하고 있는 권리변동시기와 일치하지 않는다. 현행 소득세법 제98조와 시행령 제162조는 취득 및 양도시기를 구체적으로 규정하고 있는 바, 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 동일하게 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석ㆍ적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득 시기 및 양도시기를 의제한 규정이다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 참조).
필자는 특별조치법에 의한 등기에 있어서 등기원인일을 기재하는 것은 등기부 정리를 용이하게 하기 위한 절차상의 목적일 뿐 그 취득시기를 확정하는 것으로 볼 수는 없으므로 특별조치법에 의하여 소유권 이전 등기를 한 경우라 할지라도 매매대금의 청산일이 확인되면 대금을 청산한 날을 자산의 취득시기로 보는 것이 타당하다 할 것이지만, 매매대금의 청산일이 분명하지 않는 경우에는 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제 162조 제1항 1호 규정에 의하여 그 소유권 이전 등기접수일을 취득시기로 보는 것이 타당한 것으로 생각된다.
또한 조세심판원에서 종중이 특조법에 의해 부동산 등기를 한 경우에 의제취득일 전부터 사실상 소유한 것으로 인정하여 취득시기를 등기접수일이 아닌 의제취득일 전부터 취득하여 보유한 것으로 보는 심판례가 다수 있는바(조심2012중3638, 조심2012구3176,조심2012전3748 등 다수) 특조법에 의해 등기한 경우에 종중이 의제취득일 이전에 등기 부동산을 소유하고 있다는 사실만 확인하고 있을 뿐 매매대금 청산일은 확인되지 않았음에도 불구하고 취득시기를 의제취득일로 하여 결정하는 것도 같은 취지에서 부당하다고 판단된다.(심사양도2012-166,2012.10.26)
오히려 사실상 종중원들에게 명의신탁한 부동산을 명의신탁해지로 소유권을 이전하였기 때문에 종중원이 취득한 당초 취득시기를 종중의 취득시기로 봄이 합리적인 판단근거라 할 수 있다고 하겠다.
덧붙여 사실상 소유자를 인정하는 판례를 악의적으로 이용하는 경우 양도시기를 부당하게 과거로 소급하여 그때부터 양수자가 소유하였다고 주장할 수 있어 양도 등기하는 시점에서 이미 양도소득세 부과제척기간이 만료되는 등 불합리한 경우가 발생하지 않는다고 말하기 어렵다.
또한 종중에 경우에만 사실상 소유를 인정하여 잔금청산일이 확인되지 않는 경우에도 불구하고 의제취득일 이전부터 소유한 것으로 보아 취득시기를 의제취득일로 보는 것은 종중 외 납세자와의 형평에도 어긋나는 것으로 판단된다.