그림의 (나)와 같은 결과를 얻을 확률이 높은 학생을 고르시오.
이 문제를 푸는데 염색체 DNA와 코스미드 클론 DNA의 특성을 고려해야한다고 생각했습니다.
이론상으로 두 DNA가 모두 큰 DNA 절편까지 클로닝이 가능하다는 것 이외에 다른 특징이 무엇인지 모르겠습니다.
*동일 문제에 대한 질문
http://cafe.daum.net/S2000/bS7/2209
http://cafe.daum.net/S2000/bS7/4297
이에 달린 댓글들 중 염색체 DNA가 크기 때문에 프라이머가 비특이적으로 결합할 확률이 높다라는 설명에 대해서 이해되지 않는 부분이 있습니다.
PCR 시 사용하는 프라이머는 목적 유전자를 증폭시키기 위해 특이적인 서열을 사용하는 것으로 알고 있습니다. 일부 6mer primer 또는 poly-T 프라이머와 같이 비특이적인 프라이머를 사용하기도 하지만 문제에서 제시하는 경우에는 사람 인슐린 유전자의 특정 부위를 증폭하고자 하는 것이라 분명한 목적을 제시했기 때문에 유전자 특이적인 primer를 사용하는 것이 아닌가 생각합니다. 문제에 대해 너무 과대해석을 한 것인가요? 이는 알 수 없는 정보이므로 유전자 특이적인 프라이머라는 생각은 배제시키는 것이 옳은가요?
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첫댓글 유전자특이적인 프라이머라고 생각하시는 것이 옳습니다. 특이적인 프라이머라고 해도 보통 20mer 내외인 것으로 알고 있습니다. 염색체 전체에 대해 프라이머를 사용할 경우 20mer라고 해도 특정 유전자 하나에 대해서만 특이적이진 않을 것입니다. 20mer정도면 똑같거나 매우 유사한 염기서열을 갖는 다른 유전자 부위가 존재할 수 있죠.
아마 댓글에서 쓴 '비특이적'은 염기서열이 맞지 않는 곳에 붙는다는 의미로 사용한 게 아닌 것 같습니다. 그보다는 인슐린 유전자 외에 프라이머가 결합할 수 상보적인 염기서열이 더 존재해서 다른 부위가 증폭된다는 의미로 사용한 것 같네요.
이 경우 비특이적으로 결합한다는 표현보다는 '특이적인 서열을 갖지만 인슐린이 아닌 다른 유전자를 암호화한 부위에 붙을 수 있다'라고 설명하는게 더 좋았을 것 같습니다.
@홍장군고양이 예시 답안까지 제시해주셔서 어떻게 답안을 작성해야 할 지 방향을 잡을 수 있었습니다. 항상 감사합니다!
프라이머가 길지 않은 서열이므로
정확히 일치하지 않는 서열(비슷한 서열)에 붙어서 증폭되는 경우가 있어요.
그러면 엉뚱한 서열이 함께 증폭되기도 해요.
실제 실험실에서 실험하다보면 종종 발생하는 사건이기도 해요.
이런 일은 유전체량이 많은 샘플일수록 더 심해요.
그만큼 비슷한 서열을 가진 부분을 많을 테니까요.
반면 클론된 샘플은 거의 non specific 밴드가 안나와요.
벡터들은 유전체량이 매우 작아서 유사부위가 거의 없기 때문입니다.
이런 성질은 인위적인 Point mutation의 원리가 되기도 합니다.
재조합을 위한 PCR프라이머를 제작할 때 양쪽에 제한자리를 넣어주는 원리도 이와 같습니다.
프라이머는 100%일치하는 곳에만 결합하는 것은 아닙니다
실험 사례를 들어서 설명해주시니 보다 확실히 이해할 수 있었습니다. 감사합니다.