하천의 물을 정수하기 위해 다량의 염소물질을 투여하고 있는데 이것이 바로 수돗물에서 나는 약품냄새의 원인이다. 이 염소물질은 물에서 살균력이 뛰어난 차아염소산(HOCl)의 형태로 변해서 살균작용을 한다.
이 차아염소산이 하천에 녹아있는 유기화합물과 반응해 트리할로메탄이라는 발암성물질이 형성된다. 수돗물의 트리할로메탄은 뚜껑을 열고 물을 5분 이상 끓여야 제거될 수 있다.
실제로 수돗물이 돌연변이를 유발하는 능력을 측정해본 결과, 대도시의 수돗물에서 특히 높은 수치가 나왔다. 이것은 오염이 심한 물일수록 염소를 많이 투입함으로써 오염물질과 염소물질 사이에 일어나는 상승작용이라고 볼 수 있다.
이러한 피해를 막기 위해서 미국과 유럽의 도시들 중에서는 차아염소산 대신 클로라민(chloramine) 혹은 오존(O3)을 사용하기도 한다. 수돗물의 잔류염소(차아염소산)는 물맛을 쓰게 하며, 체내에 들어와서는 인체와 공생하는 장내 미생물의 생존을 위협할 뿐 아니라 뛰어난 산화력으로 장내 미생물을 이상발효하도록 한다.
또한 잔류염소의 산화력은 비타민 C를 순식간에 파괴하며, 녹차의 성분들을 파괴하고, 세균을 죽이기까지 할 뿐 아니라, 인체내 효소의 활성을 저하시켜 인체 세포를 파괴하는 힘도 갖고 있다.
잔류염소는 피부에 닿으면 피부세포를 파괴하기도 한다. 더구나 따뜻한 물은 피부의 모공을 넓히기 때문에 잔류염소는 샤워하는 동안 민감한 피부를 통해서도 흡수될 것이다.