1. 이 사건 과세처분의 경위
(1) 청구인은 청구외 김□□, 이□□와 공동으로(공유지분 각 1/3) 19○○. ○. ○. 별지 부동산목록 순번 1. 기재 ○○시 ○○동 ○○ 외 5필지 부동산을 취득하여, 19○○. ○. ○. 청구외 박□□에게 위 목록의 ○○시 ○○동 ○○, 같은 동 ○○의 ○, 같은 동 ○○의 ○ 부동산을 금198,270,000원에, 같은 해 8. 29. 청구외 최□□에게 같은 동 ○○의 ○ 부동산을 금 90,000,000원에, 같은 해 6. 29. 청구외 정□□에게 같은 동 ○○의 ○ 부동산을 금 50,750,000원에, 같은해 10. 10. 청구외 유□□에게 같은 동 ○○의 ○ 부동산을 금 205,100,000원에 각 양도하였습니다.
(2) 청구인은 19○○. ○. ○. 별지 부동산목록 순번 2 기재 중 ○○시 ○○동 ○○○ 부동산을, 같은 해 9. 12. 같은 목록 순번 2 기재 중 위 같은 동 ○○○의 ○ 부동산을 청구외 양□□의 이름으로 각 취득하였다가 19○○. ○. ○. 한국토지개발공사에게 위 같은 동 ○○○ 부동산을 금 204,869,700원에, 위 같은 동 ○○○의 ○ 부동산을 금 111,830,600원에 각 양도하였다. 그리고 위 같은 동 ○○○의 ○ 부동산과 청구인의 남편인 청구외 윤□□이 취득한 위 같은 동 ○○○의 ○, ○, 위 같은 동 ○○○의 ○ 부동산의 실지 취득가액은 금 24,921,000원입니다.
(3) 청구인은 19○○. ○. ○. 청구외 주식회사 ☆☆쇼핑센터로부터 별지 부동산목록 순번 3 기재의 각 부동산을 금 950,000,000원에 취득하여 19○○. ○. ○. 청구외 오□□ 외 2인에게 금 1,300,000원에 양도하고, 같은 해 10. 31. 피청구인에게 그 자산양도차익예정신고를 하면서 위 부동산의 양도에 따른 양도소득세 금 13,784,868원 및 그 방위세 금 2,756,973원을 자진신고납부하였습니다.
(4) 피청구인은 청구인의 위 인정사실과 같은 부동산의 취득 및 양도를 소득세법시행령 제170조 제4항 제2호 소정의 국세청장이 지정하는 거래로 보아 소득세법 제23조 제4항 단서, 제45조 제1항 제1호 단서의 규정에 따라 실지거래가액에 의하여 그 양도차익 및 양도소득세액을 산출하여야 한다고 인정하여,
(가) 별지 부동산목록 순번 1. 기재 각 부동산의 양도에 관하여 양도가액은 실지거래가액인 금 181,373,333원으로, 취득가액은 소득세법시행령 제170조 제1항 단서, 제115조 제1항 제1호 다목 소득세법시행규칙 제56조의5 제5항 제1호의 규정에 의하여 과세시가표준액에 따라 환산한 가액인 금 31,604,489원으로 결정하여 별지 세금계산서 당초결정 란 기재와 같이 그 양도소득세 및 방위세액을 산출하고,
(나) 별지 부동산목록 순번 2. 기재 부동산의 양도에 관하여 그 취득가액을 실지양도가액에 양도 및 취득당시의 배율을 적용한 기준시가에 의하여 환산하고, 또한 위 부동산이 토지개발공사에게 양도되어 그 양도소득세가 감면되어야 하나 청구인이 실소유자이면서 청구외 양□□ 이름으로 취득하여 양도하였으므로 청구인의 입장에서 보면 미등기양도자산이 되어 소득세법 제6조의2의 규정에 따라 감면 배제하고, 소득세법 제70조 제3항 제3호의 규정에 의하여 100분의 75의 세율을 적용하여 별지 세금계산서 당초 결정란 기재와 같이 그 양도소득세 및 방위세액을 산출하고,
(다) 별지 부동산목록 순번 3. 기재 부동산의 양도에 관하여 양도가액 및 취득가액 모두 실지거래가액에 의하여 별지 세금계산서 당초결정란 기재와 같이 그 양도소득세 및 방위세액을 산출하여,
(라) 19○○. ○. ○. 원고에 대하여 위 양도소득세 및 방위세 합계금액인 양도소득세 금 355,930,720원 및 그 방위세 금 71,186,140원의 과세처분을 하였습니다.
(5) 청구인은 위 과세처분에 불복하여 20○○. ○. ○. 국세청장에게 심사청구하였으나 20○○. ○. ○. 기각되었습니다.
2. 이 사건 처분의 위법
(1) 청구인은, 피청구인이 청구인의 위 각 부동산의 양도에 관하여 소득세법 제23조 제4항 단서, 제45조 제1항 단서, 같은법 시행령 제170조 제4항 제2호 및 국세청 훈령인 재산제세사무처리규정 제72조 제3항을 적용하여 이 사건 부동산의 취득 및 양도당시의 실지거래가액 및 환산가액에 의한 양도차익을 계산한 다음 이를 바탕으로 이 사건 양도소득세 및 방위세부과처분을 한 것은 그 과세의 근거로 삼고 있는 위 재산제세사무처리규정 조항이 그 성질상 하급행정기관에 대한 조세행정의 운용방침 또는 법령의 해석적용에 관련된 명령(행정규칙)에 불과하여 행정조직 내부에서만 구속력이 있을 뿐 납세의무자인 국민이나 법원을 기속하는 것이 아닌 데다가 위 시행령 제170조 제4항 제2호만으로는 양도소득세의 실지거래가액에 의한 과세요건을 확실하게 규정하고 있다고 볼 수 없으므로 결국 이 사건 과세처분은 아무런 법령상의 근거가 없고, 가사 국세청 훈령인 재산제세조사사무처리규정 제72조 제3항이 소득세법시행령의 위임에 따라 그 내용을 보충하는 법규명령적 효력을 가진다고 하여도 청구인의 위 거래행위는 위 규정이 정하고 있는 5가지 사유 중 어느 하나에도 해당하지 아니하고 청구인은 실수요자로서 이 사건 부동산을 취득하고 양도하였을 뿐이므로 양도소득세 산정의 기본원칙인 기준시가에 의하여 이 사건 양도소득세 및 그 방위세를 산출하여야 하며,
(2) 피청구인이 이 사건 양도차익을 계산함에 있어서 근거로 삼은 소득세법시행령 제170조 제1항 단서의 규정은 소득세법 제23조 제2항, 제4항, 제45조 제1항의 양도차익계산의 기준시가원칙에 위배되고 모법에 위임근거없이 모법에 규정된 과세요건을 확장한 것으로서 무효의 규정이고, 따라서 위와 같이 무효의 규정을 근거로 한 피청구인의 이 사건 과세처분은 위법하며,
(3) 별지 부동산목록 순번 2. 기재 부동산에 관하여 청구인의 위 부동산의 양도소득세가 전액 면제됨에도 청구인에 대하여 이 사건 과세처분을 함은 위법한 것입니다.
△ △ 세 무 서 장
<별지> 부동산 목록
1. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 1 대지 100평방미터
○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 2 대지 300평방미터
○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 3 대지 200평방미터
○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 4 대지 400평방미터
○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 5 대지 200평방미터
○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 6 대지 300평방미터